10x просторовий транскриптом Genomics Visium
Технічна схема
особливості
● Роздільна здатність: 100 мкМ
● Діаметр плями: 55 мкМ
● Кількість місць: 4992
● Область захоплення: 6,5 x 6,5 мм
● Кожна пляма зі штрих-кодом завантажується праймерами, які складаються з 4 секцій:
- полі(дТ) хвіст для праймування мРНК і синтезу кДНК
- Унікальний молекулярний ідентифікатор (UMI) для корекції зміщення ампліфікації
- Просторовий штрих-код
- Зв'язуюча послідовність праймера секвенування часткового зчитування 1
● H&E фарбування зрізів
Переваги
●Єдине обслуговування: об’єднує всі етапи, засновані на досвіді та навичках, включаючи кріозрізи, фарбування, оптимізацію тканин, просторове штрих-кодування, підготовку бібліотеки, секвенування та біоінформатику.
● Висококваліфікована технічна команда: має досвід роботи з понад 250 типами тканин і понад 100 видами, включаючи людину, мишу, ссавців, риб і рослин.
●Оновлення всього проекту в реальному часі: з повним контролем ходу експерименту.
●Комплексна стандартна біоінформатика:пакет містить 29 аналізів і 100+ високоякісних фігур.
●Індивідуальний аналіз і візуалізація даних: доступний для різних дослідницьких запитів.
●Додатковий спільний аналіз із одноклітинним секвенуванням мРНК
Технічні характеристики
| Зразок вимог | Бібліотека | Стратегія секвенування | Рекомендовані дані | Контроль якості |
| Кріозразки, вбудовані в OCT (Оптимальний діаметр: приблизно 6x6x6 мм³) 2 блоки на зразок | Бібліотека кДНК Visium 10X | Illumina PE150 | 50K PE зчитувань на місце (60 Гб) | RIN > 7 |
Щоб отримати докладніші відомості про інструкції з підготовки зразків і робочий процес обслуговування, будь ласка, не соромтеся поговорити з aЕксперт BMKGENE
Робочий процес служби
На етапі підготовки зразка виконується початкове випробування масової екстракції РНК, щоб переконатися, що можна отримати високоякісну РНК. На етапі оптимізації тканини зрізи фарбують і візуалізують, а умови пермеабілізації для вивільнення мРНК із тканини оптимізують. Потім оптимізований протокол застосовується під час створення бібліотеки з подальшим секвенуванням та аналізом даних.
Повний робочий процес обслуговування включає оновлення в режимі реального часу та підтвердження клієнта для підтримки оперативного зворотного зв’язку, що забезпечує безперебійне виконання проекту.
Включає наступний аналіз:
Контроль якості даних:
o Виведення даних і розподіл показників якості
o Виявлення генів на пляму
o Покриття тканин
Аналіз внутрішньої вибірки:
o Генне багатство
o Точкове кластеризування, включаючи аналіз зменшених розмірів
o Диференціальний аналіз експресії між кластерами: ідентифікація маркерних генів
o Функціональна анотація та збагачення маркерних генів
Міжгруповий аналіз
o Повторне поєднання плям з обох зразків (наприклад, хворих і контрольних) і повторне кластеризування
o Ідентифікація маркерних генів для кожного кластера
o Функціональна анотація та збагачення маркерних генів
o Диференціальне вираження того самого кластера між групами
Аналіз внутрішньої вибірки
Точкове кластеризування
Ідентифікація та просторовий розподіл генів-маркерів
Міжгруповий аналіз
Комбінація даних з обох груп і повторний кластер
Гени-маркери нових кластерів
Ознайомтеся з удосконаленнями, завдяки службі просторової транскриптоміки BMKGene від 10X Visium. У цих рекомендованих публікаціях:
Chen, D. та ін. (2023) «mthl1, потенційний гомолог дрозофіли адгезивних GPCR у ссавців, бере участь у протипухлинних реакціях на введені онкогенні клітини мухам»,Праці Національної академії наук Сполучених Штатів Америки, 120(30), с. e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. та ін. (2023) «STEEL забезпечує розмежування просторово-часових транскриптомних даних з високою роздільною здатністю»,Брифінги з біоінформатики, 24(2), стор. 1–10. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. та ін. (2022) «Просторово-часовий атлас органогенезу в розвитку квітів орхідей»,Дослідження нуклеїнових кислот, 50(17), стор. 9724–9737. doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. та ін. (2023) «Інтеграція просторової транскриптоміки та секвенування одноядерної РНК розкриває потенційні терапевтичні стратегії для лейоміоми матки»,Міжнародний журнал біологічних наук, 19(8), стор. 2515–2530. doi: 10.7150/IJBS.83510.
