Platform | Kütüphane boyutu | Teorik veri verimi (hücre başına) | Tek tabanlı doğruluk | Başvuru |
Nanopore | 8KB, 10KB, 20KB, Ultralong, CDNA-PCR | 70-90GB/hücre | % 85-92 | SV Calling, De Novo, tam uzunlukta sekanslama, ISO-seq, gen ek açıklaması, DNA metilasyonunun tespiti |
● Çeşitli türlerle binlerce kapalı proje ile Pacbio Sıralama Platformunda 5 yılı aşkın deneyim.
● BMKGene, çift platform RNA/DNA sertifikası ile Oxford Nanopore'un resmi bir ortağıdır.
● Tam ekipman ve yeterli sekanslama verimi olan ana sıralama modelleri vardır.
● Nanopore platformuna dayanarak, uluslararası ünlü dergilerde 10'dan fazla hayvan ve bitki denovo araştırması yayınlanmıştır.
Örnek tipi | Miktar | Konsantrasyon (Quit®) | Hacim | Saflık | Diğerleri |
Genomik DNA | Veri gereksinimine bağlı | ≥20ng/μl | ≥15μl | OD260/280 = 1.7-2.2; OD260/230≥1.5 ; 260 nm'de net zirve , kontaminasyon yok | Konsantrasyonun kubit ve kubit/nanopore ile ölçülmesi gerekir ≤ 2 |
Toplam RNA | ≥1.2μg | ≥100μg/μl | ≥15μl | OD260/280 = 1.7-2.5; OD260/230 = 0.5-2.5 ; kontaminasyon yok | Rin değeri ≥7.5 |
DNA örneğinin veri kalitesi değerlendirmesi
Tablo 1. Temiz verilerle ilgili istatistikler.
Bmkid | rawseqnum | çiğsumbaz | cleanseqnum | temizlik | Cleann50Len | Cleann90Len | Cleanmeanlen | CleanMaxlen | CleanMeanqual |
DNA_BMK01 | 1.218.239 | 26.37 | 1.121.736 | 25.90 | 28.014 | 15.764 | 23.090 | 143,181 | 9 |
RNA örneğinin veri kalitesi değerlendirmesi
Tablo 1. Temiz verilerle ilgili istatistikler.
Dosya adı | Müşteri Kirası | Okuma | Sazlık | N50 | Ortalama uzunluk | Maksimum uzunluk | Meanqscore |
RNA_BMK001 | C2 | 8,947,708 | 4.047,230,083 | 398 | 452 | 129.227 | Çeyrek |
Şekil 1. Uzunluk dağılımını okuma
Şekil 2. Temiz verilerin kalite puanı dağılımı
Şekil 3. Temiz verilerin uzunluğu ve kalite puanı dağılımı