-
BMKMANU S3000_Uzaysal Transkriptom
Uzamsal transkriptomik, bilimsel yeniliğin ön saflarında yer almakta ve araştırmacılara, uzamsal bağlamlarını korurken dokulardaki karmaşık gen ekspresyon modellerini derinlemesine inceleme olanağı vermektedir. Çeşitli platformlar arasında BMKGene, 3,5 µm'lik gelişmiş çözünürlüğe sahip, hücre altı aralığa ulaşan ve çok seviyeli çözünürlük ayarlarına olanak tanıyan BMKManu S3000 Uzamsal Transkriptom Çipini geliştirdi. Yaklaşık 4 milyon nokta içeren S3000 çipi, uzamsal olarak barkodlu yakalama probları ile yüklenmiş boncuklarla katmanlı mikro kuyucuklar kullanır. S3000 çipinden uzaysal barkodlarla zenginleştirilmiş bir cDNA kütüphanesi hazırlanır ve ardından Illumina NovaSeq platformunda dizilenir. Uzamsal olarak barkodlu numunelerin ve UMI'lerin kombinasyonu, oluşturulan verilerin doğruluğunu ve spesifikliğini sağlar. BMKManu S3000 çipi son derece çok yönlüdür ve farklı dokulara ve istenen ayrıntı seviyelerine göre hassas şekilde ayarlanabilen çok seviyeli çözünürlük ayarları sunar. Bu uyarlanabilirlik, çipi çeşitli uzamsal transkriptomik çalışmalar için olağanüstü bir seçim olarak konumlandırıyor ve minimum gürültüyle hassas uzamsal kümeleme sağlıyor. BMKManu S3000 ile hücre segmentasyon teknolojisinin kullanılması, transkripsiyon verilerinin hücrelerin sınırlarına göre sınırlandırılmasına olanak tanır ve bu da doğrudan biyolojik anlamı olan bir analizle sonuçlanır. Ayrıca, S3000'in geliştirilmiş çözünürlüğü, hücre başına daha fazla sayıda gen ve UMI'nin tespit edilmesiyle sonuçlanır ve bu da uzaysal transkripsiyon modellerinin ve hücrelerin kümelenmesinin çok daha doğru bir analizini mümkün kılar.
-
Tek Çekirdekli RNA Sıralaması
Tek hücre yakalama ve özel kütüphane oluşturma tekniklerinin geliştirilmesi, yüksek verimli sıralamayla birleştiğinde, hücre düzeyinde gen ekspresyonu çalışmalarında devrim yarattı. Bu buluş, karmaşık hücre popülasyonlarının daha derin ve daha kapsamlı analizine olanak tanıyarak, tüm hücreler üzerindeki gen ifadesinin ortalamasının alınmasıyla ilişkili sınırlamaların üstesinden gelinmesine ve bu popülasyonlar içindeki gerçek heterojenliğin korunmasına olanak tanır. Tek hücreli RNA dizilimi (scRNA-seq) yadsınamaz avantajlara sahip olsa da, tek hücreli süspansiyon oluşturmanın zor olduğu ve taze numuneler gerektirdiği bazı dokularda zorluklarla karşılaşmaktadır. BMKGene'de, en son teknolojiye sahip 10X Genomics Chromium teknolojisini kullanarak tek çekirdekli RNA dizilimi (snRNA-seq) sunarak bu engeli aşıyoruz. Bu yaklaşım, tek hücre düzeyinde transkriptom analizine uygun numunelerin spektrumunu genişletir.
Çekirdeklerin izolasyonu, çift geçişli sekiz kanallı bir mikroakışkan sistemine sahip yenilikçi 10X Genomics Chromium çipi aracılığıyla gerçekleştirilir. Bu sistem içerisinde barkodlar, primerler, enzimler ve tek bir çekirdek içeren jel boncuklar, nanolitre büyüklüğündeki yağ damlaları içinde kapsüllenerek Emülsiyon İçinde Jel Boncuk (GEM) oluşturulur. GEM oluşumunun ardından, her GEM içinde hücre lizizi ve barkod salınımı meydana gelir. Daha sonra mRNA molekülleri, 10X barkodları ve Benzersiz Moleküler Tanımlayıcıları (UMI'ler) içeren cDNA'lara ters transkripsiyona tabi tutulur. Bu cDNA'lar daha sonra standart sıralama kütüphanesi yapımına tabi tutulur ve bu, tek hücre seviyesinde gen ekspresyon profillerinin sağlam ve kapsamlı bir şekilde araştırılmasını kolaylaştırır.
Platform: 10× Genomics Chromium ve Illumina NovaSeq Platformu
-
10x Genomics Visium Uzaysal Transkriptomu
Uzamsal transkriptomik, araştırmacıların dokulardaki gen ifade modellerini, uzamsal bağlamlarını korurken araştırmalarına olanak tanıyan son teknoloji bir teknolojidir. Bu alandaki güçlü platformlardan biri, Illumina dizilimi ile birleştirilmiş 10x Genomics Visium'dur. 10X Visium'un prensibi, doku bölümlerinin yerleştirildiği belirlenmiş bir yakalama alanına sahip özel bir çip üzerinde yatmaktadır. Bu yakalama alanı, her biri doku içinde benzersiz bir uzamsal konuma karşılık gelen barkodlu noktalar içerir. Dokudan yakalanan RNA molekülleri daha sonra ters transkripsiyon işlemi sırasında benzersiz moleküler tanımlayıcılarla (UMI'ler) etiketlenir. Bu barkodlu noktalar ve UMI'ler, tek hücreli bir çözünürlükte gen ifadesinin hassas uzamsal haritalanmasına ve niceliğinin belirlenmesine olanak tanır. Uzamsal olarak barkodlu numunelerin ve UMI'lerin kombinasyonu, oluşturulan verilerin doğruluğunu ve spesifikliğini sağlar. Bu Uzamsal Transkriptomik teknolojisini kullanarak araştırmacılar, hücrelerin uzamsal organizasyonu ve dokular içinde meydana gelen karmaşık moleküler etkileşimler hakkında daha derin bir anlayış kazanabilir ve onkoloji, sinir bilimi, gelişim biyolojisi, immünoloji dahil olmak üzere birçok alanda biyolojik süreçlerin altında yatan mekanizmalar hakkında paha biçilmez bilgiler sunabilir. ve botanik çalışmaları.
Platform: 10X Genomics Visium ve Illumina NovaSeq
