DNA/RNA Sıralama -Pacbio Sıralayıcı
Özellikler
Pacbio sıralayıcısında iki sekanslama modu: sürekli uzun okuma (CLR) ve dairesel konsensüs okuma (CCS)
| Sıralama modu | Kütüphane boyutu | Teorik VerilerVerim (hücre başına) | Tek tabanlıKesinlik | Başvuru |
| CLR | 20KB, 30KB, vb. | 80 GB ila 130 GB | Yaklaşık. % 85 | De Novo, SV arama, vb. |
| CCS | 15-20 KB | 14 ila 40 GB/hücre (devam filmi II) 70 ila 110 GB/Hücre (Revio) Örneklere bağlıdır | Yaklaşık. % 99 | De Novo, SNP/Indel/SV Arama, ISO-seq, |
Revio ve devam filminin performans ve özelliklerinin karşılaştırılması
| Şartlar | Sequel II Sistemi | Revio sistemi | Arttırmak |
| Daha yüksek yoğunluk | 8 milyon zmws | 25 milyon zmws | 3x |
| Bağımsız Aşamalar | 1 | 4 | 4x |
| Kısa çalışma süreleri | 30 saat | 24 saat | 1.25x |
| 30x HIFI İnsan Genomları / Yıl | 88 | 1.300 | 1Genel 5x |
Hizmet Avantajları
● Çeşitli türlerle binlerce kapalı proje ile Pacbio Sıralama Platformunda 8 yılı aşkın deneyim.
● En son Pacbio Sıralama Platformları, Yeterli Sekanslama Verimini Garantilerek Revio ile tam olarak donatılmıştır.
● Daha hızlı dönüş süresi, daha yüksek veri verimi ve daha doğru veriler.
● Yüzlerce yüksek etkili Pacbio tabanlı yayınlara katkıda bulundu.
Örnek gereksinimleri
| Örnek tipi | Miktar | Konsantrasyon （Quit®） | Hacim | Saflık | Diğerleri |
| Genomik DNA | Veri gereksinimine bağlı | ≥50 ng/μl | ≥15μl | OD260/280 = 1.7-2.2; OD260/230 = 1.8-2.5 ； 260 nm'de net zirveKirletme yok | Konsantrasyonun kubit ve kubit/nanopore ile ölçülmesi gerekir = 0.8-2.5 |
| Toplam RNA | ≥1.2μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | OD260/280 = 1.7-2.5; OD260/230 = 0.5-2.5 ；Kirletme yok | Rin değeri ≥7.5 5≥28s/18S≥1 |
Hizmet İş Akışı
Örnek Hazırlık
Kütüphane İnşaatı
Sıralama
Veri analizi
Proje teslimatı
1. Veri Veriminde
63 CCS hücresinden üretilen veriler (26 türden)
| VERİ-Pacbio-CCS-15 KB | Ortalama | Maksimum | Min | Medyan |
| Verim - Subeads (GB) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| YADLE - CCS (GB) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| Polimeraz N50 | 145.651 | 175.430 | 118,118 | 144.689 |
| N50'yi alt okurlar | 17.509 | 23.924 | 12.485 | 17.584 |
| CCS N50 | 14.490 | 19.034 | 9.876 | 14.747 |
| Ortalama uzunluk-polimeraz | 67.995 | 89.379 | 49.664 | 66.433 |
| Ortalama uzunlukta çizimler | 15.866 | 21.036 | 11.657 | 16.012 |
| Ortalama uzunluk-CCS | 14.489 | 19.074 | 8.575 | 14.655 |
16 CLR hücresinden üretilen veriler (76 türden)
| Data-Pacbio-Clr-30KB | Ortalama | Maksimum | Min | Medyan |
| Verim - Subeads (GB) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| Polimeraz N50 | 39.456 | 121.191 | 15.389 | 35.231 |
| N50'yi alt okurlar | 28.490 | 41.012 | 14.430 | 29.063 |
| Ortalama uzunluk-polimeraz | 22.063 | 48.886 | 8.747 | 21.555 |
| Ortalama uzunlukta çizimler | 17.720 | 27.225 | 8.293 | 17.779 |
2.Data QC - DemoVeri Verimi İstatistikleri
| Örnek | CCS NUM'u okur | Toplam CCS tabanları (BP) | CCS N50 (BP) okur | CCS ortalama uzunluk (BP) | CCS En Uzun Okuma (BP) | Subeads Todes (BP) | CCS oranı (%) |
| PB_BMKXXX | 3.444.159 | 54.164,122,586 | 15.728 | 15.726 | 36.110 | 863.326,330,465 | 6.27 |
