-
Tek Çekirdekli RNA Sıralaması
Tek hücre yakalama ve özel kütüphane oluşturma tekniklerinin geliştirilmesi, yüksek verimli sıralamayla birleştiğinde, hücre düzeyinde gen ekspresyonu çalışmalarında devrim yarattı. Bu buluş, karmaşık hücre popülasyonlarının daha derin ve daha kapsamlı analizine olanak tanıyarak, tüm hücreler üzerindeki gen ifadesinin ortalamasının alınmasıyla ilişkili sınırlamaların üstesinden gelinmesine ve bu popülasyonlar içindeki gerçek heterojenliğin korunmasına olanak tanır. Tek hücreli RNA dizilimi (scRNA-seq) yadsınamaz avantajlara sahip olsa da, tek hücreli süspansiyon oluşturmanın zor olduğu ve taze numuneler gerektirdiği bazı dokularda zorluklarla karşılaşmaktadır. BMKGene'de, en son teknolojiye sahip 10X Genomics Chromium teknolojisini kullanarak tek çekirdekli RNA dizilimi (snRNA-seq) sunarak bu engeli aşıyoruz. Bu yaklaşım, tek hücre düzeyinde transkriptom analizine uygun numunelerin spektrumunu genişletir.
Çekirdeklerin izolasyonu, çift geçişli sekiz kanallı bir mikroakışkan sistemine sahip yenilikçi 10X Genomics Chromium çipi aracılığıyla gerçekleştirilir. Bu sistem içerisinde barkodlar, primerler, enzimler ve tek bir çekirdek içeren jel boncuklar, nanolitre büyüklüğündeki yağ damlaları içinde kapsüllenerek Emülsiyon İçinde Jel Boncuk (GEM) oluşturulur. GEM oluşumunun ardından, her GEM içinde hücre lizizi ve barkod salınımı meydana gelir. Daha sonra mRNA molekülleri, 10X barkodları ve Benzersiz Moleküler Tanımlayıcıları (UMI'ler) içeren cDNA'lara ters transkripsiyona tabi tutulur. Bu cDNA'lar daha sonra standart sıralama kütüphanesi yapımına tabi tutulur ve bu, tek hücre seviyesinde gen ekspresyon profillerinin sağlam ve kapsamlı bir şekilde araştırılmasını kolaylaştırır.
Platform: 10× Genomics Chromium ve Illumina NovaSeq Platformu
-
10x Genomics Visium Uzaysal Transkriptomu
Uzamsal transkriptomik, araştırmacıların dokulardaki gen ifade modellerini, uzamsal bağlamlarını korurken araştırmalarına olanak tanıyan son teknoloji bir teknolojidir. Bu alandaki güçlü platformlardan biri, Illumina dizilimi ile birleştirilmiş 10x Genomics Visium'dur. 10X Visium'un prensibi, doku bölümlerinin yerleştirildiği belirlenmiş bir yakalama alanına sahip özel bir çip üzerinde yatmaktadır. Bu yakalama alanı, her biri doku içinde benzersiz bir uzamsal konuma karşılık gelen barkodlu noktalar içerir. Dokudan yakalanan RNA molekülleri daha sonra ters transkripsiyon işlemi sırasında benzersiz moleküler tanımlayıcılarla (UMI'ler) etiketlenir. Bu barkodlu noktalar ve UMI'ler, tek hücreli bir çözünürlükte gen ifadesinin hassas uzamsal haritalanmasına ve niceliğinin belirlenmesine olanak tanır. Uzamsal olarak barkodlu numunelerin ve UMI'lerin kombinasyonu, oluşturulan verilerin doğruluğunu ve spesifikliğini sağlar. Bu Uzamsal Transkriptomik teknolojisini kullanarak araştırmacılar, hücrelerin uzamsal organizasyonu ve dokular içinde meydana gelen karmaşık moleküler etkileşimler hakkında daha derin bir anlayış kazanabilir ve onkoloji, sinir bilimi, gelişim biyolojisi, immünoloji dahil olmak üzere birçok alanda biyolojik süreçlerin altında yatan mekanizmalar hakkında paha biçilmez bilgiler sunabilir. ve botanik çalışmaları.
Platform: 10X Genomics Visium ve Illumina NovaSeq
-
Tam Uzunlukta mRNA Sıralaması-Nanogözenek
NGS tabanlı mRNA dizilimi, gen ekspresyonunu ölçmek için çok yönlü bir araç olsa da, kısa okumalara olan güveni, karmaşık transkriptomik analizlerdeki etkinliğini kısıtlıyor. Öte yandan nanogözenek dizilimi, uzun okuma teknolojisini kullanarak tam uzunluktaki mRNA transkriptlerinin dizilenmesine olanak tanır. Bu yaklaşım, alternatif birleştirme, gen füzyonları, poli-adenilasyon ve mRNA izoformlarının miktarının kapsamlı bir şekilde araştırılmasını kolaylaştırır.
Nano gözenekli tek moleküllü gerçek zamanlı elektrik sinyallerine dayanan bir yöntem olan nano gözenek sıralaması, sonuçları gerçek zamanlı olarak sağlar. Motor proteinleri tarafından yönlendirilen çift sarmallı DNA, bir biyofilm içine gömülü nano gözenekli proteinlere bağlanır ve bir voltaj farkı altında nano gözenekli kanaldan geçerken çözülür. DNA zincirindeki farklı bazlar tarafından üretilen ayırt edici elektrik sinyalleri, gerçek zamanlı olarak tespit edilip sınıflandırılarak doğru ve sürekli nükleotid dizilimi kolaylaştırılır. Bu yenilikçi yaklaşım, kısa okuma sınırlamalarının üstesinden gelir ve karmaşık transkriptomik çalışmalar da dahil olmak üzere karmaşık genomik analizler için anında sonuç veren dinamik bir platform sağlar.
Platform: Nanopore PromethION 48
-
Tam uzunlukta mRNA dizilimi -PacBio
NGS tabanlı mRNA dizilimi, gen ekspresyonunun niceliğini belirlemek için çok yönlü bir araç olsa da, kısa okumalara dayanması, karmaşık transkriptomik analizlerde kullanımını kısıtlamaktadır. Öte yandan, PacBio dizilimi (Iso-Seq), uzun okuma teknolojisini kullanarak tam uzunlukta mRNA transkriptlerinin dizilenmesine olanak tanır. Bu yaklaşım, alternatif birleştirme, gen füzyonları ve poli-adenilasyonun kapsamlı bir şekilde araştırılmasını kolaylaştırır. Bununla birlikte, gereken yüksek miktarda veri nedeniyle gen ekspresyonu ölçümü için başka seçenekler de vardır. PacBio sekanslama teknolojisi, tek moleküllü, gerçek zamanlı (SMRT) sekanslamaya dayanır ve tam uzunlukta mRNA transkriptlerinin yakalanmasında belirgin bir avantaj sağlar. Bu yenilikçi yaklaşım, sekanslama sırasında DNA polimeraz aktivitesinin gerçek zamanlı gözlemlenmesini sağlayan sıfır modlu dalga kılavuzlarının (ZMW'ler) ve mikrofabrik kuyucukların kullanılmasını içerir. Bu ZMW'lerin içinde PacBio'nun DNA polimerazı, tamamlayıcı bir DNA zincirini sentezleyerek mRNA transkriptlerinin tamamını kapsayan uzun okumalar üretir. Dairesel Konsensüs sıralama (CCS) modundaki PacBio işlemi, aynı molekülü tekrar tekrar dizileyerek doğruluğu artırır. Oluşturulan HiFi okumaları, NGS ile karşılaştırılabilir bir doğruluğa sahiptir ve ayrıca karmaşık transkriptomik özelliklerin kapsamlı ve güvenilir bir analizine katkıda bulunur.
Platform: PacBio Devam II; PacBio Revio
-
Ökaryotik mRNA Sıralaması-NGS
Çok yönlü bir teknoloji olan mRNA dizilimi, belirli koşullar altında hücrelerdeki tüm mRNA transkriptlerinin kapsamlı profilinin çıkarılmasını sağlar. Geniş kapsamlı uygulamalarıyla bu son teknoloji araç, karmaşık gen ekspresyon profillerini, gen yapılarını ve çeşitli biyolojik süreçlerle ilişkili moleküler mekanizmaları ortaya çıkarır. Temel araştırmalarda, klinik teşhislerde ve ilaç geliştirmede yaygın olarak benimsenen mRNA dizilimi, hücresel dinamiklerin ve genetik düzenlemenin inceliklerine dair bilgiler sunarak çeşitli alanlardaki potansiyeline dair merak uyandırıyor.
Platform: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Referansa Dayalı Olmayan mRNA Sıralaması-NGS
mRNA dizilimi, belirli koşullar altında hücreler içindeki tüm mRNA transkriptlerinin kapsamlı profilinin çıkarılmasını sağlar. Bu son teknoloji, karmaşık gen ekspresyon profillerini, gen yapılarını ve çeşitli biyolojik süreçlerle ilişkili moleküler mekanizmaları ortaya çıkaran güçlü bir araç görevi görüyor. Temel araştırmalarda, klinik teşhislerde ve ilaç geliştirmede yaygın olarak benimsenen mRNA dizilimi, hücresel dinamikler ve genetik düzenlemenin inceliklerine dair içgörüler sunar.
Platform: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Uzun Kodlamayan Sıralama-Illumina
Uzun kodlamayan RNA'lar (lncRNA'lar), minimum kodlama potansiyeline sahip olan ve kodlamayan RNA içindeki önemli unsurlar olan 200 nükleotitten daha uzundur. Çekirdekte ve sitoplazmada bulunan bu RNA'lar, epigenetik, transkripsiyonel ve transkripsiyon sonrası düzenlemede önemli roller oynar ve hücresel ve moleküler süreçleri şekillendirmedeki öneminin altını çizer. LncRNA dizilimi Hücre farklılaşması, Ontogenez ve İnsan hastalıklarında güçlü bir araçtır.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Küçük RNA Dizileme-Illumina
Küçük RNA (sRNA) molekülleri arasında mikroRNA'lar (miRNA'lar), küçük girişim yapan RNA'lar (siRNA'lar) ve piwi-etkileşimli RNA'lar (piRNA'lar) bulunur. Bunlar arasında, yaklaşık 18-25 nükleotid uzunluğundaki miRNA'lar, çeşitli hücresel süreçlerdeki önemli düzenleyici rolleri nedeniyle özellikle dikkate değerdir. Dokuya özgü ve aşamaya özgü ifade modelleriyle miRNA'lar, farklı türler arasında yüksek koruma sergiler.
Platform: Illumina NovaSeq
-
CircRNA Sıralaması-Illumina
Dairesel RNA dizilimi (circRNA-seq), kanonik olmayan birleştirme olayları nedeniyle kapalı döngüler oluşturan bir RNA molekülü sınıfı olan dairesel RNA'ların profilini çıkarmak ve analiz etmek ve bu RNA'ya daha fazla stabilite kazandırmaktır. Bazı circRNA'ların mikroRNA süngerleri gibi davrandığı, mikroRNA'ları ayırdığı ve hedef mRNA'larını düzenlemelerini önlediği gösterilmiş olsa da, diğer circRNA'lar proteinlerle etkileşime girebilir, gen ekspresyonunu modüle edebilir veya hücresel süreçlerde rol oynayabilir. circRNA ekspresyon analizi, bu moleküllerin düzenleyici rolleri ve bunların çeşitli hücresel süreçler, gelişim aşamaları ve hastalık koşullarındaki önemi hakkında bilgi sağlar ve gen ekspresyonu bağlamında RNA düzenlemesinin karmaşıklığının daha derin anlaşılmasına katkıda bulunur.
-
Tam Transkriptom Sıralaması – Illumina
Tam transkriptom dizilimi, kodlama (mRNA) ve kodlamayan RNA'ları (lncRNA, circRNA ve miRNA) kapsayan çeşitli RNA moleküllerinin profilinin çıkarılmasına yönelik kapsamlı bir yaklaşım sunar. Bu teknik, belirli bir anda belirli hücrelerin tüm transkriptomunu yakalayarak hücresel süreçlerin bütünsel bir şekilde anlaşılmasına olanak tanır. "Toplam RNA dizilimi" olarak da bilinen bu yöntem, transkriptom seviyesindeki karmaşık düzenleyici ağları ortaya çıkarmayı, rakip endojen RNA (ceRNA) ve ortak RNA analizi gibi derinlemesine analizleri mümkün kılmayı amaçlamaktadır. Bu, özellikle circRNA-miRNA-mRNA bazlı ceRNA etkileşimlerini içeren düzenleyici ağların çözülmesinde, fonksiyonel karakterizasyona doğru ilk adımı işaret eder.
