Порівняльна геноміка
Переваги сервісу
●Велика експертиза та записи про публікації: разом із накопиченим BMKGene завершила понад 90 проектів порівняльної геноміки, сукупний імпакт-фактор досяг 900.
●Комплексний біоінформаційний аналіз: пакет аналізів містить вісім найбільш потрібних аналізів, що забезпечує добре розроблені цифри, готові до публікації, і дозволяє легко інтерпретувати результати
●Висококваліфікована команда біоінформатики та короткий цикл аналізу: володіючи великим досвідом порівняльного геномного аналізу, команда BMKGene виконує різноманітні вимоги до персоналізованого аналізу за короткий час.
●Підтримка після продажу:Наше зобов’язання поширюється на період після завершення проекту з 3-місячним періодом післяпродажного обслуговування. Протягом цього часу ми пропонуємо подальше спостереження за проектом, допомогу з усунення несправностей і сеанси запитань і відповідей, щоб відповісти на будь-які запитання, пов’язані з результатами.
Специфікації послуги
| Орієнтовний час виконання | Кількість видів | Аналізи |
| 30 робочих днів | 6 - 12 | Кластеризація сімейства генів Розширення та скорочення сімейства генів Побудова філогенетичного дерева Оцінка часу дивергенції (потрібне калібрування викопних копалин) Час вставки LTR (для рослин) Дуплікація всього геному (для рослин) Вибірковий тиск Синтетичний аналіз |
Біоінформаційні аналізи
● Родина ген
● Філогенетика
● Час розбіжності
● Вибірковий тиск
● Синтетичний аналіз
Вимоги до зразків і доставка
Вимоги до зразків:
Тканина або ДНК для секвенування та складання геному
Для тканини
| види | Тканина | Опитування | PacBio CCS |
| Тварина | Вісцеральна тканина | 0,5 ~ 1 г | ≥ 3,5 г |
| М'язова тканина | |||
| ≥ 5,0 г | |||
| ≥ 5,0 мл | |||
| Кров ссавців | |||
| ≥ 0,5 мл | |||
| Кров птиці/риби | |||
| Завод | Свіжий лист | 1 ~ 2 г | ≥ 5,0 г |
| Пелюстка/стебло | 1 ~ 2 г | ≥ 10,0 г | |
| Корінь/насіння | 1 ~ 2 г | ≥ 20,0 г | |
| Клітини | Культивована клітина | - | ≥ 1 x 108 |
Дані
Файли послідовності геному (.fasta) і файли анотацій (.gff3) близькоспоріднених видів
Потік роботи служби
Дизайн експерименту
Доставка зразків
Будівництво бібліотеки
Секвенування
Аналіз даних
Післяпродажне обслуговування
*Наведені тут демонстраційні результати взято з геномів, опублікованих за допомогою Biomarker Technologies
1. Оцінка часу вставки LTR: На рисунку показано унікальний бімодальний розподіл часу введення LTR-RT у геном жита Вейнінга порівняно з іншими видами. Останній пік з’явився приблизно 0,5 мільйона років тому.
Лі Гуан та ін.,Генетика природи, 2021 рік
2. Аналіз філогенії та сімейства генів чайота (Sechium edule): Аналізуючи чайот та інші 13 споріднених видів у сімействі генів, було встановлено, що чайот найбільше пов’язаний зі зміїним гарбузом (Trichosanthes anguina). Чайот, отриманий із зміїного гарбуза приблизно 27-45 млн років тому, і подвоєння повного геному (WGD) спостерігалося в чайоті 25±4 млн років тому, що є третьою подією WGD у кукуїбітових.
Фу А та ін.,Дослідження садівництва, 2021 рік
3. Синтетичний аналіз: деякі гени, пов’язані з фітогормонами у розвитку плодів, були знайдені в чайоті, зміїному гарбузі та кабачках. Кореляція між чайотом і кабачком трохи вища, ніж між чайотом і зміїним гарбузом.
Фу А та ін.,Дослідження садівництва, 2021 рік
4.Аналіз сімейства генів: збагачення KEGG щодо розширення та скорочення сімейства генів у геномах G.thurberi та G.davidsonii показало, що гени, пов’язані з біосинтезом стероїдів і брасиностероїдів, були розширені.
Yang Z та ін.,BMC Біологія, 2021 рік
5. Аналіз дуплікації всього генома: Аналіз розподілу 4DTV і Ks показує подію дуплікації всього геному. Піки внутрішньовидових подій показали дублювання. Піки міжвидових подій видоутворення. Аналіз показав, що порівняно з іншими трьома близькими видами O. europaea нещодавно пройшов через масштабну дуплікацію генів.
Rao G та ін.,Дослідження садівництва, 2021 рік
Корпус БМК
Троянда без колючок: геномні знання, пов’язані з адаптацією вологи
Опубліковано: Національний науковий огляд, 2021 рік
Стратегія послідовності:
«Бейсі».без шипів' (Р.Wichurainan) геном:
прибл. 93 X PacBio + прибл. 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Ключові результати
1.Високоякісний геном R.wichuraiana був створений за допомогою методів секвенування тривалого зчитування, які дають збірку 530,07 Мб (розрахунковий розмір геному становив приблизно 525,9 Мб за допомогою проточної цитометрії та 525,5 за допомогою дослідження геному; Гетерозиготність становила близько 1,03%). Оцінка BUSCO склала 93,9%. Порівняно зі «Старим рум’янцем» (haploOB), якість і повнота цього геному була підтверджена базовою одноосновною точністю та індексом збірки LTR (LAI=20,03). Геном R.wichuraiana містить 32 674 гени, що кодують білок.
2. Мультиомічний спільний аналіз, що складається з порівняльної геноміки, транскриптоміки, аналізу QTL генетичної популяції, виявив важливий видовідношення між R. wichuraiana та Rosa chinensis. Крім того, варіація експресії споріднених генів у QTL, ймовірно, була пов’язана з візерунком колючок стебла.
Порівняльний геномний аналіз між Basye;s Thornless і Rosa chinensis, включаючи аналіз синтенії, кластер генів, аналіз розширення та скорочення, виявив велику кількість варіацій, які стосуються ключових ознак троянд. Унікальне розширення сімейства генів NAC і FAR1/FRS, швидше за все, було пов’язане зі стійкістю до чорної плямистості.
Порівняльний геномний аналіз геномів BT і haploOB.
Чжун, М. та ін. «Троянда без колючок: геномні знання, пов’язані з адаптацією вологи»Національний науковий огляд, 2021;, nwab092.
