Bitki/Animal De Novo Genom Sekanslama
De NovoSekanslama, bir referans genomu yokluğunda sekanslama teknolojileri kullanılarak bir türün tüm genomunun yapımını ifade eder. Daha uzun okumalara sahip üçüncü nesil sekanslamanın tanıtımı ve yaygın olarak benimsenmesi, okumalar arasındaki örtüşmeyi artırarak genom düzeneğini önemli ölçüde artırmıştır. Bu gelişme, yüksek heterozigotluk sergileyenler gibi zorlu genomlarla uğraşırken, tekrarlayan bölgeler, poliploidler ve tekrarlayan elementlere sahip bölgeler, anormal GC içerikleri veya yüksek karmaşıklık gibi kısa süreli sekanslama kullanılarak tipik olarak kötü bir şekilde monte edilmiş gibi, yalnız.
Tek noktadan çözümümüz, yüksek kaliteli de novo monte edilmiş genom sağlayan entegre sıralama hizmetleri ve biyoinformatik analiz sağlar. Illumina ile bir ilk genom araştırması, genom büyüklüğü ve karmaşıklığı tahminleri sağlar ve bu bilgiler, Pacbio HiFi ile uzun süren sekanslamanın bir sonraki adımına rehberlik etmek için kullanılır ve ardındanDe NovoContigs montajı. Daha sonra HIC düzeneğinin kullanımı, kontiglerin genoma ankrajı sağlar ve kromozom seviyesi bir düzeneği elde eder. Son olarak, genom gen tahmini ve eksprese edilen genlerin dizilerek, kısa ve uzun okumalarla transkriptomlara başvurur.
Hizmet Özellikleri
● Tek elden bir çözümde çoklu sıralama ve biyoinformatik hizmetlerin entegrasyonu:
Genom büyüklüğünü tahmin etmek ve sonraki adımları yönlendirmek için Illumina ile genom araştırması;
Uzun okuma sıralamasıDe NovoContigs montajı;
Kromozom ankrajı için HI-C sekanslama;
genlerin ek açıklaması için mRNA sekanslaması;
Montajın doğrulanması.
● Yeni genomların oluşturulması veya ilgilenilen türler için mevcut referans genomlarının iyileştirilmesi için uygun hizmet.
Hizmet Avantajları
Sekanslama platformlarının ve biyoinformatiklerin geliştirilmesiDe Novogenom düzeneği
(Amarasinghe sl ve ark.,Genom biyolojisi, 2020)
●Kapsamlı uzmanlık ve yayın kaydı: Bmkgene, diploid genomlar ve poliploid ve allopoliploid türlerin oldukça karmaşık genomları dahil olmak üzere çeşitli türlerin yüksek kaliteli genom montajında büyük bir deneyim kazanmıştır. 2018'den bu yana katkıda bulunduk300 yüksek etkili yayın ve bunlardan 20'den fazla Nature Genetics'te yayınlandı.
● Tek durak çözüm: Entegre yaklaşımımız, çoklu sıralama teknolojilerini ve biyoinformatik analizleri, yüksek kaliteli birleştirilmiş bir genom sağlayarak uyumlu bir iş akışında birleştirir.
●İhtiyaçlarınıza göre uyarlanmış: Servis iş akışımız özelleştirilebilir, farklı özelliklere ve belirli araştırma ihtiyaçlarına sahip genomlara uyum sağlar. Bu, dev genomları, poliploid genomları, yüksek heterozigot genomları ve daha fazlasını barındırmayı içerir.
●Yüksek vasıflı biyoinformatik ve laboratuvar ekibi: Karmaşık genom düzeneklerinin hem deneysel hem de biyoinformatik cephesinde ve bir dizi patent ve yazılım telif hakkı.
●Satış Sonrası Desteği:Taahhüdümüz, 3 aylık satış sonrası hizmet dönemi ile projenin tamamlanmasının ötesine uzanmaktadır. Bu süre zarfında, sonuçlarla ilgili soruları ele almak için proje takibi, sorun giderme yardımı ve Soru-Cevap oturumları sunuyoruz.
Hizmet Özellikleri
| Genom anketi | Genom düzeneği | Kromozom seviyesi | Genom ek açıklaması |
| 50x Illumina novaseq PE150
| 30x Pacbio CCS HIFI okur | 100x hi-c | RNA-seq Illumina PE150 10 GB + (isteğe bağlı) Tam uzunlukta RNA-seq Pacbio 40 GB veya Nanopore 12 GB |
Hizmet Gereksinimleri
Genom araştırması, genom montajı ve hi-cole montajı için:
| Doku veya ekstrakte edilmiş nükleik asitler | Genom anketi | Pacbio ile genom montajı | Hi-C Montajı |
| Hayvan içkisi | 0.5-1 g
| ≥ 3.5 g | ≥2 g |
| Hayvan kası | ≥ 5 g | ||
| Memeli kan | 1.5 ml
| ≥ 5 ml | ≥2 ml |
| Kümes hayvanları/balık kanı | ≥ 0,5 ml | ||
| Bitki- Taze Yaprak | 1-2 G | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Kültürlü Hücreler |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Böcek | 0.5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| Çıkarılmış DNA | Konsantrasyon: ≥1 ng/ µL Miktar ≥ 30 ng Sınırlı veya bozulma veya kontaminasyon | Konsantrasyon: ≥ 50 ng/ µL Miktar: 10 ug/akış hücresi/numunesi OD260/280 = 1.7-2.2 OD260/230 = 1.8-2.5 Sınırlı veya bozulma veya kontaminasyon |
-
|
Transkriptomik ile genom ek açıklaması için:
| Doku veya ekstrakte edilmiş nükleik asitler | Illumina transkriptomu | Pacbio transkriptomu | Nanopore transkriptomu |
| Bitki- Kök/Kök/Petal | 450 mg | 600 mg | |
| Bitki - Yaprak/Tohum | 300 mg | 300 mg | |
| Bitki - Meyve | 1.2 g | 1.2 g | |
| Hayvan kalbi/bağırsak | 300 mg | 300 mg | |
| Hayvan Vissera/Beyin | 240 mg | 240 mg | |
| Hayvan kası | 450 mg | 450 mg | |
| Hayvan kemikleri/saç/cilt | 1 g | 1 g | |
| Eklembacaklı - böcek | 6 | 6 | |
| Arthropod -Crustacea | 300 mg | 300 mg | |
| Tam kan | 1 tüp | 1 tüp | |
| Çıkarılmış RNA | Konsantrasyon: ≥ 20 ng/ µL Miktar ≥ 0.3 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Rin≥ 6 5≥28s/18S≥1 | Konsantrasyon: ≥ 100 ng/ µL Miktar ≥ 0.75 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Rin≥ 8 5≥28s/18S≥1 | Konsantrasyon: ≥ 100 ng/ µL Miktar ≥ 0.75 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Rin≥ 7.5 5≥28s/18S≥1 |
Önerilen Örnek Teslimat
Konteyner: 2 mL santrifüj tüpü (kalay folyo önerilmez)
(Örneklerin çoğu için etanolde korumamayı öneririz.)
Örnek etiketleme: Örneklerin açıkça etiketlenmesi ve gönderilen örnek bilgi formuyla aynı olması gerekir.
Gönderi: kuru buz: örneklerin önce torbalarla paketlenmesi ve kuru buzda gömülmesi gerekir.
İş akışı
Servis İş Akışı
Deney tasarımı
Örnek Teslimat
DNA ekstraksiyonu
Kütüphane İnşaatı
Sıralama
Veri analizi
Satış Sonrası Hizmetler
4 adımda ayrılmış tam biyoinformatik analiz:
1) NGS ile K-Mer analizine dayanan genom araştırması:
Genom büyüklüğünün tahmini
Heterozigotluk tahmini
Tekrarlayan bölgelerin tahmini
2) Pacbio hifi ile genom montajı:
De Novotoplantı
Montaj Değerlendirmesi: Genom bütünlüğü ve NGS ve Pacbio Hifi'nin geri haritalandırılması için Busco analizi dahil
3) Hi-Con Montaj:
HI-C Kütüphane QC: Geçerli Hi-C etkileşimlerinin tahmini
Hi-C Montaj: Contigs'in gruplar halinde kümelenmesi, ardından her grup içinde contig siparişi ve contig oryantasyonunu atama
Hi-c değerlendirme
4) Genom ek açıklaması:
Kodlayıcı olmayan RNA tahmini
Tekrarlayan sekans tanımlama (transpozonlar ve tandem tekrarları)
Gen tahmini
§De Novo: ab initio algoritmaları
§ homolojiye dayanarak
§ Transkriptoma dayanarak, uzun ve kısa okumalar: okumalarDe Novotaslak genoma monte edilmiş veya eşlenmiş
§ Çoklu veritabanlı tahmini genlerin ek açıklaması
1) Genom Araştırması- K-Mer analizi
2) Genom Montajı
2) Genom Montajı - Pacbio Hifi, taslak montaj için eşlemeyi okur
2) Hi-Con Montaj-Hi-C geçerli etkileşim çiftlerinin tahmini
3) HI-C Montaj Sonrası Değerlendirme
4) Genom ek açıklaması - Tahmin edilen genlerin entegrasyonu
4) Genom ek açıklaması - tahmini genlerin ek açıklaması
BMKGene de Novo Genome Montaj Hizmetleri tarafından yapılan gelişmeleri küratörlü bir yayın koleksiyonu yoluyla keşfedin:
Li, C. ve ark. (2021) 'Genom dizileri küresel dağılma yollarını ortaya çıkarır ve denizatı evriminde yakınsak genetik adaptasyonlar önerir', Nature Communications, 12 (1). doi: 10.1038/s41467-021-21379-x.
Li, Y. ve ark. (2023) 'Büyük ölçekli kromozomal değişiklikler, genom düzeyinde ekspresyon değişikliklerine, çevresel adaptasyona ve gayalde (Bos frontalis) türleşmeye yol açar' ', moleküler biyoloji ve evrim, 40 (1). doi: 10.1093/molbev/msad006.
Tian, T. ve ark. (2023) 'Önde gelen kuraklığa dirençli bir mısır germplazmının genom düzeneği ve genetik diseksiyonu', Nature Genetics 2023 55: 3, 55 (3), s. 496-506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. ve ark. (2023) 'Solanaceae ailesindeki iki genomu analiz ederek tropan alkaloid biyosentezinin evrimini ortaya çıkarmak', Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), s. 1-18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zorlu Vaka Çalışmaları:
Telomer-kongre montajı:Fu, A. ve ark. (2023) 'Acı kavunun telomer-telomere genom montajı (Momordica Charantia L. var. Abbreviata Ser.) Meyve gelişimini, kompozisyonunu ve olgunlaşmayı genetik özellikleri ortaya çıkarır', Bahçe Bitkileri Araştırması, 10 (1). doi: 10.1093/saat/uhac228.
Haplotip montajı:Hu, W. ve ark. (2021) 'Alel tanımlı genom, manyok evrimi sırasında biallelik farklılaşmayı ortaya çıkarır', Moleküler Bitki, 14 (6), s. 851-854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Dev Genom Montajı:Yuan, J. ve ark. (2022) 'Ağaç şakayık paeonia ostii'nin giga-kromozomlarının ve giga-genomunun genomik temeli', Nature Communications 2022 13: 1, 13 (1), s. 1-16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Poliploid genom düzeneği:Zhang, Q. ve ark. (2022) 'Otopoliploid şeker kamışı sakarum spontaneum'un son kromozom azalmasına ilişkin genomik anlayışlar', Nature Genetics 2022 54: 6, 54 (6), s. 885-896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
