-
Metagenomik Dizileme -NGS
Bir metagenom, çevresel ve insan metagenomları gibi karışık bir organizma topluluğunun toplam genetik materyalinin bir koleksiyonudur. Hem yetiştirilebilen hem de yetiştirilemeyen mikroorganizmaların genomlarını içerir. NGS ile av tüfeği metagenomik dizilimi, çevresel örneklere yerleştirilmiş bu karmaşık genomik manzaraların, taksonomik profillemeden daha fazlasını sağlayarak, aynı zamanda tür çeşitliliği, bolluk dinamikleri ve karmaşık popülasyon yapılarına ilişkin ayrıntılı bilgiler sunarak incelenmesini sağlar. Taksonomik çalışmaların ötesinde, av tüfeği metagenomik aynı zamanda işlevsel bir genomik bakış açısı sunarak kodlanmış genlerin ve bunların ekolojik süreçlerdeki varsayılan rollerinin araştırılmasına olanak tanır. Son olarak, genetik unsurlar ile çevresel faktörler arasındaki korelasyon ağlarının kurulması, mikrobiyal topluluklar ile onların ekolojik arka planları arasındaki karmaşık etkileşimin bütünsel olarak anlaşılmasına katkıda bulunur. Sonuç olarak, metagenomik dizileme, çeşitli mikrobiyal toplulukların genomik karmaşıklıklarını açığa çıkarmak ve bu karmaşık ekosistemler içindeki genetik ve ekoloji arasındaki çok yönlü ilişkileri aydınlatmak için çok önemli bir araç olarak duruyor.
Platformlar: Illumina NovaSeq ve DNBSEQ-T7
-
Metagenomik Dizileme-TGS
Bir metagenom, çevresel ve insan metagenomları gibi karışık bir organizma topluluğunun genetik materyalinin bir koleksiyonudur. Hem yetiştirilebilen hem de yetiştirilemeyen mikroorganizmaların genomlarını içerir. Metagenomik sıralama, taksonomik profillemeden daha fazlasını sağlayarak ekolojik örneklere gömülü bu karmaşık genomik manzaraların incelenmesine olanak tanır. Aynı zamanda kodlanmış genleri ve bunların çevresel süreçlerdeki varsayılan rollerini keşfederek işlevsel bir genomik perspektifi sunar. Metagenomik çalışmalarda Illumina dizilimi ile geleneksel av tüfeği yaklaşımları yaygın olarak kullanılırken, Nanopore ve PacBio uzun okumalı dizilemenin ortaya çıkışı alanı değiştirdi. Nanopore ve PacBio teknolojisi, özellikle metagenom birleşimi olmak üzere aşağı yönlü biyoenformatik analizleri geliştirerek daha sürekli birleşimler sağlar. Raporlar, Nanopore bazlı ve PacBio bazlı metagenomiklerin, karmaşık mikrobiyomlardan eksiksiz ve kapalı bakteri genomlarını başarıyla ürettiğini göstermektedir (Moss, EL, ve diğerleri, Nature Biotech, 2020). Nanopore okumalarının Illumina okumalarıyla entegre edilmesi, hata düzeltme için stratejik bir yaklaşım sağlayarak Nanopore'un doğasında olan düşük doğruluğu azaltır. Bu sinerjik kombinasyon, her bir sıralama platformunun güçlü yanlarından yararlanarak potansiyel sınırlamaların üstesinden gelmek için sağlam bir çözüm sunar ve metagenomik analizlerin hassasiyetini ve güvenilirliğini artırır.
Platform: Nanopore PromethION 48, Illumia ve PacBio Revio
-
16S/18S/ITS Amplikon Sıralaması-PacBio
16S ve 18S rRNA genleri, Dahili Transkripsiyonlu Aralayıcı (ITS) bölgesi ile birlikte, yüksek düzeyde korunmuş ve aşırı değişken bölgelerin birleşiminden dolayı önemli moleküler parmak izi işaretleri olarak hizmet eder ve bu da onları prokaryotik ve ökaryotik organizmaları karakterize etmek için paha biçilmez araçlar haline getirir. Bu bölgelerin çoğaltılması ve dizilenmesi, çeşitli ekosistemlerdeki mikrobiyal kompozisyonu ve çeşitliliği araştırmak için izolasyonsuz bir yaklaşım sunar. Illumina dizilimi tipik olarak 16S ve ITS1'in V3-V4'ü gibi kısa hiperdeğişken bölgeleri hedeflerken, 16S, 18S ve ITS'nin tam uzunluğunun dizilenmesiyle üstün taksonomik açıklamanın elde edilebileceği gösterilmiştir. Bu kapsamlı yaklaşım, daha yüksek yüzdelerde doğru şekilde sınıflandırılmış dizilerle sonuçlanır ve türlerin tanımlanmasına kadar uzanan bir çözünürlük düzeyine ulaşır. PacBio'nun Tek Molekül Gerçek Zamanlı (SMRT) dizileme platformu, Illumina dizilemenin hassasiyetine rakip olacak şekilde, tam uzunluktaki amplikonları kapsayan son derece hassas uzun okumalar (HiFi) sunarak öne çıkıyor. Bu yetenek, araştırmacıların eşsiz bir avantaj elde etmelerine olanak tanır: genetik manzaranın panoramik görünümü. Genişletilmiş kapsam, özellikle bakteri veya mantar toplulukları içindeki tür açıklamalarındaki çözünürlüğü önemli ölçüde yükselterek mikrobiyal popülasyonların karmaşıklıklarının daha derinlemesine anlaşılmasını sağlar.
-
16S/18S/ITS Amplikon Sıralaması-NGS
Özellikle 16S, 18S ve ITS genetik belirteçlerini hedef alan Illumina teknolojisiyle amplikon dizilimi, mikrobiyal topluluklardaki filogeniyi, taksonomiyi ve tür bolluğunu çözmek için güçlü bir yöntemdir. Bu yaklaşım, temizlik genetik belirteçlerinin aşırı değişken bölgelerinin dizilenmesini içerir. Başlangıçta moleküler parmak izi olarak tanıtıldıWoeses ve diğerleri1977'de bu teknik, izolasyon gerektirmeyen analizlere olanak tanıyarak mikrobiyom profilinde devrim yarattı. Araştırmacılar, 16S (bakteri), 18S (mantar) ve Dahili Kopyalanmış Aralayıcının (ITS, mantarlar) dizilenmesi yoluyla yalnızca bol miktarda bulunan türleri değil, aynı zamanda nadir ve tanımlanamayan türleri de tanımlayabiliyor. Yaygın olarak temel bir araç olarak benimsenen amplikon dizilimi, insan ağzı, bağırsaklar, dışkı ve ötesi dahil olmak üzere farklı ortamlardaki diferansiyel mikrobiyal kompozisyonların ayırt edilmesinde etkili hale geldi.
-
Bakteriyel ve Mantarsal Tüm Genomun Yeniden Sıralanması
Bakteriyel ve fungal tüm genomun yeniden dizilenmesi projeleri, mikrobiyal genomların tamamlanmasını ve karşılaştırılmasını sağlayarak mikrobiyal genomiği ilerletmek için çok önemlidir. Bu, fermantasyon mühendisliğini, endüstriyel süreçlerin optimizasyonunu ve ikincil metabolizma yollarının araştırılmasını kolaylaştırır. Dahası, mantar ve bakteri yeniden sıralaması, çevresel adaptasyonu anlamak, suşları optimize etmek ve genetik evrim dinamiklerini ortaya çıkarmak için tıp, tarım ve çevre biliminde geniş etkileri olan çok önemlidir.
-
Prokaryotik RNA Sıralaması
RNA dizilimi, belirli koşullar altında hücreler içindeki tüm RNA transkriptlerinin kapsamlı profilinin çıkarılmasını sağlar. Bu son teknoloji, karmaşık gen ekspresyon profillerini, gen yapılarını ve çeşitli biyolojik süreçlerle ilişkili moleküler mekanizmaları ortaya çıkaran güçlü bir araç görevi görüyor. Temel araştırmalarda, klinik teşhislerde ve ilaç geliştirmede yaygın olarak benimsenen RNA dizilimi, hücresel dinamikler ve genetik düzenlemenin inceliklerine dair içgörüler sunar. Prokaryotik RNA örnek işlememiz, rRNA tükenmesi ve yönlü kütüphane hazırlığını içeren prokaryotik transkriptomlar için özel olarak tasarlanmıştır.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Metatranskriptom Sıralaması
Illumina dizileme teknolojisinden yararlanan BMKGENE'nin metatranskriptom dizileme hizmeti, toprak, su, deniz, dışkı ve bağırsak gibi doğal ortamlarda ökaryotlardan prokaryotlara ve virüslere kadar uzanan çeşitli mikropların dinamik gen ifadesini ortaya çıkarır. Kapsamlı hizmetimiz, araştırmacılara karmaşık mikrobiyal toplulukların eksiksiz gen ekspresyon profillerini derinlemesine inceleme olanağı sağlar. Taksonomik analizin ötesinde, metatranskriptom dizileme hizmetimiz fonksiyonel zenginleşmenin araştırılmasını kolaylaştırır, farklı şekilde ifade edilen genlere ve rollerine ışık tutar. Bu çeşitli çevresel ortamlar içindeki gen ifadesinin, taksonomik çeşitliliğin ve işlevsel dinamiklerin karmaşık manzaralarında gezinirken zengin biyolojik bilgileri ortaya çıkarın.
-
De novo Mantar Genom Düzeneği
BMKGENE, mantar genomları için çeşitli araştırma ihtiyaçlarını ve istenen genom bütünlüğünü karşılayan çok yönlü çözümler sunar. Kısa okumalı Illumina dizilimini tek başına kullanmak, bir taslak genomun oluşturulmasına olanak tanır. Nanopore veya Pacbio kullanılarak yapılan kısa okumalar ve uzun okuma sıralaması, daha uzun kontiglere sahip daha rafine bir mantar genomu için birleştirilir. Dahası, Hi-C dizilimini entegre etmek, yetenekleri daha da geliştirerek tam bir kromozom düzeyinde genomun elde edilmesini sağlar.
-
De novo Bakteriyel Genom Düzeneği
0 boşluk garantisi veren eksiksiz bir bakteriyel genom birleştirme hizmeti sunuyoruz. Bu, montaj için Nanopore ve PacBio gibi uzun okuma sıralama teknolojilerinin ve ONT okumalarının montaj doğrulaması ve hata düzeltmesi için Illumina ile kısa okuma sıralamasının entegre edilmesiyle mümkündür. Hizmetimiz, belirli araştırma hedeflerini yerine getiren montaj, işlevsel açıklama ve gelişmiş biyoinformatik analizden biyoenformatik iş akışının tamamını sağlar. Bu hizmet, çeşitli genetik ve genomik çalışmalar için hassas referans genomlarının geliştirilmesine olanak sağlar. Ek olarak, tür optimizasyonu, genetik mühendisliği ve mikrobiyal teknoloji geliştirme gibi uygulamaların temelini oluşturarak bilimsel içgörüleri ve biyoteknolojik yenilikleri ilerletmek için hayati önem taşıyan güvenilir ve boşluksuz genomik verileri sağlar.
