Груповий сегрегований аналіз
Переваги сервісу
Такагі та ін., The plant journal, 2013
● Точна локалізація: змішування мас від 30+30 до 200+200 осіб для мінімізації фонового шуму; прогнозування регіону-кандидата на основі несинонімічних мутантів.
● Всебічний аналіз: поглиблена анотація функції гена-кандидата, включаючи NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG тощо.
● Швидший час виконання: швидка локалізація гена протягом 45 робочих днів.
● Великий досвід: BMK зробив внесок у локалізацію тисяч ознак, охоплюючи різноманітні види, такі як культури, водні продукти, ліс, квіти, фрукти тощо.
Специфікації послуги
Населення:
Розділення потомства батьків з протилежними фенотипами.
наприклад, потомство F2, зворотне схрещування (BC), рекомбінантна інбредна лінія (RIL)
Змішування басейну
Для якісних ознак: від 30 до 50 особин (мінімум 20)/маса
Для кількісних показників: від 5% до 10% особин із крайніми фенотипами у всій популяції (мінімум 30+30).
Рекомендована глибина секвенування
Принаймні 20X/батько та 1X/особина потомства (наприклад, для пулу змішування нащадків із 30+30 особин, глибина секвенування буде 30X на групу)
Біоінформаційні аналізи
● Повторне секвенування геному
● Обробка даних
● Виклик SNP/Indel
● Скринінг регіону-кандидата
● Анотація можливої функції гена
Вимоги до зразків і доставка
Вимоги до зразків:
Нуклеотиди:
| зразок гДНК | Зразок тканини |
| Концентрація: ≥30 нг/мкл | Рослини: 1-2 г |
| Кількість: ≥2 мкг (об’єм ≥15 мкл) | Тварини: 0,5-1 г |
| Чистота: OD260/280 = 1,6-2,5 | Цільна кров: 1,5 мл |
Потік роботи служби
Дизайн експерименту
Доставка зразків
екстракція РНК
Будівництво бібліотеки
Секвенування
Аналіз даних
Післяпродажне обслуговування
1. База аналізу асоціацій на основі евклідової відстані (ED) для визначення регіону-кандидата. На наступному малюнку
Вісь Х: число хромосом; Кожна точка представляє значення ED SNP. Чорна лінія відповідає встановленому значенню ED. Більш високе значення ED вказує на більш значний зв’язок між сайтом і фенотипом. Червона пунктирна лінія представляє поріг значущого зв’язку.
2. Асоціаційний аналіз на основі відсутності SNP-індексу
Вісь Х: число хромосом; Кожна точка представляє значення SNP-індексу. Чорна лінія означає підігнане значення індексу SNP. Чим більше значення, тим важливішим є зв’язок.
Корпус БМК
Локус кількісної ознаки основного ефекту Fnl7.1 кодує рясний білок пізнього ембріогенезу, пов’язаний з довжиною шийки плоду в огірка
Опубліковано: Журнал біотехнології рослин, 2020 рік
Стратегія послідовності:
Батьки (Jin5-508, YN): Повторне секвенування всього геному для 34× і 20×.
Пули ДНК (50 з довгою шиєю та 50 з короткою шиєю): повторне секвенування для 61× та 52×
Ключові результати
У цьому дослідженні сегрегаційна популяція (F2 і F2:3) була створена шляхом схрещування лінії огірків з довгою шиєю Jin5-508 і YN з короткою шиєю. Два пули ДНК були створені 50 особинами з надзвичайно довгою шиєю та 50 особами з надзвичайно короткою шиєю. Основний ефект QTL був ідентифікований на Chr07 за допомогою аналізу BSA та традиційного картування QTL. Область-кандидат була додатково звужена шляхом точного картування, кількісного визначення експресії генів і трансгенних експериментів, які виявили ключовий ген у контролі довжини шиї, CsFnl7.1. Крім того, виявлено, що поліморфізм у промоторній області CsFnl7.1 пов’язаний з відповідною експресією. Подальший філогенетичний аналіз показав, що локус Fnl7.1, швидше за все, походить з Індії.
 QTL-картування в аналізі BSA для визначення регіону-кандидата, пов’язаного з довжиною шийки огірка |  Профілі LOD QTL довжини шиї огірка, ідентифіковані на Chr07 |
Xu, X. та ін. «Основний локус кількісної ознаки Fnl7.1 кодує рясний білок пізнього ембріогенезу, пов’язаний з довжиною шийки плоду в огірку». Журнал біотехнології рослин 18.7 (2020).
