Збір геному на основі HI-C
HI-C-це метод, призначений для зйомки конфігурації хромосоми, поєднуючи взаємодію на основі зондування на основі близькості та високопропускну секвенування. Вважається, що інтенсивність цих взаємодій негативно корелює з фізичною відстані на хромосомах. Тому дані HI-C використовуються для керівництва кластеризацією, впорядкуванням та орієнтацією зібраних послідовностей у геномі проекту та закріплення тих, хто на певну кількість хромосом. Ця технологія дає змогу збірці геному на рівні хромосоми за відсутності генетичної карти на основі популяції. Кожен окремий геном потребує HI-C.
Особливості обслуговування
● Послідовність Illumina Novaseq з PE150.
● Служба вимагає зразків тканин, замість вилучених нуклеїнових кислот, для зшивання з формальдегідом та збереження взаємодій ДНК-білка.
● Експеримент HI-C передбачає обмеження та кінцевий ремонт липких кінців біотином з подальшим циркуляризацією отриманих тупих кінців, зберігаючи взаємодію. Потім ДНК витягують вниз за допомогою стрептавідин -намистин і очищають для подальшої підготовки бібліотеки.
Переваги послуг
Огляд HI-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Наука, 2009)
●Усунення потреби в даних генетичної популяції:HI-C замінює основну інформацію, необхідну для кріплення контига.
●Висока щільність маркера:що призводить до високого коефіцієнта кріплення контига вище 90%.
●Широкі записи та публікації:BMKGENE має величезний досвід з більш ніж 2000 випадками складання геному HI-C від 1000 різних видів та різних патентів. Понад 200 опублікованих випадків мають накопичуючий фактор впливу понад 2000.
●Висококваліфікована команда біоінформатики:За допомогою внутрішніх патентів та програмних авторських прав на експерименти HI-C та аналіз даних, саморозвинене програмне забезпечення для візуалізації дозволяє ручним блоком переміщення, повернути, відкликати та переробляти.
●Підтримка після продажу:Наше зобов’язання виходить за рамки завершення проекту з 3-місячним післяпродажним періодом. За цей час ми пропонуємо подальше спостереження за проектами, допомогу у вирішенні несправностей та сесії запитань та запитань для вирішення будь-яких запитів, пов'язаних з результатами.
●Комплексна анотація: Ми використовуємо кілька баз даних для функціонального анотації генів із виявленими варіаціями та проводимо відповідний аналіз збагачення, забезпечуючи розуміння декількох дослідницьких проектів.
Технічні характеристики послуг
| Підготовка бібліотеки | Стратегія послідовності | Рекомендовані дані даних | Контроль якості |
| Бібліотека Hi-C | Illumina Novaseq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Вимоги до вибірки
| Тканина | Необхідна сума |
| Вішер тварини | ≥ 2 г |
| Тварина | |
| Кров ссавців | ≥ 2 мл |
| Птиця/рибальна кров | |
| Рослина- свіжий лист | ≥ 3 г |
| Культивовані клітини | ≥ 1x107 |
| Комаха | ≥ 2 г |
РОБОТИ РОБОТА
Дизайн експерименту
Доставка зразків
Будівництво бібліотеки
Послідовність
Аналіз даних
Послуги після продажу
1) QC RAW DATA
2) QC бібліотека HI-C: Оцінка дійсних взаємодій HI-C
3) Збірка HI-C: Кластеризація контигів у групах з подальшим впорядкуванням контиг у кожній групі та призначення орієнтації на контиг
4) Оцінка HI-C
HI-C Бібліотека QC-Оцінка дійсних пар взаємодії HI-C
HI-C Асамблея-Статистика
Оцінка після складання-теплова карта інтенсивності сигналу між бункерами
Дослідіть просування, спричинені послугами зборів HI-C BMKGENE через кураторську колекцію публікацій.
Тянь, Т. та ін. (2023) «Збір геному та генетична розсічення видатної посухостійкої кукурудзяної зародки», генетика природи 2023 55: 3, 55 (3), с. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL та ін. (2020) "Асамблея хромосоми генома азіатської медоносної бджоли API Cerana", кордони в генетиці, 11, с. 524140. Doi: 10.3389/fgene.2020.00279/bibtex.
Чжан, Ф. та ін. (2023) "Розкриття еволюції біосинтезу трофану алкалоїдів шляхом аналізу двох геномів у сімействі Соланцеа", Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), с. 1–18. doi: 10.1038/S41467-023-37133-4.
Чжан, X. та ін. (2020) "Геноми баньянського дерева та оси запилювачів дають уявлення про коефію з фігурною", клітина, 183 (4), с. 875-889.e17. doi: 10.1016/j.cell.2020.09.043
