Недеференційні мРНК-секвенування NGS
Особливості
● Захоплення полі мРНК перед підготовкою бібліотеки
● незалежно від будь-якого довідкового геному: на основі новосс’єкта стенограм, генерування списку унігенів, які анотуються з декількома базами даних (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, Eggnog, Pfam, Go, Kegg)
● Комплексний біоінформатичний аналіз експресії генів та структури стенограми
Переваги послуг
●Широка експертиза: Завдяки досвіду обробки понад 600 000 зразків на BMKGENE, що охоплює різноманітні типи вибірки, такі як клітинні культури, тканини та рідини для тіла, наша команда приносить багатий досвід кожного проекту. Ми успішно закрили понад 100 000 проектів мРНК-Seq у різних дослідницьких областях.
●Суворий контроль якості: Ми впроваджуємо основні контрольні точки на всіх етапах, від вибірки та підготовки бібліотеки до послідовності та біоінформатики. Цей ретельний моніторинг забезпечує надання постійно якісних результатів.
● Комплексна анотація: Ми використовуємо декілька баз даних для функціонального анотації диференційно експресованих генів (DEG) та проведення відповідного аналізу збагачення, забезпечуючи розуміння клітинних та молекулярних процесів, що лежать в основі реакції транскрипту.
●Підтримка після продажу: Наше зобов’язання виходить за рамки завершення проекту з 3-місячним післяпродажним періодом. За цей час ми пропонуємо подальше спостереження за проектами, допомогу у вирішенні несправностей та сесії запитань та запитань для вирішення будь-яких запитів, пов'язаних з результатами.
Зразки вимог та доставки
| Бібліотека | Стратегія послідовності | Рекомендовані дані | Контроль якості |
| Полі збагачений | Illumina pe150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Гб | Q30≥85% |
Вимоги до вибірки:
Нуклеотиди:
| Конц. (Ng/мкл) | Кількість (мкг) | Чистота | Цілісність |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Обмежене або відсутність білка або забруднення ДНК, показаного на гелі. | Для рослин: rin≥4,0; Для тварин: rin≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; обмежена або відсутність базової висоти |
● Рослини:
Корінь, стебло або пелюстка: 450 мг
Лист або насіння: 300 мг
Плід: 1,2 г
● Тварина:
Серце чи кишечник: 300 мг
Вісцера або мозок: 240 мг
М'яз: 450 мг
Кістки, волосся або шкіра: 1г
● членистоноги:
Комахи: 6G
Раковина: 300 мг
● Цільна кров: 1 трубка
● Клітини: 106 клітини
Рекомендована доставка зразків
Контейнер: 2 мл центрифугової трубки (олов'яна фольга не рекомендується)
Маркування зразків: група+повторення, наприклад, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Відвантаження:
1. Сухий погляд: зразки потрібно упакувати в мішках і закопувати в сухий льоду.
2. РНАТУРАТИВНІ ТУБИ: Зразки РНК можна сушити в трубці стабілізації РНК (наприклад, RNASTABLE®) та відправляти в кімнатну температуру.
РОБОТИ РОБОТА
Дизайн експерименту
Доставка зразків
Екстракція РНК
Будівництво бібліотеки
Послідовність
Аналіз даних
Послуги після продажу
Біоінформатика
Стенограма складання та вибір унігена
Юнігенова анотація
Вибірка кореляція та оцінка біологічних реплік
Диференційно експресовані гени (DEG)
Функціональна анотація DEG
Функціональне збагачення DEG
Дослідіть просування, спричинені еукаріотичними службами секвенування мРНК BMKGENE через кураторну колекцію публікацій.
Шень, Ф. та ін. (2020) 'DE Novo Stranscriptome Assemble та експресія генів упередженості в статевих залозах у сомах Амур (Silurus asotus)', Genomics, 112 (3), pp. 2603–2614. doi: 10.1016/j.ygeno.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) "Аналіз транскриптомів метаболізму сахарози під час набряку лампочки та розвитку в цибулі (Allium Cepa L.)", кордони в науці про рослин, 7 (вересень), с. 212763. Doi: 10.3389/fpls.2016.01425/bibtex.
Чжу, К. та ін. (2017) 'De Novo Assemble, характеристика та анотація транскриптом Sarcocheilichthys sinensis', Plos One, 12 (2). doi: 10.1371/journal.pone.0171966.
Зу, Л. та ін. (2021) "DE Novo Transcriptome Analysial забезпечує розуміння соляної толерантності до макрофілу Podocarpus під стрес солоності", біологія рослин BMC, 21 (1), с. 1–17. doi: 10.1186/s12870-021-03274-1/рисунки/9.
