Просторовий транскриптом BMKMANU S1000
Технічна схема просторового транскриптому BMKMANU S1000
особливості
● Роздільна здатність: 5 мкМ
● Діаметр плями: 2,5 мкМ
● Кількість місць: приблизно 2 мільйони
● 3 можливі формати області захоплення: 6,8 мм * 6,8 мм, 11 мм * 11 мм або 15 мм * 20 мм
● Кожна кулька зі штрих-кодом містить праймери, які складаються з 4 секцій:
poly(dT) хвіст для праймінгу мРНК і синтезу кДНК
Унікальний молекулярний ідентифікатор (UMI) для корекції зміщення ампліфікації
Просторовий штрих-код
Зв'язуюча послідовність праймера секвенування часткового зчитування 1
● H&E та флуоресцентне фарбування зрізів
● Можливість використаннятехнологія сегментації клітин: інтеграція фарбування H&E, флуоресцентного фарбування та секвенування РНК для визначення меж кожної клітини та правильного призначення експресії генів кожній клітині.
Переваги BMKMANU S1000
●Субклітинна роздільна здатність: Кожна область захоплення містила >2 мільйонів просторових плям зі штрих-кодом діаметром 2,5 мкм і відстанню 5 мкм між центрами плям, що дає змогу аналізувати просторовий транскриптом із субклітинною роздільною здатністю (5 мкм).
●Багаторівневий аналіз роздільної здатності:Гнучкий багаторівневий аналіз в діапазоні від 100 мкм до 5 мкм для визначення різноманітних особливостей тканини з оптимальною роздільною здатністю.
●Можливість використовувати технологію сегментації клітин «Три в одному слайді»:Поєднуючи флуоресцентне фарбування, фарбування H&E та секвенування РНК на одному предметному склі, наш алгоритм аналізу «три в одному» дає змогу ідентифікувати межі клітин для подальшої клітинної транскриптоміки.
●Сумісність із кількома платформами секвенування: Доступні як NGS, так і послідовність тривалого читання.
●Гнучкий дизайн 1-8 зон активного захоплення: Розмір області захоплення гнучкий, можна використовувати 3 формати (6,8 мм * 6,8 мм., 11 мм * 11 мм і 15 мм * 20 мм)
●Єдине обслуговування: він об’єднує всі етапи, засновані на досвіді та навичках, включаючи кріозрізи, фарбування, оптимізацію тканин, просторове штрих-кодування, підготовку бібліотеки, секвенування та біоінформатику.
●Комплексна біоінформатика та зручна візуалізація результатів:Пакет включає 29 аналізів і понад 100 високоякісних зображень у поєднанні з використанням програмного забезпечення, розробленого власними силами, для візуалізації та налаштування розподілу клітин і точкової кластеризації.
●Індивідуальний аналіз і візуалізація даних: доступний для різних дослідницьких запитів
●Висококваліфікована технічна команда: має досвід роботи з понад 250 типами тканин і понад 100 видами, включаючи людину, мишу, ссавців, риб і рослин.
●Оновлення всього проекту в реальному часі: з повним контролем ходу експерименту.
●Додатковий спільний аналіз із одноклітинним секвенуванням мРНК
Специфікації послуги
|
Зразок Вимоги
| Бібліотека |
Стратегія секвенування
| Рекомендовані дані | Контроль якості |
| Кріозразки, вбудовані в OCT, по 3 блоки на зразок | Бібліотека кДНК S1000 | Ilumina PE150 (доступні інші платформи) | 100K PE зчитує на 100 мкМ ( 60-150 Гб ) | RIN>7 |
Щоб отримати докладніші відомості про інструкції з підготовки зразків і робочий процес обслуговування, будь ласка, не соромтеся поговорити з aЕксперт BMKGENE
Потік роботи служби
На етапі підготовки зразка виконується початкове випробування масової екстракції РНК, щоб переконатися, що можна отримати високоякісну РНК. На етапі оптимізації тканини зрізи фарбують і візуалізують, а умови пермеабілізації для вивільнення мРНК із тканини оптимізують. Потім оптимізований протокол застосовується під час створення бібліотеки з подальшим секвенуванням та аналізом даних.
Повний робочий процес обслуговування включає оновлення в режимі реального часу та підтвердження клієнта для підтримки оперативного зворотного зв’язку, що забезпечує безперебійне виконання проекту.
Дані, отримані за допомогою BMKMANU S1000, аналізуються за допомогою програмного забезпечення «BSTMatrix», незалежно розробленого BMKGENE, для створення матриці експресії генів. Звідти створюється стандартний звіт, який включає контроль якості даних, аналіз внутрішньої вибірки та міжгруповий аналіз.
● Контроль якості даних:
Виведення даних і розподіл показників якості
Виявлення генів на пляму
Покриття тканин
● Аналіз внутрішньої вибірки:
Генне багатство
Точкове кластеризування, включаючи зменшений розмірний аналіз
Диференціальний аналіз експресії між кластерами: ідентифікація маркерних генів
Функціональна анотація та збагачення маркерних генів
● Міжгруповий аналіз:
Повторне поєднання плям з обох зразків (наприклад, хворих і контрольних) і повторне кластерування
Ідентифікація маркерних генів для кожного кластера
Функціональна анотація та збагачення маркерних генів
Диференціальне вираження одного кластера між групами
Крім того, BMKGENE розробила «BSTViewer» — це зручний інструмент, який дозволяє користувачеві візуалізувати експресію генів і спостерігати кластеризацію з різною роздільною здатністю.
BMKGene розробила програмне забезпечення для зручної візуалізації
Точкове кластеризування BSTViewer на багаторівневому дозволі
BSTCellViewer: автоматичне та ручне поділ клітинок
Аналіз внутрішньої вибірки
Точкове кластеризування:
Ідентифікація маркерних генів та розподіл у просторі:
Міжгруповий аналіз
Поєднання даних з обох груп і повторного кластера:
Гени-маркери нових кластерів:
Ознайомтеся з удосконаленнями послуг просторової транскриптоміки BMKGene за допомогою технології BMKManu S1000 у цій рекомендованій публікації:
Сонг, X. та ін. (2023) «Просторова транскриптоміка виявляє індуковані світлом клітини хлоренхіми, які беруть участь у сприянні регенерації пагонів у калюсі помідорів»,Праці Національної академії наук Сполучених Штатів Америки, 120(38), с. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Ви, Ю. та ін. (2023) «Систематичне порівняння методів просторової транскриптомії на основі секвенування»,bioRxiv, стор. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
