Взаємодія хроматину на основі Hi-C
Особливості сервісу
● Секвенування на Illumina NovaSeq з PE150.
● Служба вимагає, щоб зразки тканин замість екстрагованих нуклеїнових кислот з’єднували формальдегідом і зберігали взаємодію ДНК-білок.
● Експеримент Hi-C включає обмеження та відновлення кінців липких кінчиків за допомогою біотину з подальшим круготворенням отриманих тупих кінчиків із збереженням взаємодії. Потім ДНК витягують кульками стрептавідину та очищають для подальшого приготування бібліотеки.
Переваги сервісу
●Оптимальний дизайн ферменту рестрикції: для забезпечення високої ефективності Hi-C для різних видів із до 93% дійсних пар взаємодії.
●Велика експертиза та публікації:BMKGene має величезний досвід із понад 2000 проектами Hi-C секвенування 800 різних видів і різних патентів. Понад 100 опублікованих випадків із сукупним імпакт-фактором понад 900.
●Висококваліфікована команда біоінформатики:з власними патентами та авторськими правами на програмне забезпечення для експериментів і аналізу даних Hi-C, а також власно розробленим програмним забезпеченням візуалізації даних.
●Підтримка після продажу:Наше зобов’язання поширюється на період після завершення проекту з 3-місячним періодом післяпродажного обслуговування. Протягом цього часу ми пропонуємо подальше спостереження за проектом, допомогу з усунення несправностей і сеанси запитань і відповідей, щоб відповісти на будь-які запитання, пов’язані з результатами.
●Вичерпна анотація: ми використовуємо численні бази даних, щоб функціонально анотувати гени з ідентифікованими варіаціями та виконати відповідний аналіз збагачення, надаючи інформацію про численні дослідницькі проекти.
Специфікації послуги
| Бібліотека | Стратегія секвенування | Рекомендований вихід даних | Роздільна здатність сигналу Hi-C |
| Бібліотека Hi-C | Illumina PE150 | Петля хроматину: 150x TAD: 50x | Петля хроматину: 10 Кб ТАД: 40 Кб |
Вимоги до обслуговування
| Тип зразка | Необхідна сума |
| Тваринні тканини | ≥2 г |
| Цільна кров | ≥2 мл |
| Гриби | ≥1г |
| Рослина - молода тканина | 1 г/аліквоту, рекомендовано 2-4 аліквоти |
| Культивовані клітини | ≥1x107 |
Включає наступний аналіз:
● КЯ необроблених даних;
● Відображення та контроль якості бібліотеки Hi-C: дійсні пари взаємодії та експоненти розпаду взаємодії (IDE);
● Загальногеномний профіль взаємодії: цис/транс аналіз і карта взаємодії Hi-C;
● Аналіз розподілу відсіків A/B;
● Ідентифікація TAD і хроматинових петель;
● Диференціальний аналіз тривимірних елементів структури хроматину серед зразків і відповідна функціональна анотація асоційованих генів.
Пропорційний розподіл цис і транс
Теплова карта хромосомних взаємодій між зразками
Розподіл компартментів A/B по всьому геному
Розповсюдження хроматинових петель по геному
Візуалізація TAD
Ознайомтеся з досягненнями в дослідженнях завдяки службам Hi-C секвенування BMKGene за допомогою підібраної колекції публікацій.
Meng, T. та ін. (2021) «Порівняльний комплексний мультиомічний аналіз визначає CA2 як нову мішень для хордоми»,Нейроонкологія, 23 (10), стор. 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Xu, L. та ін. (2021) «Тривимірна дезорганізація та перебудова геному дають змогу зрозуміти патогенез НАЖХП за допомогою інтегрованого секвенування Hi-C, нанопор і РНК»,Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), стор. 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
