BMKMANU S3000_Просторовий транскриптом
Технічна схема просторового транскриптому BMKMANU S3000
особливості
- Роздільна здатність: 3,5 мкМ
- Діаметр плями: 2,5 мкМ
- Кількість місць: приблизно 4 мільйони
- 3 можливі формати області захоплення: 6,8 мм * 6,8 мм, 11 мм * 11 мм або 15 мм * 20 мм
- Кожна кулька зі штрих-кодом заповнена праймерами, що складаються з 4 секцій:
• полі(дТ) хвіст для праймінгу мРНК і синтезу кДНК,
• Унікальний молекулярний ідентифікатор (UMI) для корекції зміщення ампліфікації
• Просторовий штрих-код
• Послідовність зв'язування праймера секвенування часткового зчитування 1
- H&E та флуоресцентне фарбування зрізів
- Можливість використання технології сегментації клітин: інтеграція фарбування H&E, флуоресцентного фарбування та секвенування РНК для визначення меж кожної клітини та правильного призначення експресії генів кожній клітині. Обробка аналізу просторового профілювання вниз за течією на основі bin клітинки.
- Можливість досягнення багаторівневого аналізу роздільної здатності: гнучкий багаторівневий аналіз у діапазоні від 100 мкм до 3,5 мкм для визначення різноманітних особливостей тканини з оптимальною роздільною здатністю.
Переваги BMKMANU S3000
-Подвоєння місць захоплення до 4 мільйонів: з покращеною роздільною здатністю 3,5 мкМ, що веде до кращого виявлення генів і UMI на клітину. Це призводить до покращеного кластеризування клітин на основі профілів транскрипції з більш тонкими деталями, які відповідають структурі тканин.
- Субклітинна роздільна здатність:Кожна область захоплення містила понад 2 мільйони просторових плям зі штрих-кодом діаметром 2,5 мкм і відстанню 5 мкм між центрами плям, що дає змогу аналізувати просторовий транскриптом із субклітинною роздільною здатністю (5 мкм).
-Багаторівневий аналіз роздільної здатності:Гнучкий багаторівневий аналіз в діапазоні від 100 мкм до 5 мкм для визначення різноманітних особливостей тканини з оптимальною роздільною здатністю.
-Можливість використання технології сегментації комірок «Три в одному слайді»:поєднуючи флуоресцентне фарбування, фарбування H&E та секвенування РНК на одному предметному склі, наш алгоритм аналізу «три в одному» дає змогу ідентифікувати межі клітин для подальшої клітинної транскриптоміки.
-Сумісність із кількома платформами секвенування: доступні як NGS, так і послідовність тривалого читання.
-Гнучка конструкція 1-8 активних зон захоплення: розмір області захоплення гнучкий, можливе використання 3 форматів (6,8 мм * 6,8 мм., 11 мм * 11 мм і 15 мм * 20 мм)
-Єдине обслуговування: об’єднує всі етапи, засновані на досвіді та навичках, включаючи кріозрізи, фарбування, оптимізацію тканин, просторове штрих-кодування, підготовку бібліотеки, секвенування та біоінформатику.
-Комплексна біоінформатика та зручна візуалізація результатів:Пакет включає 29 аналізів і понад 100 високоякісних зображень у поєднанні з використанням програмного забезпечення, розробленого власними силами, для візуалізації та налаштування розподілу клітин і точкової кластеризації.
-Індивідуальний аналіз і візуалізація даних: доступний для різних дослідницьких запитів
-Висококваліфікована технічна команда: має досвід роботи з понад 250 типами тканин і понад 100 видами, включаючи людину, мишу, ссавців, риб і рослин.
-Оновлення всього проекту в реальному часі: з повним контролем ходу експерименту.
-Додатковий спільний аналіз із одноклітинним секвенуванням мРНК
Специфікації послуги
| Зразок вимог | Бібліотека | Стратегія секвенування | Рекомендовані дані | Контроль якості |
| Кріозразки, вбудовані в OCT (Оптимальний діаметр: прибл. 6×6×6 мм³) 2 блоки на зразок 1 для експерименту, 1 для резервного копіювання | Бібліотека кДНК S3000 | Illumina PE150 | 160K PE зчитування на 100υM (250 Гб) | RIN > 7 |
Щоб отримати докладніші відомості про інструкції з підготовки зразків і робочий процес обслуговування, будь ласка, не соромтеся поговорити з aЕксперт BMKGENE
Потік роботи служби
На етапі підготовки зразка виконується початкове випробування масової екстракції РНК, щоб переконатися, що можна отримати високоякісну РНК. На етапі оптимізації тканини зрізи фарбують і візуалізують, а умови пермеабілізації для вивільнення мРНК із тканини оптимізують. Потім оптимізований протокол застосовується під час створення бібліотеки з подальшим секвенуванням та аналізом даних.
Повний робочий процес обслуговування включає оновлення в режимі реального часу та підтвердження клієнта для підтримки оперативного зворотного зв’язку, що забезпечує безперебійне виконання проекту.
Дані, отримані за допомогою BMKMANU S3000, аналізуються за допомогою програмного забезпечення «BSTMatrix», незалежно розробленого компанією BMKGENE, яке створює матрицю експресії генів на рівні клітин і багаторівневої роздільної здатності. Звідти створюється стандартний звіт, який включає контроль якості даних, аналіз внутрішньої вибірки та міжгруповий аналіз.
- Контроль якості даних:
- Виведення даних і розподіл показників якості
- Виявлення генів на пляму
- Покриття тканин
- Аналіз внутрішньої вибірки:
- Генне багатство
- Точкове кластеризування, включаючи зменшений розмірний аналіз
- Диференціальний аналіз експресії між кластерами: ідентифікація маркерних генів
- Функціональна анотація та збагачення маркерних генів
- Міжгруповий аналіз
- Повторне поєднання плям з обох зразків (наприклад, хворих і контрольних) і повторне кластерування
- Ідентифікація маркерних генів для кожного кластера
- Функціональна анотація та збагачення маркерних генів
- Диференціальне вираження одного кластера між групами
Крім того, розроблений BMKGene «BSTViewer» є зручним інструментом, який дозволяє користувачеві візуалізувати експресію генів і спостерігати кластеризацію з різною роздільною здатністю.
BMKGene пропонує послуги просторового профілювання з точною роздільною здатністю однієї комірки (на основі комірок або багаторівневих квадратів від 100 мкм до 3,5 мкм).
Дані просторового профілювання зі зрізів тканини на предметному склі S3000 виконані добре, як показано нижче.
Приклад 1: мозок миші
Аналіз зрізу мозку миші за допомогою S3000 призвів до ідентифікації ~94 000 клітин із середнім секвенуванням ~2000 генів на клітину. Покращена роздільна здатність 3,5 мкМ призвела до дуже детального кластеризування клітин на основі моделей транскрипції, при цьому кластери клітин імітують диференційовані структури мозку. Це легко побачити, візуалізувавши розподіл клітин, скупчених у вигляді олігодендроцитів і клітин мікроглії, які майже виключно розташовані в сірій і білій речовині відповідно.
Приклад 2: Ембріон миші
Аналіз зрізу ембріона миші за допомогою S3000 призвів до ідентифікації ~2200 000 клітин із середнім секвенуванням ~1600 генів на клітину. Покращена роздільна здатність 3,5 мкМ призвела до дуже детальної кластеризації клітин на основі транскрипційних моделей, з 12 кластерами в області ока та 28 кластерами в області мозку.
Кластеризація комірок аналізу внутрішньої вибірки:
Ідентифікація маркерних генів та розподіл у просторі:
- вища субклітинна роздільна здатність: порівняно зі слайдом S1000, кожна область захоплення S3000 містила >4 мільйони просторових штрих-кодованих плям діаметром 2,5 мкм і відстанню 3,5 мкм між центрами плям, що дає змогу аналізувати просторовий транскриптом із вищою субклітинною роздільною здатністю. (квадратний контейнер: 3,5 мкм).
- Вища ефективність захоплення: порівняно зі слайдом S1000, Median_UMI збільшився з 30% до 70%, Median_Gene збільшився з 30% до 60%
Схема мікросхеми S1000:
Схема мікросхеми S3000:
