Referans Olmayan mRNA Sıralaması-NGS
Özellikler
● Kütüphane hazırlığından önce poli mRNA'nın yakalanması
● Herhangi bir referans genomundan bağımsız: transkriptlerin de novo birleşimine dayanarak, birden fazla veri tabanı (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, EggNOG, Pfam, GO, KEGG) ile açıklamalı unigenlerin bir listesini oluşturur.
● Gen ekspresyonu ve transkript yapısının kapsamlı biyoinformatik analizi
Hizmet Avantajları
●Kapsamlı Uzmanlık: BMKGENE'de hücre kültürleri, dokular ve vücut sıvıları gibi çeşitli numune türlerini kapsayan 600.000'den fazla numuneyi işleme geçmişine sahip ekibimiz, her projeye zengin bir deneyim katıyor. Çeşitli araştırma alanlarında 100.000'den fazla mRNA-Seq projesini başarıyla kapattık.
●Titiz Kalite Kontrolü: Numune ve kütüphane hazırlığından sıralama ve biyoinformatiğe kadar tüm aşamalarda temel kontrol noktalarını uyguluyoruz. Bu titiz izleme, sürekli olarak yüksek kaliteli sonuçların elde edilmesini sağlar.
● Kapsamlı Ek Açıklama: Diferansiyel Olarak Eksprese Edilen Genlere (DEG'ler) işlevsel olarak açıklama eklemek ve karşılık gelen zenginleştirme analizini gerçekleştirmek için birden fazla veri tabanı kullanıyoruz ve transkriptom yanıtının altında yatan hücresel ve moleküler süreçler hakkında bilgi sağlıyoruz.
●Satış Sonrası Destek: Taahhüdümüz, 3 aylık satış sonrası hizmet süresiyle projenin tamamlanmasının ötesine uzanır. Bu süre zarfında, sonuçlarla ilgili her türlü soruyu yanıtlamak için proje takibi, sorun giderme yardımı ve Soru-Cevap oturumları sunuyoruz.
Numune Gereksinimleri ve Teslimat
| Kütüphane | Sıralama stratejisi | Önerilen veriler | Kalite Kontrol |
| Poli A zenginleştirilmiş | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Örnek Gereksinimler:
Nükleotidler:
| Kons.(ng/μl) | Miktar (μg) | Saflık | Bütünlük |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Jel üzerinde sınırlı miktarda protein veya DNA kontaminasyonu gösteriliyor veya hiç gösterilmiyor. | Bitkiler için: RIN≥4,0; Hayvanlar için: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; sınırlı veya taban çizgisi yüksekliği yok |
● Bitkiler:
Kök, Kök veya Yaprak: 450 mg
Yaprak veya Tohum: 300 mg
Meyve: 1,2 gr
● Hayvan:
Kalp veya Bağırsak: 300 mg
İç Organ veya Beyin: 240 mg
Kas: 450 mg
Kemikler, Saç veya Cilt: 1g
● Eklembacaklılar:
Böcekler: 6g
Kabuklular: 300 mg
● Tam kan: 1 tüp
● Hücreler: 106 hücreler
Önerilen Numune Teslimatı
Kap: 2 ml santrifüj tüpü (Teneke folyo tavsiye edilmez)
Örnek etiketleme: Grup+kopya örneğin A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Gönderim:
1. Kuru buz: Numunelerin torbalara konulması ve kuru buza gömülmesi gerekir.
2. RNAstabil tüpler: RNA örnekleri, RNA stabilizasyon tüpünde (örn. RNAstable®) kurutulabilir ve oda sıcaklığında gönderilebilir.
Hizmet İş Akışı
Deney tasarımı
Numune teslimatı
RNA ekstraksiyonu
Kütüphane inşaatı
Sıralama
Veri analizi
Satış sonrası hizmetler
Biyoenformatik
Transkriptom montajı ve tek gen seçimi
Unigene ek açıklaması
Biyolojik kopyaların örnek korelasyonu ve değerlendirilmesi
Diferansiyel Olarak Eksprese Edilen Genler (DEG'ler)
DEG'lerin İşlevsel Açıklaması
DEG'lerin Fonksiyonel Zenginleştirilmesi
BMKGene'nin ökaryotik NGS mRNA sıralama hizmetlerinin kolaylaştırdığı gelişmeleri, seçilmiş bir yayın koleksiyonu aracılığıyla keşfedin.
Shen, F. ve diğerleri. (2020) 'Amur yayın balığının (Silurus asotus) gonadlarında De novo transkriptom birleşimi ve cinsiyete dayalı gen ekspresyonu', Genomics, 112(3), s. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. ve diğerleri. (2016) 'Soğanda (Allium cepa L.) soğan şişmesi ve gelişimi sırasında sükroz metabolizmasının transkriptom analizi', Frontiers in Plant Science, 7(Eylül), s. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. ve diğerleri. (2017) 'Sarcocheilichthys sinensis transkriptomu için de novo derleme, karakterizasyon ve açıklama', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. ve diğerleri. (2021) 'De novo transkriptom analizi, tuzluluk stresi altında Podocarpus macrophyllus'un tuz toleransına ilişkin bilgiler sağlar', BMC Bitki Biyolojisi, 21(1), s. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/ŞEKİLLER/9.
