Повнометражна послідовність мРНК -pacbio
Особливості
● Синтез кДНК з полі-мРНК з подальшим підготовкою бібліотеки
● Послідовність у режимі CCS, генерування зчитування hifi
● Послідовність стенограм повної довжини
● Аналіз не потребує еталонного геному; Однак він може бути використаний
● Біоінформатичний аналіз дозволяє проаналізувати стенограми ізоформи lncrNA, злиття генів, полі-аденілювання та структури генів
Переваги послуг
●Висока точність: Hifi читає з точністю> 99,9% (Q30), порівняно з NGS
● Альтернативний аналіз сплайсингу: секвенування всіх стенограм дозволяє ідентифікацію та характеристику ізоформи
●Широка експертиза: Завдяки виконанню понад 1100 проектів Pacbio повнометражного транскрипту та обробки понад 2300 зразків, наша команда приносить багатий досвід кожного проекту.
●Підтримка після продажу: Наше зобов’язання виходить за рамки завершення проекту з 3-місячним післяпродажним періодом. За цей час ми пропонуємо подальше спостереження за проектами, допомогу у вирішенні несправностей та сесії запитань та запитань для вирішення будь-яких запитів, пов'язаних з результатами.
Зразки вимог та доставки
| Бібліотека | Стратегія послідовності | Рекомендовані дані | Контроль якості |
| Полі, збагачена бібліотека CCS MRNA | Pacbio продовження II Pacbio revio | 20/40 Гб 5/10 М | Q30≥85% |
Вимоги до вибірки:
Нуклеотиди:
● Рослини:
Корінь, стебло або пелюстка: 450 мг
Лист або насіння: 300 мг
Плід: 1,2 г
● Тварина:
Серце чи кишечник: 300 мг
Вісцера або мозок: 240 мг
М'яз: 450 мг
Кістки, волосся або шкіра: 1г
● членистоноги:
Комахи: 6G
Раковина: 300 мг
● Цільна кров: 1 трубка
● Клітини: 106 клітини
| Конц. (Ng/мкл) | Кількість (мкг) | Чистота | Цілісність |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Обмежене або відсутність білка або забруднення ДНК, показаного на гелі. | Для рослин: rin≥7,5; Для тварин: rin≥8,0; 5,0≥ 28S/18S≥1,0; обмежена або відсутність базової висоти |
Рекомендована доставка зразків
Контейнер: 2 мл центрифугової трубки (олов'яна фольга не рекомендується)
Маркування зразків: група+повторення, наприклад, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Відвантаження:
1. Сухий погляд: зразки потрібно упакувати в мішках і закопувати в сухий льоду.
2. РНАТУРАТИВНІ ТУБИ: Зразки РНК можна сушити в трубці стабілізації РНК (наприклад, RNASTABLE®) та відправляти в кімнатну температуру.
РОБОТИ РОБОТА
Дизайн експерименту
Доставка зразків
Екстракція РНК
Будівництво бібліотеки
Послідовність
Аналіз даних
Послуги після продажу
Включає такий аналіз:
● Контроль якості даних RAW
● Альтернативний аналіз поліаденілювання (APA)
● Аналіз стенограми синтезу
● Альтернативний аналіз сплайсингу
● Бенчмаркінг універсального аналізу однокопічних ортологів (BUSCO)
● Аналіз нової стенограми: прогнозування послідовностей кодування (CDS) та функціональної анотації
● Аналіз LNCRNA: Прогнозування LNCRNA та цілей
● Ідентифікація мікросателіту (SSR)
Аналіз Busco
Альтернативний аналіз сплайсингу
Альтернативний аналіз поліаденілювання (APA)
Функціональна анотація нових стенограм
Дослідіть просування, спричинені наноповими службами послідовності мРНК BMKGENE в цій публікації.
Ма, Ю. та ін. (2023) "Порівняльний аналіз методів секвенування РНК Pacbio та ONT для ідентифікації отрути Nemopilema nomurai", геноміка, 115 (6), с. 110709. Doi: 10.1016/j.ygeno.2023.110709.
Чао, Q. та ін. (2019) «Динаміка розвитку транскрипту Populus STEM», Журнал біотехнології рослин, 17 (1), с. 206–219. doi: 10.1111/pbi.12958.
Ден, Х. та ін. (2022) "Динамічні зміни вмісту аскорбінової кислоти під час розвитку фруктів та дозрівання актинідії Латифолія (багатий аскорбатами фруктових культур) та пов'язаних з ними молекулярних механізмів", Міжнародний журнал молекулярних наук, 23 (10), с. 5808. doi: 10.3390/ijms23105808/s1.
Hua, X. та ін. (2022) "Ефективне прогнозування генів біосинтетичного шляху, що беруть участь у біоактивних поліфіллінах у Паризькій поліфіллі", Комунікаційна біологія 2022 5: 1, 5 (1), с. 1–10. doi: 10.1038/S42003-022-03000-z.
Лю, М. та ін. (2023) "Комбінований аналіз Pacbio ISO-Seq та Illumina RNA-Seq транскриптом Tuta Absoluta (Meyrick) та цитохрому P450 генів", комахи, 14 (4), с. 363. Doi: 10.3390/комах14040363/s1.
Wang, Lijun та ін. (2019) "Опитування складності транскрипту з використанням одномолекулярного аналізу в реальному часі Pacbio в поєднанні з послідовністю РНК ілюмінуна для кращого розуміння біосинтезу рицинолевої кислоти в Ricinus Communis", BMC Genomics, 20 (1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
