Bmkcloud oturum açın
1

referans genomlu mRNA-seq (NGS)

百迈客云网站 -11

referans genomlu mRNA-seq (NGS)

RNA-seq, genomlar ve proteomlar arasındaki boşluğu dolduran yaşam ve mahsul bilimleri boyunca standart bir araçtır. Gücü yeni transkriptleri keşfetmek ve ifadelerini bir testte ölçmektir. Mutantları vahşi tiplerle karşılaştırmak veya belirli koşullar altında gen ekspresyonunu ortaya çıkarmak gibi çeşitli özellikler veya fenotiplerle ilgili genlere ışık tutan karşılaştırmalı transkriptomik çalışmalar için yaygın olarak kullanılır. BMKCloud mRNA (Referans) APP, ifade niceliği, diferansiyel ekspresyon analizi (DEG) ve dizi yapısı analizlerini mRNA-seq (NGS) biyoinformatik boru hattına entegre eder ve benzer yazılımların güçlü yanlarını birleştirerek kolaylık ve kullanıcı dostu olmasını sağlar. Kullanıcılar RNA-seq verilerini buluta yükleyebilir, burada uygulama kapsamlı, tek noktadan biyoinformatik bir analiz çözümü sunar. Ayrıca, kullanıcıların özel ihtiyaçlarına göre uyarlanmış kişiselleştirilmiş operasyonlar sunan müşteri deneyimine öncelik verir. Kullanıcılar parametreleri ayarlayabilir ve boru hattı görevini kendileri gönderebilir, etkileşimli raporu kontrol edebilir, veri/diyagramları görüntüleyebilir ve hedef gen seçimi, fonksiyonel kümeleme, diyagramlama vb.

Demo sonuçları
Veri madenciliği
İthalat Gereksinimi
Ana analiz
Referans
Demo sonuçları

Veri madenciliği

İthalat Gereksinimi

Platform:Illumina, MGI
Strateji:RNA-seq
Düzen: Pariped, temiz veri.
Kütüphane Türü:FR-FRE-STREMSED, FR-STRANTRAND veya FR-SECONDSTRAND
Okuma Uzunluğu:150 bp
Dosya Türü:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz veya *.fq.gz. Sistem olacak.fastq dosyalarını otomatik olarak dosya adlarına göre eşleştirin,örneğin *_1.fastq *._ 2.fastq ile eşleştirildi.
Örnek sayısı:Numarada herhangi bir kısıtlama yokörneklerin, ancak analiz süresi sayısı olarak artacakÖrnekler büyür.
Önerilen veri miktarı:Örnek başına 6g

Ana analiz
MRNA-seq'in ana analizi ve biyoinformatik araçları (referans)Boru hattı aşağıdaki gibidir:
1. Rawdata Kalite Kontrolü:
• Düşük kaliteli dizilerin çıkarılması, adaptör dizileri,vesaire;
• Araçlar: şirket içi geliştirilen boru hattı;
2. Verilerin referans genomuna hizalanması:
• Okumaları, eksprese bir algoritma ile hizalamareferans genom.
•Aletler:Hisat2, Samtools
3. Kütüphane Kalitesi Analizi:
• Uzunluk analizi, sekans doygunluğu analizi vb. Ekle;
•Aletler:Samtools;
4. Sekans yapısı analizi:
• Alternatif ekleme analizi, gen yapısı optimizasyonu,yeni gen tahmini vb;
•Aletler:Stringtie, GFFCompare, Gatk-ELMAS, Arınan kimse, VeHmmer.
5. Diferansiyel ifade analizi:
• DEG taraması, ortak ilişki analizi, fonksiyonelzenginleştirme;
Çeşitli görselleştirme sonuçları;
RileSegseq, Deseq2, ggplot2, Dexseq
Referans
1. Kim, Daehwan ve ark. "Grafik tabanlı genom hizalaması veHisat2 ve Hisat-genotip ile genotipleme. ”DoğaBiyoteknoloji37 (2019): 907 - 915.
2. McKenna, Aaron ve ark. "Genom Analizi Araç Seti: AYeni nesil DNA'yı analiz etmek için MapReduce çerçevesiSıralama Verileri. "Genom Araştırması20 9 (2010): 1297-303.
3. Li, Heng ve ark. "Sekans hizalaması/harita biçimi veSamtools. "Biyoinformatik25 (2009): 2078 - 2079.
4. Perțea, Mihaela ve ark. "Stringtie, iyileştirilmişRNA-seq'ten bir transkriptomun yeniden yapılandırılması. ”DoğaBiyoteknoloji33 (2015): 290-295.
5. Aşk, Michael I. ve ark. "Kırış değişiminin denetlenmesi veDESEQ2 ile RNA-seq verileri için dağılım. "GenomBiyoloji15 (2014): n. Pag.
6. Eddy, Sean R. .. “Hızlandırılmış Profil HMM Aramaları.”Plos Hesaplamalı biyoloji7 (2011): n. Pag.

Teklif Alın

Mesajınızı buraya yazın ve bize gönderin

Mesajınızı bize gönderin: