Еволюційна генетика
Переваги сервісу
Такагі та ін.,Рослинний журнал, 2013
●Комплексний біоінформаційний аналіз:можливість оцінки генетичного різноманіття, яке відображає еволюційний потенціал видів, і виявлення надійного філогенетичного зв'язку між видами з мінімізованим впливом конвергентної еволюції та паралельної еволюції
●Додатковий індивідуальний аналіз: наприклад, оцінка часу та швидкості дивергенції на основі варіацій на рівні нуклеотидів та амінокислот.
●Велика експертиза та записи про публікації: BMKGene накопичила величезний досвід у проектах з популяційної та еволюційної генетики протягом понад 15 років, що охоплюють тисячі видів тощо, і брала участь у понад 1000 проектах високого рівня, опублікованих у Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal тощо.
● Висококваліфікована команда біоінформатики та короткий цикл аналізу: завдяки великому досвіду передового геномного аналізу, команда BMKGene забезпечує комплексний аналіз із швидким часом виконання.
● Післяпродажна підтримка:Наше зобов’язання поширюється на період після завершення проекту з 3-місячним періодом післяпродажного обслуговування. Протягом цього часу ми пропонуємо подальше спостереження за проектом, допомогу з усунення несправностей і сеанси запитань і відповідей, щоб відповісти на будь-які запитання, пов’язані з результатами.
Специфікації та вимоги до послуг
| Тип секвенування | Рекомендований масштаб населення | Стратегія секвенування | Вимоги до нуклеотидів |
| Секвенування повного геному | ≥ 30 осіб, з ≥ 10 особами з кожної підгрупи
| 10x | Концентрація: ≥ 1 нг/мкл Загальна сума≥ 30нг Обмежене розкладання чи забруднення або їх відсутність |
| Специфічний локус ампліфікований фрагмент (SLAF) | Глибина тегу: 10x Кількість тегів: <400 Мб: рекомендовано WGS <1Gb: 100K тегів 1 Гб >2Gb: 300K тегів Максимум 500 тисяч тегів | Концентрація ≥ 5 нг/мкл Загальна кількість ≥ 80 нг Нанокрапля OD260/280=1,6-2,5 Агарозний гель: відсутність або обмежене розкладання чи забруднення
|
Потік роботи служби
Дизайн експерименту
Доставка зразків
Будівництво бібліотеки
Секвенування
Аналіз даних
Післяпродажне обслуговування
Послуга включає аналіз структури популяції (філогенетичне дерево, PCA, діаграма стратифікації популяції), різноманітність популяції та відбір популяції (нерівновага зчеплення, селективний відбір вигідних місць). Послуга також може включати індивідуальний аналіз (наприклад, час дивергенції, потік генів).
*Наведені тут демонстраційні результати взято з геномів, опублікованих за допомогою BMKGENE
1. Еволюційний аналіз містить побудову філогенетичного дерева, структури популяції та PCA на основі генетичних варіацій.
Філогенетичне дерево представляє таксономічні та еволюційні зв’язки між видами зі спільним предком.
PCA має на меті візуалізувати близькість між субпопуляціями.
Структура популяції показує наявність генетично відмінної субпопуляції з точки зору частоти алелів.
Чен та ін. ін.,PNAS, 2020 рік
2. Вибіркова розгортка
Вибіркова розгортка стосується процесу, за допомогою якого вибирається вигідний сайт і частота пов’язаних нейтральних сайтів збільшується, а частота незв’язаних сайтів зменшується, що призводить до зменшення регіональних.
Виявлення в масштабах геному в областях вибіркової розгортки обробляється шляхом обчислення популяційного генетичного індексу (π, Fst, D Tajima) усіх SNP у ковзному вікні (100 Кб) на певному кроці (10 Кб).
Різноманітність нуклеотидів (π)
Таджима Д
Індекс фіксації (Fst)
Ву та ін. ін.,Молекулярна рослина, 2018 рік
3. Потік генів
Ву та ін. ін.,Молекулярна рослина, 2018 рік
4.Демографічна історія
Чжан та ін. ін.,Екологія природи та еволюція, 2021 рік
5. Час розбіжності
Чжан та ін. ін.,Екологія природи та еволюція, 2021 рік
Ознайомтеся з досягненнями завдяки послугам еволюційної генетики BMKGene за допомогою підібраної колекції публікацій:
Hassanyar, AK та ін. (2023) «Відкриття молекулярних маркерів SNP і генів-кандидатів, пов’язаних із стійкістю до вірусу Sacbrood у личинках Apis cerana cerana шляхом повторного секвенування всього генома»,Міжнародний журнал молекулярних наук, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. та ін. (2022) «Відкриття дикої, генетично чистої китайської гігантської саламандри створює нові можливості для збереження»,Зоологічні дослідження, 2022, том. 43, випуск 3, сторінки: 469-480, 43(3), стор. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. та ін. (2022) «Філогеографічна структура та історія еволюції популяції корінного Elymus sibiricus L. на Цинхай-Тибетському плато»,Кордони рослинництва, 13, стор. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. та ін. (2022) «Геномне розуміння еволюції лонгану на основі збірки генома на рівні хромосоми та популяційної геноміки зразків лонгану»,Дослідження садівництва, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
