Exclusive Agency for Korea

Повнорозмірний транскриптом нанопори

百迈客云网站-10

Повнорозмірний транскриптом нанопори

Секвенування транскриптомів нанопор є потужним методом секвенування кДНК повної довжини, точного визначення та кількісного визначення ізоформ транскриптів. BMKCloud Nanopore Full-Length Transcriptome Pipeline призначений для аналізу даних RNA-Seq, отриманих на платформі Nanopore, проти високоякісного добре анотованого еталонного генома, забезпечуючи якісний і кількісний аналіз як на рівні гена, так і на рівні транскрипту. Після контролю якості отримують повнорозмірні нехимерні (FLNC) послідовності та консенсусні послідовності відображають у еталонному геномі для видалення зайвих транскриптів. З цього набору транскриптів експресія визначається кількісно, ​​а диференціально експресовані гени та транскрипти ідентифікуються та функціонально анотуються. Конвеєр також включає аналіз альтернативного поліаденілування (APA), аналіз альтернативного сплайсингу, аналіз простого повторення послідовності (SSR), прогнозування lncRNA та відповідних мішеней, прогнозування кодуючих послідовностей (CDS), аналіз сімейства генів, аналіз факторів транскрипції, прогнозування нових генів та функціональна анотація стенограм.

 

Біоформатика

图片113

Надішліть нам своє повідомлення: