Ökaryotik mRNA analizi (referans tabanlı ve de novo seçenekleri mevcuttur)
Bu boru hattı, NGS RNA-seq verilerini girdi olarak kullanır ve aşağıdakiler dahil ancak bunlarla sınırlı olmamak üzere çoklu akış aşağı analizlerinden sonuçlar üretir: Veri Kalitesi Değerlendirmesi, Sekanslama,De NovoTranskripsiyon bölgesi ek açıklama, değişken ekleme analizi, diferansiyel ifade analizi, fonksiyon eklemi ve zenginleştirme analizi.
Uzun kodlayıcı olmayan RNA analizi
Uzun kodlayıcı olmayan RNA'lar (LNCRNA), 200 NT'den daha uzun uzunluklara sahip ve kromatin organizasyonu ve düzenlemesinde rol oynadığı bilinen kodlayıcı olmayan transkriptlerdir. Yüksek verimli sekanslama teknolojileri ve biyoinformatik, lncRNA dizilerini ve lncrNA'ları önemli düzenleyici fonksiyonlarla tanımlamak için konumlandırma bilgilerimizi güçlendirmiştir. Bu boru hattı, ökaryotik mRNA analiz boru hattında belirtilen analizlere ek olarak lncRNA analizi sağlar.
16S/18S/Amplicon Sıralama
Amplicon Sıralama Mikrobiyal Çeşitlilik Analizi Boru Hattı, Mikrobiyal Çeşitlilik Proje Analizinde Yıllarca Deneyime Göre Geliştirilmiştir. Boru hattı, mevcut mikrobiyal araştırmaların ve kişiselleştirilmiş analizin ana akım analiz içeriğini kapsayan standart temel analiz içerir. Analiz raporu, çeşitli kişisel analizler yapma seçeneği ile zengin ve kapsamlıdır. Ek olarak, örnekler ve gruplar ek özelleştirme ve kontrol için anında değiştirilebilir.
Av tüfeği metagenomik analizi
Av tüfeği metagenomik analiz boru hattı, çevresel örneklerden çıkarılan karışık genomik malzemelerden NGS verilerini kullanır. Dahil edilen analizler, tür çeşitliliği ve bolluğu, popülasyon yapısı, filogenetik ilişki, fonksiyonel genler ve çevresel faktörlerle korelasyon ağları hakkında ayrıntılı bilgi sağlar.
NGS-WGS varyant analizi
NGS-WGS varyant analizi, veri kalitesi kontrolü, dizi hizalaması, ek açıklama ve gen mutasyon analizi gerçekleştiren entegre bir varyant algılama boru hattıdır. Boru hattı, SNP ve indel algılama için GATK en iyi uygulamalarını takip eder ve yapısal varyant çağrısı için manta kullanır.
Genom Geniş Dernek Çalışması (GWAS)
GWAS boru hattı, daha önce oluşturulan VCF dosyalarını ve birey kohortu için girdi olarak karşılık gelen fenotip verilerini alan bir aşağı akış analizdir. Spesifik istatistiksel metodolojileri kullanarak GWAS, fenotipik farklılıklarla ilişkili genom çapında nükleotit varyasyonlarını ortaya çıkarmayı amaçlamaktadır. Bitkiler ve hayvanlarda karmaşık insan hastalıkları ve karmaşık özelliklerle ilişkili fonksiyonel genleri keşfetmede önemli bir rol oynar.
Toplu Ayrışma Analizi (BSA)
BSA analizi, ayrılan bir popülasyondan aşırı fenotipik özelliklere sahip bireylerin birikmesini içerir. Havuzlanmış numuneler arasındaki diferansiyel lokusları karşılaştırarak, bu yaklaşım hedef genlerle ilişkili yakından bağlantılı moleküler belirteçleri hızla tanımlar. Bitkilerin ve hayvanların genetik haritalamasında yaygın olarak kullanılan, marker destekli üreme için değerli bir araçtır.
Evrimsel genetik analizi
Evrimsel genetik analizi iş akışı, BMKGene'nin genetik evrim projelerinde kapsamlı deneyiminden yararlanır ve filogenetik ağaç yapımı, bağlantı dengesizliği analizi, genetik çeşitlilik değerlendirmesi, seçici tarama tanımlama, akrabalık analizi, temel bileşen analizi ve popülasyon yapısı karakterizasyonunu içerir.
