Секвенування ампліконів (16S/18S/ITS)

Секвенування ампліконів (16S/18S/ITS) за допомогою Illumina — це метод аналізу мікробного різноманіття шляхом ідентифікації мікробних профілів відповідно до їх послідовностей, а потім спроби розшифрувати багатство та різноманітність спільноти в кожному зразку та між зразками. Конвеєр BMKCloud Amplicon (NGS) дозволяє аналізувати 16S, 18S, ITS і кілька функціональних генів. Він починається з обрізання зчитування, збірки зчитування з парних кінців і оцінки якості, після чого відбувається кластеризація подібних зчитувань для створення оперативних таксономічних одиниць (OTU), які використовуються в шести різних розділах аналізу. Таксономічна анотація надає інформацію про відносну чисельність і склад кожного зразка, тоді як альфа- і бета-аналіз різноманітності зосереджується на мікробному різноманітті всередині та між зразками відповідно. Диференційний аналіз між групами знаходить OTU, які відрізняються за допомогою параметричних і непараметричних тестів, тоді як кореляційний аналіз пов’язує ці відмінності з факторами середовища. Нарешті, кількість функціональних генів прогнозується на основі кількості генів-маркерів, що дає уявлення про функцію та екологію в кожному зразку.