De novo Mantar Genom Düzeneği
BMKGENE, mantar genomları için çeşitli araştırma ihtiyaçlarını ve istenen genom bütünlüğünü karşılayan çok yönlü çözümler sunar. Kısa okumalı Illumina dizilimini tek başına kullanmak, bir taslak genomun oluşturulmasına olanak tanır. Nanopore veya Pacbio kullanılarak yapılan kısa okumalar ve uzun okumalı sıralama, daha uzun kontiglere sahip daha rafine bir mantar genomu için birleştirilir. Dahası, Hi-C dizilimini entegre etmek, yetenekleri daha da geliştirerek tam bir kromozom düzeyinde genomun elde edilmesini sağlar.
Hizmet Özellikleri
İstenilen genom bütünlüğü derecesine bağlı olarak seçilebilecek üç olası seçenek vardır:
● Taslak Genom Seçeneği: Illumina NovaSeq PE150 ile kısa okumalı sıralama.
● İnce Mantar Genom Seçeneği:
Genom Araştırması: Illumina NovaSeq PE150.
Genom Düzeneği: PacBio Revio (HiFi okur) veya Nanopore PromethION 48.
● Kromozom düzeyindeki Mantar Genomu:
Genom Araştırması: Illumina NovaSeq PE150.
Genom Düzeneği: PacBio Revio (HiFi okur) veya Nanopore PromethION 48.
Hi-C düzeneği ile Contig ankrajı.
Hizmet Avantajları
●Çoklu Sıralama Stratejileri Mevcuttur: Farklı araştırma hedefleri ve genom bütünlüğü gereksinimleri için
●Biyoinformatik İş Akışını Tamamlayın:Bu, genom birleştirmeyi ve çoklu genomik elemanların tahminini, fonksiyonel gen açıklamasını ve bitişik sabitlemeyi içerir.
●Kapsamlı Uzmanlık: Bir araya getirilen 12.000'den fazla mikrobiyal genomla, on yıldan fazla deneyim, yüksek vasıflı bir analiz ekibi, kapsamlı içerik ve mükemmel satış sonrası destek sunuyoruz.
●Satış Sonrası Destek:Taahhüdümüz, 3 aylık satış sonrası hizmet süresiyle projenin tamamlanmasının ötesine uzanır. Bu süre zarfında, sonuçlarla ilgili her türlü soruyu yanıtlamak için proje takibi, sorun giderme yardımı ve Soru-Cevap oturumları sunuyoruz.
Hizmet Özellikleri
| Hizmet | Sıralama Stratejisi | Kalite Kontrol |
| Taslak Genom | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| İnce Genom | Genom araştırması: Illumina PE150 50 x Montaj: PacBio HiFi 30x veya Nanopore 100x | devam N50 ≥1Mb（Pacbio Tek Hücreli） sürekli N50 ≥2Mb（ONT Tek Hücreli） devam N50 ≥500kb(Diğerleri) |
| Kromozom düzeyindeki genom | Genom araştırması: Illumina PE150 50 x Montaj: PacBio HiFi 30x veya Nanopore 100x Hi-C Düzeneği 100x | Bitişik ankraj oranı>%90
|
Hizmet Gereksinimleri
| Konsantrasyon (ng/μL) | Toplam miktar (μg) | Hacim (μL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1,6 |
| Nanogözenek | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Tek Hücreli Mantar: ≥3,5x1010 hücreler
Makro Mantar: ≥10 g
Hizmet İş Akışı
Numune teslimatı
Kütüphane inşaatı
Sıralama
Veri analizi
Satış sonrası hizmetler
Aşağıdaki Analizi İçerir:
Genom Araştırması:
- Veri kalitesi kontrolünün sıralanması
- Genom tahmini: büyüklük, heterozigotluk, tekrarlayan elementler
İnce Genom Düzeneği:
- Veri Kalitesi Kontrolünü Sıralama
- De novoToplantı
- Genom Bileşen Analizi: CDS ve çoklu genomik elementlerin tahmini
- Çoklu genel veritabanları (GO, KEGG, vb.) ve gelişmiş veritabanları (CARD, VFDB, vb.) ile işlevsel açıklama
Hi-C Montajı:
- Hi-C Kütüphane Değerlendirmesi.
- Kümelemeyi, sıralamayı ve yönlendirmeyi sabitleyen contig'ler
- HI-C Düzeneğinin Değerlendirilmesi: Referans genom ve ısı haritasına dayalı
Genom araştırması: k-mer dağılımı
Genom birleşimi: gen homolog açıklaması (NR veritabanı)
Genom birleşimi: fonksiyonel gen açıklaması (GO)
BMKGene'nin mantar genomu derleme hizmetlerinin sağladığı ilerlemeleri, seçilmiş bir yayın koleksiyonu aracılığıyla keşfedin.
Hao, J. ve ark. (2023) 'Şifalı mantar Inonotus obliquus'un su altı koşulları altında entegre omik profilinin çıkarılması',BMC Genomik, 24(1), s. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/ŞEKİLLER/3.
Lu, L. ve diğerleri. (2023) 'Genom dizilimi, buğdaydaki keskin göz lekesi patojeni Rhizoctonia graveis'in evrimini ve patojenik mekanizmalarını ortaya koyuyor',Mahsul Dergisi, 11(2), s. 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. ve diğerleri. (2023) 'Çeşitli Çim Çimlerinde Dolar Lekesine Neden Olan Dört Clarireedia Türüne İlişkin Genom Kaynakları',Bitki Hastalığı, 107(3), s. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS ve diğerleri. (2023) 'Yenilebilir Mantar Grifola frondosa'da Dört Kutuplu Çiftleşme Sisteminin Genetik ve Moleküler Kanıtı',Mantar Dergisi, 9(10), s. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
