Секвенування повної довжини транскриптома на основі нанопор
Секвенування нанопор відрізняється від інших платформ секвенування тим, що нуклеотиди зчитуються безпосередньо без синтезу ДНК і генерують довгі зчитування з десятками килобаз. Це дає можливість прямого зчитування повних стенограм і вирішення проблем у транскриптомних дослідженнях.
√ Низьке зміщення, специфічне для послідовності
√ Повнорозмірне зчитування кДНК для вивчення структури генів
√ Потрібно менше даних для охоплення тієї ж кількості стенограм
√ Ідентифікація кількох ізоформ на ген
√ Кількісне визначення експресії на рівні ізоформи
Типовий конвеєр біоінформатики
Останні успішні випадки з технологіями біомаркерів
1. Порівняльний аналіз повнорозмірних транскриптомів показує динаміку розвитку стебла Gnetum luofuense
Журнал: Frontiers in Genetics
Опубліковано: березень 2021 р
Ключові слова: MinION | Альтернативний сплайсинг | APA | lncRNA | Диференційно виражені транскрипти
Читати повний текст
2. Односпрямований рух малих РНК від пагонів до коренів у міжвидових гетеротрансплантатах
Журнал: Nature Plants
Опубліковано: січень 2021 р
Ключові слова: Нанопор | Illumina | виявлення повнорозмірної мобільної мРНК
3. Повнорозмірний транскриптомний аналіз коренів спаржі розкриває молекулярний механізм стійкості до солі, індукований арбускулярними мікоризними грибами
Журнал: Екологічна та експериментальна ботаніка
Опубліковано: січень 2021 р
Ключові слова: MinION | Диференційно виражені транскрипти | Фактори транскрипції | Альтернативний сплайсинг
4. Зміни фізіологічних характеристик і повнорозмірний транскриптом коренів і листя троянди (Rosa chinensis) у відповідь на посуховий стрес
Журнал: Фізіологія рослин і клітин
Опубліковано: жовтень 2020 р
Ключові слова: PromethION | Диференційно виражені транскрипти | Функціональне прогнозування | Сплайсовані ізоформи | TF і lncRNA
5. Аналіз та комплексне порівняння PacBio та секвенування РНК на основі нанопор транскриптому Arabidopsis
Журнал: Рослин-метод
Опубліковано: квітень 2020 р
Ключові слова: GridION | PromethION | Продовження PacBio | Illumina NovaSeq | Вирівнювання геному | Розшифровка ідентифікації | Альтернативний сплайсинг | РСР | LncRNA | Кількісне визначення ізоформи
Новини та основні моменти спрямований на обмін останніми успішними випадками з Biomarker Technologies, фіксацію нових наукових досягнень, а також видатних методів, застосованих під час дослідження.
Час публікації: 08 січня 2022 р