Збір генома De Novo
Ми надаємо повну службу збірки геному бактерій, гарантуючи 0 прогалин. Це можливо, інтегруючи технології послідовності з довгими читаннями, такі як Nanopore та Pacbio для складання та короткочитоване секвенування з Illumina для перевірки складання та виправлення помилок зчитування ONT. Наша послуга забезпечує повний біоінформатичний робочий процес із складання, функціональної анотації та розширеного біоінформатичного аналізу, виконуючи конкретні цілі досліджень. Ця послуга дозволяє розробити точні довідкові геноми для різних генетичних та геномних досліджень. Крім того, він є основою для таких застосувань, як оптимізація деформації, генна інженерія та розвиток мікробних технологій, забезпечуючи надійні та геномні дані, що не мають розриву, важливі для просування наукових уявлень та біотехнологічних інновацій.
Особливості обслуговування
● З двома можливими варіантами вибору залежно від потрібного ступеня повноти геному.
● Варіант геному проекту: короткочитоване секвенування з Illumina Novaseq PE150.
● Заповніть 0 геном GAP.
● Довго читання секвенування на Nanopore Promethion 48 або Pacbio Revio для складання геному.
● Короткочитане секвенування на Illumina Novaseq для перевірки геному та виправлення помилок (нанопори) або для генерування проекту геному.
Переваги послуг
●Геном Zero-GAP гарантується: Це пов’язано з інтеграцією послідовності ілюміну з довгим зчитувальним секвенуванням (нанопори або pacbio).
●Повний робочий процес біоінформатики:Сюди входить складання геному та прогнозування декількох геномних елементів, функціональної анотації генів та візуалізації геному, таких як графік Circos.
●Широка експертиза: Зібравшись понад 20 000 мікробних геномів, BMKGENE приносить понад десятиліття досвіду, висококваліфіковану команду аналізу, комплексний зміст та відмінна підтримка післяпродажних.
●Підтримка після продажу:Наше зобов’язання виходить за рамки завершення проекту з 3-місячним післяпродажним періодом. За цей час ми пропонуємо подальше спостереження за проектами, допомогу у вирішенні несправностей та сесії запитань та запитань для вирішення будь-яких запитів, пов'язаних з результатами.
●Доступні кілька стратегій секвенування:Для різних цілей досліджень та вимог повноти геному.
Технічні характеристики послуг
| Послуга | Стратегія послідовності |
| Проект генома | Illumina pe150 100x |
| 0 Геном GAP | Nanopore 100x + Illumina pe150 100x Or Pacbio hifi 30x + illumina pe150 100x (необов’язково) |
Вимоги до вибірки:
| Концентрація (нг/мкл) | Загальна кількість (мкг) | Об'єм (мкл) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1,7-2,2 | ≥1,0 |
| Нанопор | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | 1,0-3,0 |
| Ілюмінія | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Бактерії: ≥3,5х1010 клітини
РОБОТИ РОБОТА
Доставка зразків
Будівництво бібліотеки
Послідовність
Аналіз даних
Послуги після продажу
Включає такий аналіз:
● Послідовність контролю якості даних
● Збір геному
● Аналіз компонентів геному: Прогнозування компакт -дисків та множинних геномних елементів
● Функціональна анотація з декількома загальними базами даних (GO, KEGG тощо) та розширеними базами даних (CARD, VFDB тощо)
● Візуалізація геному
Ми надаємо геном у легкодоступному форматі FASTA та файлу анотації геному (GFF).
Анотація генів - йди
Анотація генів - Cazy Carboydrates
Візуалізація геному - графік цирку
Дослідіть просування, спричинені службами зборів геномів BMKGENE за допомогою кураційної колекції публікацій.
Dai, W. et al. (2023) "Відкриття бактероїдів uniformis f18-22 як безпечна і нова пробіотична бактерія для лікування виразкового коліту від здорової кишки людини",Міжнародний журнал молекулярних наук, 24 (19), с. 14669. doi: 10.3390/ijms241914669/s1.
Кан, Q. та ін. (2021) "Ізоляти з мультидідистами Proteus mirabilis, що переносять блаокса-1 та бленд-1 з дикої природи в Китаї: збільшення ризику охорони здоров'я",Інтегративна зоологія, 16 (6), с. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT та ін. (2017) "Повна послідовність геномів ендофіта Bacillus flexus klbmp 4941 виявляє механізм сприяння росту рослин та генетичну основу для толерантності до солі",Журнал біотехнології, 260, с. 38–41. doi: 10.1016/j.jbiotec.2017.09.001.
Ван, X. та ін. (2021) 'множинна резистентність плазміди Klebsiella опосередковують широке розповсюдження антимікробних генів',Кордони в мікробіології, 12, с. 754931. Doi: 10.3389/fmicb.2021.754931/bibtex.
