Nanopore Tam uzunlukta transkriptom

Nanopore transkriptom dizilimi, tam uzunluktaki cDNA'ları dizilemek, transkript izoformlarını doğru bir şekilde tanımlamak ve ölçmek için güçlü bir yöntemdir. BMKCloud Nanopore Tam Uzunlukta Transkriptom Boru Hattı, Nanopore platformunda oluşturulan RNA-Seq verilerini yüksek kaliteli, iyi açıklamalı bir referans genomuna göre analiz etmek ve hem gen hem de transkript düzeyinde niteliksel ve niceliksel analiz sağlamak üzere tasarlanmıştır. Kalite kontrolünden sonra, tam uzunlukta kimerik olmayan (FLNC) diziler elde edilir ve fazlalık transkriptleri çıkarmak için konsensüs dizileri referans genoma eşlenir. Bu transkript setinden ekspresyon ölçülür ve diferansiyel olarak eksprese edilen genler ve transkriptler tanımlanır ve işlevsel olarak açıklama eklenir. Boru hattı ayrıca alternatif poliadenilasyon (APA) analizi, alternatif birleştirme analizi, basit dizi tekrarı (SSR) analizi, lncRNA'nın tahmini ve karşılık gelen hedefleri, kodlama dizilerinin tahmini (CDS), gen ailesi analizi, transkripsiyon faktörü analizi, yeni genlerin tahmini içerir. ve transkriptlerin işlevsel açıklamaları.