ЗБІРКА ГЕНОМА T2T, ГЕНОМ БЕЗ ПРОБИЛ
1stДва геноми рису1
Назва: Складання та перевірка двох еталонних геномів без розривів для рису Сіань/індика розкриває розуміння архітектури центромери рослин
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Час розміщення: 1 січня 2021 р.
Інститут: Сільськогосподарський університет Хуажонг, Китай
Матеріали
O. sativa xian/Indicaсорти рису «Женьшань 97 (ZS97)» і «Мінхуей 63 (MH63)»
Стратегія секвенування
NGS читає + HiFi читає + CLR читає + BioNano + Hi-C
дані:
ZS97: 8,34 Гб（~23x）HiFi зчитування + 48,39 Гб (~131x ) CLR зчитування + 25 Гб (~69x) NGS + 2 ячейки BioNano Irys
MH63: 37,88 Гб (~103x) зчитування HiFi + 48,97 Гб (~132x) зчитування CLR + 28 Гб (~76x) NGS + 2 осередки BioNano Irys
Малюнок 1. Два геноми рису без прогалин (MH63 і ZS97)
2ndГеном банана2
Назва: Безрозривні хромосоми банана від теломера до теломера за допомогою секвенування нанопор
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Час розміщення: 17 квітня 2021 р.
Інститут: Університет Париж-Сакле, Франція
Матеріали
Подвійний гаплоїдMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Паханг)
Стратегія секвенування та дані:
Режим HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93Gb,~200X )+ Оптична карта (DLE-1+BspQ1)
Таблиця 1 Порівняння геномних збірок Musa acuminata (DH-Pahang).
Рисунок 2 Порівняння архітектури геномів Musa
3rdГеном Phaeodactylum tricornutum3
Назва: Збірка геному від теломер до теломерP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Час розміщення: 4 травня 2021 р
Інститут: Західний університет, Канада
Матеріали
Phaeodactylum tricornutum(Колекція культур водоростей і найпростіших CCAP 1055/1)
Стратегія секвенування та дані:
1 проточна кювета Oxford Nanopore minION + прогон NextSeq 550 2×75 із парним кінцем із середнім виходом
Малюнок 3 Робочий процес збирання геному від теломер до теломер
4thГеном CHM13 людини4
Назва: Повна послідовність геному людини
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Час розміщення: 27 травня 2021 р
Інститут: Національний інститут здоров'я (NIH), США
Матеріали: клітини лінії CHM13
Стратегія секвенування та дані:
30 × PacBio circular consensus sequencing (HiFi), 120 × Oxford Nanopore ultra-long read sequencing, 100 × Illumina PCR-Free секвенування (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), оптичні карти BioNano, і Strand-seq
Таблиця 2 Порівняння збірок генома людини GRCh38 і T2T-CHM13
довідка
1.Сергій Нурк та ін. Повна послідовність геному людини. bioRxiv 2021.05.26.445798; зробити:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. Керолайн Белсер та ін. Безрозривні хромосоми банана від теломер до теломер за допомогою секвенування нанопор. bioRxiv 2021.04.16.440017; зробити:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere та ін. Збірка геному від теломер до теломер Phaeodactylum tricornutum. bioRxiv 2021.05.04.442596; зробити:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. Jia-Ming Song та ін. Збірка та перевірка двох еталонних геномів без розривів для рису Сіань/індика розкриває розуміння архітектури центромери рослин. bioRxiv 2020.12.24.424073; зробити:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Час публікації: 06 січня 2022 р