PacBio 2+3 Tam Uzunlukta mRNA Çözümü
Özellikler
● Çalışma tasarımı:
Transkript izoformlarını tanımlamak için PacBio ile dizilenen havuzlanmış örnek
Sıralanmış ayrı numuneler (kopyalar ve test edilecek koşullar)Transkript ifadesini ölçmek için NGS
● CCS modunda PacBio dizilimi, HiFi okumaları oluşturma
● Tam uzunluktaki transkriptlerin sıralanması
● Analiz bir referans genomu gerektirmez; ancak kullanılabilir
● Biyoenformatik analiz yalnızca gen ve izoform düzeyindeki ifadeyi değil aynı zamanda lncRNA, gen füzyonları, poli-adenilasyon ve gen yapısının analizini de içerir
Avantajları
● Yüksek Doğruluk: HiFi, NGS ile karşılaştırılabilir >%99,9 (Q30) doğrulukla okur
● Alternatif Ekleme Analizi: Tüm transkriptlerin sıralanması, izoform tanımlamasını ve karakterizasyonunu mümkün kılar.
● PacBio ve NGS'nin Güçlü Yönlerinin Kombinasyonu: izoform düzeyinde ifadenin miktarının belirlenmesine olanak sağlamak, tüm gen ifadesini analiz ederken maskelenebilecek değişimi ortaya çıkarmak
● Kapsamlı Uzmanlık: 1100'den fazla PacBio tam uzunlukta transkriptom projesini tamamlama ve 2300'den fazla örneği işleme geçmişine sahip ekibimiz, her projeye zengin bir deneyim katıyor.
● Satış Sonrası Destek: Taahhüdümüz, 3 aylık satış sonrası hizmet süresiyle projenin tamamlanmasının ötesine uzanır. Bu süre zarfında, sonuçlarla ilgili her türlü soruyu yanıtlamak için proje takibi, sorun giderme yardımı ve Soru-Cevap oturumları sunuyoruz.
Numune Gereksinimleri ve Teslimat
| Kütüphane | Sıralama stratejisi | Önerilen veriler | Kalite Kontrol |
| PolyA ile zenginleştirilmiş mRNA CCS kütüphanesi | PacBio Devam II PacBio Revio | 20/40 GB 5/10M CCS | Q30≥85% |
| Poli A zenginleştirilmiş | Illumina PE150 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Nükleotidler
|
| Kons.(ng/μl) | Miktar (μg) | Saflık | Bütünlük |
| Illumina Kütüphanesi | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Jel üzerinde sınırlı miktarda protein veya DNA kontaminasyonu gösteriliyor veya hiç gösterilmiyor. | Bitkiler için: RIN≥4,0; Hayvanlar için: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; sınırlı veya taban çizgisi yüksekliği yok |
| PacBio kütüphanesi | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Jel üzerinde sınırlı miktarda protein veya DNA kontaminasyonu gösteriliyor veya hiç gösterilmiyor. | Bitkiler: RIN≥7,5 Hayvanlar: RIN≥8,0 5,0≥28S/18S≥1,0; sınırlı veya taban çizgisi yüksekliği yok |
Önerilen Numune Teslimatı
Kap: 2 ml santrifüj tüpü (Kalay folyo tavsiye edilmez)
Örnek etiketleme: Grup+kopya örneğin A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Gönderim:
1. Kuru buz:Numunelerin torbalara konulması ve kuru buza gömülmesi gerekir.
2. RNAstabil tüpler: RNA örnekleri, RNA stabilizasyon tüpünde (örn. RNAstable®) kurutulabilir ve oda sıcaklığında gönderilebilir.
Aşağıdaki analizi içerir:
Ham veri kalite kontrolü
Alternatif Poliadenilasyon Analizi (APA)
Füzyon transkript analizi
Alternatif Ekleme Analizi
Evrensel Tek Kopya Ortoloji (BUSCO) analizinin karşılaştırılması
Yeni transkript analizi: kodlama dizilerinin (CDS) tahmini ve işlevsel açıklama
lncRNA analizi: lncRNA'nın ve hedeflerin tahmini
Mikro Uydu Tanımlaması (SSR)
Diferansiyel Olarak İfade Edilen Transkriptler (DET'ler) analizi
Diferansiyel Olarak İfade Edilen Genler (DEG'ler) analizi
DEG'lerin ve DET'lerin işlevsel açıklaması
BUSCO analizi
Alternatif Ekleme Analizi
Alternatif Poliadenilasyon Analizi (APA)
Diferansiyel Olarak Eksprese Edilen Genler (DEG'ler) ve Transkriptler (DETs9 analizi)
DET'lerin ve DEG'lerin Protein-Protein etkileşim ağları
BMKGene'nin PacBio 2+3 tam uzunlukta mRNA dizilemesinin kolaylaştırdığı gelişmeleri, seçilmiş bir yayın koleksiyonu aracılığıyla keşfedin.
Chao, Q. ve diğerleri. (2019) 'Populus kök transkriptomunun gelişimsel dinamikleri', Plant Bioteknoloji Dergisi, 17(1), s. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. ve diğerleri. (2022) 'Actinidia latifolia'nın (Askorbat Açısından Zengin Bir Meyve Mahsülü) Meyve Gelişimi ve Olgunlaşması Sırasında Askorbik Asit İçeriğindeki Dinamik Değişiklikler ve İlgili Moleküler Mekanizmalar', Uluslararası Moleküler Bilimler Dergisi, 23(10), s. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. ve ark. (2022) 'Paris polifilindeki biyoaktif polifilinlerde yer alan biyosentetik yol genlerinin etkili tahmini', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), s. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. ve ark. (2023) 'Tuta absoluta (Meyrick) Transkriptom ve Sitokrom P450 Genlerinin Kombine PacBio Iso-Seq ve Illumina RNA-Seq Analizi', Insects, 14(4), s. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun ve diğerleri. (2019) 'Ricinus communis'te risinoleik asit biyosentezinin daha iyi anlaşılması için Illumina RNA dizilimi ile birleştirilmiş PacBio tek moleküllü gerçek zamanlı analiz kullanılarak transkriptom karmaşıklığına ilişkin bir araştırma', BMC Genomics, 20(1), s. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/ŞEKİLLER/7.
