Spesifik Lokus Güçlendirilmiş Parça Sıralaması (SLAF-Seq)
İş akışı
Teknik Şema
Hizmet Özellikleri
● PE150 ile NovaSeq'te sıralama.
● Çift barkodlu kitaplık hazırlama, 1000'den fazla numunenin havuzda toplanmasına olanak sağlar.
● Bu teknik, referans genomla birlikte veya referans genom olmadan, her vaka için farklı biyoenformatik hatlarla kullanılabilir:
Referans genomu ile: SNP ve InDel keşfi
Referans genomu olmadan: örnek kümeleme ve SNP keşfi
● İçindeSilico'datasarım öncesi aşamada çoklu kısıtlama enzimi kombinasyonları, genom boyunca SLAF etiketlerinin düzgün bir dağılımını oluşturanları bulmak için taranır.
● Ön deney sırasında, 9 SLAF kitaplığı oluşturmak için 3 örnekte üç enzim kombinasyonu test edilir ve bu bilgi, proje için en uygun kısıtlama enzimi kombinasyonunu seçmek için kullanılır.
Hizmet Avantajları
●Yüksek Genetik İşaretleyici Keşfi: Yüksek verimli bir çift barkod sisteminin entegre edilmesi, büyük popülasyonların eş zamanlı sıralanmasına olanak tanır ve lokasyona özgü amplifikasyon, etiket numaralarının çeşitli araştırma sorularının farklı gereksinimlerini karşılamasını sağlayarak verimliliği artırır.
● Genoma Düşük Bağımlılık: Referans genomu olan veya olmayan türlere uygulanabilir.
●Esnek Şema Tasarımı: Tek enzimli, ikili enzimli, çoklu enzimli sindirim ve çeşitli enzim türlerinin tümü, farklı araştırma hedeflerine veya türlere hitap edecek şekilde seçilebilir.Silico'daOptimum bir enzim tasarımı sağlamak için ön tasarım yapılır.
● Enzimatik Sindirimde Yüksek Verimlilik: Bir işlemin yürütülmesiSilico'daön tasarım ve ön deney, SLAF etiketlerinin kromozom üzerinde eşit dağılımı (1 SLAF etiketi/4Kb) ve azaltılmış tekrarlı dizi (<%5) ile optimum tasarımı garantiledi.
●Kapsamlı Uzmanlık: Ekibimiz, bitkiler, memeliler, kuşlar, böcekler ve suda yaşayan organizmalar da dahil olmak üzere yüzlerce tür üzerinde 5000'den fazla SLAF-Seq projesini tamamlama geçmişiyle her projeye zengin bir deneyim katıyor.
● Kendi Geliştirdiği Biyoinformatik İş Akışı: BMKGENE, nihai çıktının güvenilirliğini ve doğruluğunu sağlamak amacıyla SLAF-Seq için entegre bir biyoinformatik iş akışı geliştirdi.
Hizmet Özellikleri
| Analiz türü | Önerilen nüfus ölçeği | Sıralama stratejisi | |
| Etiket sıralamasının derinliği | Etiket numarası | ||
| Genetik Haritalar | 2 ebeveyn ve 150'den fazla yavru | Ebeveynler: 20x WGS Yavru: 10x | Genom boyutu: <400 Mb: WGS önerilir <1Gb: 100.000 etiket 1-2Gb:: 200.000 etiket >2Gb: 300.000 etiket Maksimum 500 bin etiket |
| Genom Genelinde İlişkilendirme Çalışmaları (GWAS) | ≥200 örnek | 10x | |
| Genetik Evrim | ≥30 örnek, her alt gruptan >10 örnek | 10x | |
Hizmet Gereksinimleri
Konsantrasyon ≥ 5 ng/μL
Toplam miktar ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1,6-2,5
Agaroz jel: bozulma veya kirlenme yok veya sınırlı
Önerilen Numune Teslimatı
Kap: 2 ml santrifüj tüpü
(Numunelerin çoğu için etanolde saklamamanızı öneririz)
Numune etiketleme: Numunelerin açıkça etiketlenmesi ve gönderilen numune bilgi formuyla aynı olması gerekir.
Sevkiyat: Kuru buz: Numunelerin önce torbalara paketlenmesi ve kuru buza gömülmesi gerekir.
Hizmet İş Akışı
Örnek kalite kontrol
Pilot deney
SLAF deneyi
Kütüphane Hazırlığı
Sıralama
Veri Analizi
Satış Sonrası Hizmetler
Aşağıdaki analizi içerir:
- Verilerin sıralanması QC
- SLAF etiketi geliştirme
Referans genomuna haritalama
Referans genomu olmadan: kümelenme
- SLAF etiketlerinin analizi: istatistikler, genom boyunca dağılım
- İşaretleyici keşfi: SNP, InDel, SNV, CV çağırma ve açıklama ekleme
SLAF etiketlerinin kromozomlar üzerindeki dağılımı:
SNP'lerin kromozomlara dağılımı:
SNP açıklaması
| Yıl | Günlük | IF | Başlık | Uygulamalar |
| 2022 | Doğa iletişimi | 17.694 | Ağaç şakayıklarının giga kromozomları ve giga genomunun genomik temeli Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Yeni Fitolog | 7.433 | Evcilleştirme ayak izleri, tarımsal öneme sahip genomik bölgelerin temelini oluşturur. soya fasulyesi | SLAF-GWAS |
| 2022 | İleri Araştırma Dergisi | 12.822 | Gossypium barbadense'nin G. hirsutum'a genom çapında yapay girişi Pamuk elyaf kalitesinin ve veriminin eş zamanlı olarak iyileştirilmesi için üstün lokusları ortaya çıkarın özellikler | SLAF-Evrimsel genetik |
| 2019 | Moleküler Bitki | 10.81 | Popülasyon Genomik Analizi ve De Novo Toplantısı Weedy'nin Kökenini Ortaya Çıkarıyor Evrimsel Bir Oyun Olarak Pirinç | SLAF-Evrimsel genetik |
| 2019 | Doğa Genetiği | 31.616 | Sazan balığı Cyprinus carpio'nun genom dizisi ve genetik çeşitliliği | SLAF-Bağlantı haritası |
| 2014 | Doğa Genetiği | 25.455 | Yetiştirilen yer fıstığının genomu baklagil karyotipleri, poliploid hakkında bilgi sağlar Evrim ve mahsulün evcilleştirilmesi. | SLAF-Bağlantı haritası |
| 2022 | Bitki Biyoteknolojisi Dergisi | 9.803 | ST1'in tanımlanması, tohum morfolojisinin otostopla yapılmasını içeren bir seçimi ortaya koyuyor soya fasulyesinin evcilleştirilmesi sırasında yağ içeriği | SLAF-Marker geliştirme |
| 2022 | Uluslararası Moleküler Bilimler Dergisi | 6.208 | Buğday-Leymus mollis 2Ns (2D) için Tanımlama ve DNA Marker Geliştirme Disomik Kromozom Değişimi | SLAF-Marker geliştirme |
| Yıl | Günlük | IF | Başlık | Uygulamalar |
| 2023 | Bitki biliminde sınırlar | 6.735 | Pyrus pyrifolia'nın meyve olgunlaşması sırasında şeker içeriğinin QTL haritalaması ve transkriptom analizi | Genetik Harita |
| 2022 | Bitki Biyoteknolojisi Dergisi | 8.154 | ST1'in tanımlanması, soya fasulyesinin evcilleştirilmesi sırasında tohum morfolojisi ve yağ içeriğinin otostopla yapılmasını içeren bir seçimi ortaya koyuyor
| SNP çağrısı |
| 2022 | Bitki biliminde sınırlar | 6.623 | Kuraklık Ortamında Hulless Barely Fenotiplerinin Genom Genelinde Birliktelik Haritalaması.
| GWAS |
