Exclusive Agency for Korea

Bmkcloud oturum açın

Ürünler

Hi-C tabanlı kromatin etkileşimi

Hi-C, problama yakınlık tabanlı etkileşimleri ve yüksek verimli sekanslamayı birleştirerek genomik konfigürasyonu yakalamak için tasarlanmış bir yöntemdir. Yöntem, formaldehit ile kromatin çapraz bağlanmasına, ardından sindirim ve yeniden ligasyona, sadece kovalent olarak bağlantılı olan fragmanların ligasyon ürünleri oluşturacak şekilde dayanmaktadır. Bu ligasyon ürünlerini sıralayarak, genomun 3D organizasyonunu incelemek mümkündür. HI-C, genomun hafifçe paketlenmiş kısımlarının (bir bölmeler, euchromatin) ve transkripsiyonel olarak aktif olma olasılığı daha yüksek ve daha sıkı paketlenmiş bölgelerin (B bölmeleri, heterokromatin) incelemesini sağlar. HI-C, topolojik olarak ilişkili alanları (TAD'ler), genomun katlanmış yapıları olan ve benzer ekspresyon paternlerine sahip olması ve kromatin döngülerini tanımlamak ve proteinlerle birbirine bağlanan ve olan DNA bölgelerini saptamak için de kullanılabilir. genellikle düzenleyici unsurlarda zenginleştirilir. BMKGene'nin HI-C Sekanslama Hizmeti, araştırmacılara genomiklerin mekansal boyutlarını keşfetmelerini, genom düzenlemesini ve bunun sağlık ve hastalık üzerindeki etkilerini anlamak için yeni yollar açmalarını sağlar.

Bize Ulaşın

Hizmet Ayrıntıları

Biyoinformatik

Demo sonuçları

Öne çıkan yayınlar

Hizmet Özellikleri

● PE150 ile Illumina novaseq üzerinde sıralama.

● Servis, ekstrakte edilen nükleik asitler yerine doku örneklerinin formaldehit ile çapraz bağlanmasını ve DNA-protein etkileşimlerini korumasını gerektirir.

● HI-C deney, yapışkan uçların biyotin ile kısıtlanmasını ve bitişini ve ardından etkileşimleri korurken ortaya çıkan künt uçların daireselleştirilmesini içerir. DNA daha sonra streptavid boncukları ile aşağı çekilir ve sonraki kütüphane hazırlığı için saflaştırılır.

Hizmet Avantajları

●Optimal kısıtlama enzim tasarımı:% 93'e kadar geçerli etkileşim çiftine sahip farklı türlerde yüksek HI-C verimliliği sağlamak için.

●Kapsamlı uzmanlık ve yayın kayıtları:BMKGene, 800 farklı türden ve çeşitli patentlerden 2000 HI-C sekanslama projesi ile geniş deneyime sahiptir. 900'ün üzerinde biriken etki faktörü olan 100'den fazla yayınlanmış vaka.

●Yüksek vasıflı biyoinformatik ekibi:Hi-C deneyleri ve veri analizi için şirket içi patentler ve yazılım telif hakları ve kendi geliştirilmiş görselleştirme veri yazılımı ile.

●Satış Sonrası Desteği:Taahhüdümüz, 3 aylık satış sonrası hizmet dönemi ile projenin tamamlanmasının ötesine uzanmaktadır. Bu süre zarfında, sonuçlarla ilgili soruları ele almak için proje takibi, sorun giderme yardımı ve Soru-Cevap oturumları sunuyoruz.

●Kapsamlı ek açıklama: Genleri tanımlanmış varyasyonlarla işlevsel olarak açıklamak ve ilgili zenginleştirme analizini gerçekleştirmek için birden fazla veritabanı kullanıyoruz ve birden fazla araştırma projesi hakkında bilgi veriyoruz.

Hizmet Özellikleri

Kütüphane

Sıralama stratejisi

Önerilen Veri Çıkışı

Hi-c sinyal çözünürlüğü

Hi-C Kütüphanesi

Illumina PE150

Kromatin döngüsü: 150x

Tad: 50x

Kromatin döngüsü: 10kb

TAD: 40KB

Hizmet Gereksinimleri

Örnek tipi	Gerekli Tutar
Hayvan dokusu	≥2g
Tam kan	≥2ml
Mantar	≥1g
Bitki- Genç Doku	1G/Aliquot, 2-4 alikotlar önerilir
Kültürlü Hücreler	≥1x10⁷

Öncesi: Tuide Akıllı Manyetik Bitki RNA Kiti

Sonraki: DNBSEQ önceden hazırlanmış kütüphaneler

Aşağıdaki analizi içerir:

● Ham Veri QC;

● Haritalama ve Hi-C Kütüphanesi QC: Geçerli etkileşim çiftleri ve etkileşim bozulma üsleri (IDE'ler);

● Genom çapında etkileşim profili oluşturma: CIS/trans analizi ve HI-C etkileşim haritası;

● A/B bölme dağılımının analizi;

● TAD'lerin ve kromatin döngülerinin tanımlanması;

● Örnekler arasında 3D kromatin yapısı elemanları ve ilişkili genlerin karşılık gelen fonksiyonel eklemleri üzerinde diferansiyel analiz.

CIS ve trans orantılı dağılımı

Numuneler arasındaki kromozomal etkileşimlerin ısı haritası

A/B bölmelerinin genom çapında dağılımı

Kromatin döngülerinin genom çapında dağılımı

Tad'lerin görselleştirilmesi

BMKGene'nin Hi-C Sekanslama Hizmetleri tarafından yapılan araştırma gelişmelerini, küratörlü bir yayın koleksiyonu aracılığıyla keşfedin.

Meng, T. ve ark. (2021) 'Karşılaştırmalı bir entegre çoklu analizi, CA2'yi Chordoma için yeni bir hedef olarak tanımlar',Nöro-onkoloji, 23 (10), s. 1709-1722. doi: 10.1093/neuonc/noab156.

Xu, L. ve ark. (2021) '3D, entegre Hi-C, nanopore ve RNA dizilimi ile NAFLD'nin patogenezine ilişkin bilgiler sağlar',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11 (10), s. 3150-3164. doi: 10.1016/j.apsb.2021.03.022.