Prokaryotik RNA dizilimi
Özellikler
● RNA numune işlemesi, rRNA tükenmesini ve ardından yönlü RNA kütüphanesi hazırlığını içeriyordu.
● Referans genomuna hizalanmaya dayalı biyoinformatik analiz
● Analiz, gen ekspresyonu ve DEG'leri içerir, aynı zamanda transkript yapısı ve sRNA analizi
Hizmet Avantajları
●Titiz kalite kontrolü: Örnek ve kütüphane hazırlığından sekanslama ve biyoinformatiklere kadar tüm aşamalarda çekirdek kontrol noktalarını uyguluyoruz. Bu titiz izleme, sürekli yüksek kaliteli sonuçların verilmesini sağlar.
●Strand'a özgü sıralama verileri: RNA kütüphanesi hazırlığının yönlü olması nedeniyle, anti-anti transkriptlerin tanımlanmasını sağlar.
●Prokaryotik transkriptomlara göre uyarlanmış tam analiz: Biyoinformatik boru hattı sadece gen ekspresyonunun analizini değil, aynı zamanda operonların, UTR'lerin ve promotörlerin tanımlanması da dahil olmak üzere transkript yapısının analizini de içerir. Ayrıca SRNA'ların analizini, yani ikincil yapı ve hedeflerin ek açıklamasını ve tahminini de içerir.
●Satış Sonrası Destek: Taahhüdümüz, 3 aylık satış sonrası hizmet dönemi ile projenin tamamlanmasının ötesine uzanmaktadır. Bu süre zarfında, sonuçlarla ilgili soruları ele almak için proje takibi, sorun giderme yardımı ve Soru-Cevap oturumları sunuyoruz.
Örnek gereksinimleri ve teslimat
| Kütüphane | Sıralama stratejisi | Veriler önerilir | Kalite kontrolü |
| RRNA tükenmiş yön kütüphanesi | Illumina PE150 | 1-2 GB | S30% 85 |
Örnek gereksinimleri:
| Conc. (Ng/μl) | Miktar (μg) | Saflık | Bütünlük |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280 = 1.8-2.0 OD260/230 = 1.0-2.5 Jel üzerinde gösterilen protein veya DNA kontaminasyonu sınırlı veya yok. | Rin≥6.5 |
Önerilen Örnek Teslimat
Konteyner: 2 mL santrifüj tüpü (kalay folyo önerilmez)
Örnek etiketleme: grup+replikasyon EG A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Gönderi:
1. Kuru buz: Numunelerin torbalarla paketlenmesi ve kuru buzda gömülmesi gerekir.
2. RNastable Tüpler: RNA numuneleri RNA stabilizasyon tüpünde (örn. RNastable®) kurutulabilir ve oda sıcaklığında gönderilebilir.
Servis İş Akışı
Örnek Teslimat
Kütüphane İnşaatı
Sıralama
Veri analizi
Satış Sonrası Hizmetler
Biyoinformatik analiz iş akışı
Aşağıdaki analizi içerir:
● ham veri kalitesi kontrolü
● Referans genomuna hizalama
● Kütüphane Kalitesi Değerlendirmesi: RNA parçalanması rastgelelik, boyut ve sıralama doygunluğu ekleme
● Tahmini kodlayan genlerin fonksiyonel ek açıklaması
● İfade Analizi: Korelasyon ve Ana Bileşen Analizi (PCA)
● Diferansiyel gen ekspresyonu (DEGS)
● DEG'lerin fonksiyonel ek açıklaması ve zenginleştirilmesi
● SRNA analizi: Tahmin, ek açıklama, hedef ve ikincil yapı tahmini
● Transkript yapısı analizi: Operonlar, başlangıç ve bitiş pozisyonları, çevrilmemiş bölge (UTS), promotör ve SNP/indel analizi
Sıralama doygunluğu
Kodlama genlerinin fonksiyonel ek açıklaması
Örnekler arasındaki korelasyon
Diferansiyel eksprese edilen genler (DEGS) analizi
Fonksiyonel zenginleştirme analizi
SRNA ek açıklaması
Bu öne çıkan yayında BMKGene'nin nanopore tam uzunlukta mRNA sıralama hizmetleri tarafından kolaylaştırılan gelişmeleri keşfedin.
Guan, CP ve ark. (2018) 'Biyofilm oluşturan Staphylococcus epidermidis'in küresel transkriptom değişiklikleri, sophorea alopecuroidlerin toplam alkaloidlerine yanıt verir',Polonya Mikrobiyoloji Dergisi, 67 (2), s. 223. Doi: 10.21307/pjm-2018-024.
