-
Hi-C bazlı Kromatin Etkileşimi
Hi-C, yakınlık tabanlı etkileşimleri ve yüksek verimli sıralamayı birleştirerek genomik konfigürasyonu yakalamak için tasarlanmış bir yöntemdir. Yöntem, formaldehit ile kromatinin çapraz bağlanmasına, ardından yalnızca kovalent olarak bağlanan parçaların ligasyon ürünleri oluşturacağı şekilde sindirim ve yeniden ligasyona dayanmaktadır. Bu ligasyon ürünlerini sıralayarak genomun 3 boyutlu organizasyonunu incelemek mümkündür. Hi-C, genomun hafif paketlenmiş (A bölmeleri, ökromatin) ve transkripsiyonel olarak aktif olma olasılığı daha yüksek olan kısımlarının ve daha sıkı paketlenmiş bölgelerin (B bölmeleri, Heterokromatin) dağılımının incelenmesini sağlar. Hi-C aynı zamanda genomun katlanmış yapılara sahip olan ve benzer ekspresyon modellerine sahip olan bölgeleri olan Topolojik Olarak İlişkili Alanları (TAD'ler) belirlemek ve proteinler tarafından birbirine bağlanan ve birbirine bağlı olan kromatin döngüleri olan DNA bölgelerini tanımlamak için de kullanılabilir. genellikle düzenleyici unsurlarla zenginleştirilmiştir. BMKGene'nin Hi-C dizileme hizmeti, araştırmacılara genom biliminin mekansal boyutlarını keşfetme gücü vererek genom düzenlemesini ve bunun sağlık ve hastalık üzerindeki etkilerini anlamak için yeni yollar açıyor.
-
Kromatin İmmünopresipitasyon Sıralaması (ChIP-seq)
Kromatin İmmünopresipitasyonu (CHIP), DNA bağlayıcı proteinleri ve bunlara karşılık gelen genomik hedefleri seçici olarak zenginleştirmek için antikorları kullanan bir tekniktir. NGS ile entegrasyonu, histon modifikasyonu, transkripsiyon faktörleri ve diğer DNA bağlayıcı proteinlerle ilişkili DNA hedeflerinin genom çapında profilinin çıkarılmasını sağlar. Bu dinamik yaklaşım, farklı hücre tipleri, dokular veya koşullar arasındaki bağlanma bölgelerinin karşılaştırılmasına olanak sağlar. ChIP-Seq'in uygulamaları, transkripsiyonel düzenleme ve gelişimsel yolların incelenmesinden hastalık mekanizmalarının aydınlatılmasına kadar uzanır; bu da onu genomik düzenleme manzaralarını anlamak ve terapötik içgörüleri ilerletmek için vazgeçilmez bir araç haline getirir.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Tüm genom bisülfit dizilimi (WGBS)
Tüm Genom Bisülfit Dizilimi (WGBS), DNA metilasyonunun, özellikle de gen ekspresyonu ve hücresel aktivitenin önemli bir düzenleyicisi olan sitozindeki (5-mC) beşinci konumun derinlemesine araştırılması için altın standart metodoloji olarak duruyor. WGBS'nin altında yatan prensip, metillenmiş sitozinleri değiştirmeden bırakırken metillenmemiş sitozinlerin urasile (C'den U'ya) dönüşümünü indükleyen bisülfit tedavisini içerir. Bu teknik, araştırmacıların metilomu kapsamlı bir şekilde araştırmasına ve başta kanser olmak üzere çeşitli durumlarla ilişkili anormal metilasyon modellerini ortaya çıkarmasına olanak tanıyan tek bazlı çözünürlük sunar. Bilim adamları, WGBS'yi kullanarak, genom çapında metilasyon manzaralarına dair benzersiz bilgiler edinebilir ve çeşitli biyolojik süreçlerin ve hastalıkların altında yatan epigenetik mekanizmaların ayrıntılı bir şekilde anlaşılmasını sağlayabilir.
-
Yüksek Verimli Sıralamayla Transpozazla Erişilebilir Kromatin Testi (ATAC-seq)
ATAC-seq, genom çapında kromatin erişilebilirlik analizi için kullanılan yüksek verimli bir sıralama tekniğidir. Kullanımı, gen ifadesi üzerindeki küresel epigenetik kontrolün karmaşık mekanizmalarının daha derinlemesine anlaşılmasını sağlar. Yöntem, sıralama bağdaştırıcıları yerleştirerek açık kromatin bölgelerini eş zamanlı olarak parçalamak ve etiketlemek için hiperaktif bir Tn5 transpozaz kullanır. Daha sonraki PCR amplifikasyonu, belirli uzay-zaman koşulları altında açık kromatin bölgelerinin kapsamlı bir şekilde tanımlanmasına olanak tanıyan bir sıralama kütüphanesinin oluşturulmasıyla sonuçlanır. ATAC-seq, yalnızca transkripsiyon faktörü bağlanma bölgelerine veya spesifik histonla değiştirilmiş bölgelere odaklanan yöntemlerin aksine, erişilebilir kromatin manzaralarının bütünsel bir görünümünü sağlar. ATAC-seq, bu açık kromatin bölgelerini sıralayarak, aktif düzenleyici dizilere ve potansiyel transkripsiyon faktörü bağlanma bölgelerine daha muhtemel olan bölgeleri ortaya çıkararak, genom boyunca gen ifadesinin dinamik modülasyonuna ilişkin değerli bilgiler sunar.
-
Azaltılmış Temsil Bisülfit Sıralaması (RRBS)
Azaltılmış Temsil Bisülfit Dizilimi (RRBS), DNA metilasyon araştırmalarında Tüm Genom Bisülfit Dizilimine (WGBS) uygun maliyetli ve verimli bir alternatif olarak ortaya çıkmıştır. WGBS, tüm genomu tek baz çözünürlükte inceleyerek kapsamlı bilgiler sağlarken, yüksek maliyeti sınırlayıcı bir faktör olabilir. RRBS, genomun temsili bir bölümünü seçici olarak analiz ederek bu zorluğu stratejik olarak hafifletir. Bu metodoloji, CpG adası açısından zengin bölgelerin MspI bölünmesiyle zenginleştirilmesine ve ardından 200-500/600 bps fragmanlarının boyut seçimine dayanır. Sonuç olarak, yalnızca CpG adalarına yakın olan bölgeler sıralanırken, uzak CpG adalarına sahip olanlar analizin dışında bırakılır. Bisülfit dizilimi ile birleştirilen bu süreç, DNA metilasyonunun yüksek çözünürlüklü tespitine olanak tanır ve PE150 dizileme yaklaşımı, metilasyon profili oluşturmanın verimliliğini artırarak özellikle eklerin ortası yerine uçlarına odaklanır. RRBS, uygun maliyetli DNA metilasyon araştırmalarına olanak tanıyan ve epigenetik mekanizmalar hakkındaki bilgileri geliştiren paha biçilmez bir araçtır.
