Збірка грибкового геному De novo
BMKGENE пропонує універсальні рішення для геномів грибів, які задовольняють різноманітні дослідницькі потреби та бажану повноту геному. Використання тільки секвенування короткого зчитування Illumina дозволяє створити чернетку геному. Коротке зчитування та секвенування з довгим зчитуванням за допомогою Nanopore або Pacbio поєднуються для отримання більш тонкого генома гриба з довшими контигами. Крім того, інтеграція секвенування Hi-C ще більше розширює можливості, дозволяючи отримати повний геном на рівні хромосоми.
Особливості сервісу
З трьома можливими варіантами на вибір залежно від бажаного ступеня повноти геному:
● Варіант чернетки генома: секвенування короткого зчитування за допомогою Illumina NovaSeq PE150.
● Варіант грибкового тонкого генома:
Дослідження геному: Illumina NovaSeq PE150.
Збірка геному: PacBio Revio (HiFi читає) або Nanopore PromethION 48.
● Грибковий геном на рівні хромосоми:
Дослідження геному: Illumina NovaSeq PE150.
Збірка геному: PacBio Revio (HiFi читає) або Nanopore PromethION 48.
Анкерування Contig за допомогою монтажу Hi-C.
Переваги сервісу
●Доступні кілька стратегій секвенування: Для різних цілей дослідження та вимог повноти геному
●Повний робочий процес біоінформатики:Це включає збірку геному та передбачення кількох геномних елементів, функціональну анотацію гена та закріплення контиґів.
●Великий досвід: Зібрані понад 12 000 мікробних геномів ми пропонуємо понад десятирічний досвід, висококваліфіковану аналітичну команду, повний контент і чудову підтримку після продажу.
●Підтримка після продажу:Наше зобов’язання поширюється на період після завершення проекту з 3-місячним періодом післяпродажного обслуговування. Протягом цього часу ми пропонуємо подальше спостереження за проектом, допомогу з усунення несправностей і сеанси запитань і відповідей, щоб відповісти на будь-які запитання, пов’язані з результатами.
Специфікації послуги
| Сервіс | Стратегія секвенування | Контроль якості |
| Проект геному | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Прекрасний геном | Дослідження геному: Illumina PE150 50 x Монтаж: PacBio HiFi 30x або Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb（Pacbio Unicellular） contig N50 ≥2Mb（ONT Unicellular） contig N50 ≥500kb（інші） |
| Геном хромосомного рівня | Дослідження геному: Illumina PE150 50 x Монтаж: PacBio HiFi 30x або Nanopore 100x Збірка Hi-C 100x | Коефіцієнт закріплення Contig>90%
|
Вимоги до обслуговування
| Концентрація (нг/мкл) | Загальна кількість (мкг) | Об'єм (мкл) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | ≥1,6 |
| Нанопора | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | 1,0-3,0 |
| Ілюміна | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Одноклітинний гриб: ≥3,5x1010 клітини
Макрогриб: ≥10 г
Потік роботи служби
Доставка зразків
Будівництво бібліотеки
Секвенування
Аналіз даних
Післяпродажне обслуговування
Включає наступний аналіз:
Огляд геному:
- Контроль якості даних секвенування
- Оцінка геному: розмір, гетерозиготність, повторювані елементи
Точна збірка геному:
- Контроль якості даних секвенування
- De novoЗбірка
- Аналіз компонентів геному: прогнозування CDS і кількох геномних елементів
- Функціональна анотація з кількома загальними базами даних (GO, KEGG тощо) і розширеними базами даних (CARD, VFDB тощо)
Збірка Hi-C:
- Оцінка бібліотеки Hi-C.
- Контиги прикріплюють кластеризацію, упорядкування та орієнтування
- Оцінка збірки HI-C: на основі еталонного геному та теплової карти
Огляд геному: розподіл k-mer
Збірка геному: гомологічна анотація гена (база даних NR)
Збірка геному: функціональна генна анотація (GO)
Ознайомтеся з досягненнями завдяки послугам BMKGene зі збирання генома грибів за допомогою підібраної колекції публікацій.
Хао, Дж. та ін. (2023) «Інтегроване омічне профілювання лікарського гриба Inonotus obliquus у занурених умовах»,BMC Genomics, 24(1), стор. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Лу, Л. та ін. (2023) «Секвенування геному розкриває еволюцію та патогенні механізми збудника гострої очної плями пшениці Rhizoctonia cerealis»,Журнал урожаю, 11(2), стор. 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. та ін. (2023) «Ресурси генома для чотирьох видів Clarireedia, що спричиняють доларову пляму на різноманітних травах»,Захворювання рослин, 107 (3), стор 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS та ін. (2023) «Генетичні та молекулярні докази тетраполярної системи парування в їстівних грибах Grifola frondosa»,Журнал грибів, 9(10), стор. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
