Bitki/Hayvan Bütün Genom Dizileme
Hizmet Özellikleri
● Kütüphane hazırlığı standart veya PCR içermez
● 4 Sekanslama Platformunda mevcuttur: Illumina Novaseq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 veya Pacbio Revio.
● Varyantların tespitine odaklanan biyoinformatik analiz: SNP, Indel, SV ve CNV
Hizmet Avantajları
●Kapsamlı uzmanlık ve yayın kayıtları: 1000'den fazla tür için genom dizilemesinde birikmiş deneyim, kümülatif etki faktörü 5000'den fazla olan 1000'den fazla yayınlanmış vakaya neden olmuştur.
●Kapsamlı biyoinformatik analizi: Varyasyon çağrısı ve işlev ek açıklama dahil.
● Satış sonrası destek:Taahhüdümüz, 3 aylık satış sonrası hizmet dönemi ile projenin tamamlanmasının ötesine uzanmaktadır. Bu süre zarfında, sonuçlarla ilgili soruları ele almak için proje takibi, sorun giderme yardımı ve Soru-Cevap oturumları sunuyoruz.
●Kapsamlı ek açıklama: Genleri tanımlanmış varyasyonlarla işlevsel olarak açıklamak ve ilgili zenginleştirme analizini gerçekleştirmek için birden fazla veritabanı kullanıyoruz ve birden fazla araştırma projesi hakkında bilgi veriyoruz.
Hizmet Özellikleri
| Tanımlanacak varyantlar | Sıralama stratejisi | Önerilen derinlik |
| SNP ve Indel | Illumina novaseq PE150 veya MGI T7 | 10x |
| SV ve CNV (daha az doğru) | 30x | |
| SV ve CNV (daha doğru) | Nanopore balo p48 | 20x |
| SNP'ler, Indels, SV ve CNV | Pacbio Revio | 10x |
Örnek gereksinimleri
| Doku veya ekstrakte edilmiş nükleik asitler | Illumina/MGI | Nanopore | Pacbio
| ||
| Hayvan içkisi | 0.5-1 g | ≥ 3.5 g
| ≥ 3.5 g
| ||
| Hayvan kası | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Memeli kan | 1.5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Kümes hayvanları/balık kanı | ≥ 0.1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Bitki- Taze Yaprak | 1-2 G | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Kültürlü Hücreler |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Böcek Yumuşak Doku/Bireysel | 0.5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Çıkarılmış DNA
| Konsantrasyon: ≥ 1 ng/ µL Miktar: ≥ 30 ng Sınırlı veya bozulma veya kontaminasyon
| Konsantrasyon Miktar
OD260/280
OD260/230
Sınırlı veya bozulma veya kontaminasyon
| ≥ 40 ng/ µL 4 ug/akış hücresi/numunesi
1.7-2.2
≥1.5 | Konsantrasyon Miktar
OD260/280
OD260/230
Sınırlı veya bozulma veya kontaminasyon | ≥ 50 ng/ µL 10 ug/akış hücresi/numunesi
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| PCR içermeyen kütüphane hazırlığı: Konsantrasyon ≥ 40 ng/ µL Miktar 500 ng | |||||
Servis İş Akışı
Örnek Teslimat
DNA ekstraksiyonu
Kütüphane İnşaatı
Sıralama
Veri analizi
Veri dağıtım
Aşağıdaki analizi içerir:
- Ham veri kalitesi kontrolü
- Referans genomuna uyum istatistikleri
- Varyant tanımlama: SNP, Indel, SV ve CNV
- Varyantların fonksiyonel ek açıklaması
Referans genoma hizalama istatistikleri - Sekanslama derinliği dağılımı
Birden çok örnek arası SNP çağrısı
Indel Tanımlama-CDS bölgesindeki ve genom çapında bölgedeki indel uzunluğun istatistikleri
Genom boyunca varyant dağılımı - circoz grafiği
Tanımlanmış varyantlarla genlerin fonksiyonel ek açıklaması - gen ontolojisi
Chai, Q. ve ark. (2023) 'Bir glutatyon S - -Transferaz GHTT19, pamukta antosiyanin birikimini düzenleyerek çiçek taç pigmentasyonunu belirler', Bitki Biotechnology Journal, 21 (2), s. 433. Doi: 10.1111/pbi.13965.
Cheng, H. ve ark. (2023) 'Kromozom düzeyinde vahşi hevea brasiliensis genom, genomik destekli üreme ve kauçuk verimini yükseltmek için değerli lokuslar için yeni araçlar sağlar', Plant Biotechnology Journal, 21 (5), s. 1058-1072. doi: 10.1111/pbi.14018.
Li, A. ve ark. (2021) 'Estuarin istiridye genomu iklim etkisi ve uyarlanabilir plastisite hakkında bilgi verir', İletişim Biyolojisi 2021 4: 1, 4 (1), s. 1-12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. ve ark. (2022) 'Çin yerli tavuklarda zaman içinde genom ve metilasyon değişikliklerinin analizi, türlerin korunmasına ilişkin fikir verir', İletişim Biyolojisi, 5 (1), s. 1-12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
