T2T genom düzeneği, boşluksuz genom
1stİki pirinç genomu1
Başlık: Xian/Indica Rice için iki boşluksuz referans genomunun montajı ve validasyonu, bitki sentromer mimarisine ilişkin içgörüler ortaya koyuyor
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Gönderilen süre: 01 Ocak 2021.
Enstitü: Huazhong Tarım Üniversitesi, Çin
Malzeme
O. Sativa Xian/IndicaPirinç Çeşitleri 'Zhenshan 97 (ZS97)' ve 'Minghui 63 (MH63)
Sıralama stratejisi
Ngs okur + hiFi okur + clr okur + bionano + hi-c
Veri:
ZS97: 8.34 GB （~ 23x） HIFI okur + 48.39 GB (~ 131x) CLR okur + 25 GB (~ 69x) ngs + 2 Bionano IRYS Hücreleri
MH63: 37.88 GB (~ 103x) HIFI okur + 48.97 GB (~ 132x) CLR okur + 28 GB (~ 76x) ngs + 2 Bionano IRYS hücreleri
Şekil 1 Pirincin iki boşluk içermeyen genomu (MH63 ve ZS97)
2ndMuz genomu2
Başlık: Nanopore Sekanslama Kullanarak Muzun Telomer-Konine Gapsuz Kromozomları
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Gönderilen süre: 17 Nisan 2021.
Enstitü: Université Paris-Saclay, Fransa
Malzeme
Çift haploidMusa AcuminataSPPmalakensis(Dh-pahang)
Sıralama stratejisi ve verileri:
HISEQ2500 PE250 Modu+ Minion/ Promethion (93GB, ~ 200x)+ optik harita (DLE-1+ BSPQ1)
Tablo 1 MUSA ACUMINATA (DH-PAHANG) Genom Montajlarının Karşılaştırılması
Şekil 2 Musa Genomes Mimarlık Karşılaştırması
3rdPhaeodactylum tricornutum genomu3
Başlık: Telomer-Telomere Genom MontajıP
Haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Gönderilen Zaman: 04 Mayıs 2021
Enstitü: Batı Üniversitesi, Kanada
Malzeme
Phaeodactylum tricornutum(Alg ve Protozoa CCAP Kültür Koleksiyonu 1055/1)
Sıralama stratejisi ve verileri:
1 Oxford Nanopore Minion Akış Hücresi + A 2 × 75 eşleştirilmiş uç orta çıkış NextSeq 550 Run
Şekil 3 Telomere-konferan genom montajı için iş akışı
4thİnsan CHM13 genomu4
Başlık: Bir insan genomunun tam dizisi
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Gönderilen Zaman: 27 Mayıs 2021
Enstitü: Ulusal Sağlık Enstitüleri (NIH), ABD
Malzemeler: Hücre Çizgisi CHM13
Sıralama stratejisi ve verileri:
30 × Pacbio Dairesel Konsensüs Sekanslama (HIFI), 120 × Oxford Nanopore Ultra uzun okuma sekanslama, 100 × Illumina PCR içermeyen sekanslama (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), Bionano Optik Haritalar, ve Strand-seq
Tablo 2 GRCH38 ve T2T-CHM13 İnsan Genom Montajlarının Karşılaştırılması
Referans
1. Sergey Nurk ve ark. Bir insan genomunun tam dizisi. Biorxiv 2021.05.26.445798; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. Caroline Belser ve ark. Nanopore sekanslaması kullanarak telomer-telomere muzun boşluksuz kromozomları. Biorxiv 2021.04.16.440017; doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere ve ark. Phaeodactylum tricornutum'un telomer-telomere genom montajı. Biorxiv 2021.05.05.442596; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song ve ark. Xian/indica pirinci için iki boşluksuz referans genomunun montajı ve validasyonu, bitki sentromer mimarisine ilişkin bilgiler ortaya koymaktadır. Biorxiv 2020.12.24.424073; doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Gönderme Zamanı: Ocak-06-2022