Tam uzunlukta mRNA Sıralama -Pacbio
Özellikler
● Poli-A mRNA'dan cDNA sentezi ve ardından kütüphane hazırlığı
● CCS modunda sıralama, HIFI okumaları üreten
● Tam uzunlukta transkriptlerin sıralaması
● Analiz bir referans genomu gerektirmez; Ancak, kullanılabilir
● Biyoinformatik analiz, lncRNA, gen füzyonları, poli-adenilasyon ve gen yapısı transkriptlerinin analizini sağlar
Hizmet Avantajları
●Yüksek doğruluk: HIFI doğrulukla okur>% 99.9 (Q30), NGS ile karşılaştırılabilir
● Alternatif ekleme analizi: Tüm transkriptlerin sıralaması, izoform tanımlama ve karakterizasyonu sağlar
●Kapsamlı uzmanlık: 1100'den fazla PACBIO tam uzunlukta transkriptom projesini tamamlama ve 2300'den fazla örneği işlemenin bir geçmişi ile ekibimiz her projeye zengin bir deneyim getiriyor.
●Satış Sonrası Destek: Taahhüdümüz, 3 aylık satış sonrası hizmet dönemi ile projenin tamamlanmasının ötesine uzanmaktadır. Bu süre zarfında, sonuçlarla ilgili soruları ele almak için proje takibi, sorun giderme yardımı ve Soru-Cevap oturumları sunuyoruz.
Örnek gereksinimleri ve teslimat
| Kütüphane | Sıralama stratejisi | Veriler önerilir | Kalite kontrolü |
| Polia Zenginleştirilmiş MRNA CCS Kütüphanesi | Pacbio Sequel II Pacbio Revio | 20/40 GB 5/10 M CCS | S30% 85 |
Örnek gereksinimleri:
Nükleotidler:
● Bitkiler:
Kök, gövde veya taç yaprağı: 450 mg
Yaprak veya tohum: 300 mg
Meyve: 1.2 g
● Hayvan:
Kalp veya bağırsak: 300 mg
Vissera veya Beyin: 240 mg
Kas: 450 mg
Kemikler, Saç veya Cilt: 1G
● Eklembacaklılar:
Böcekler: 6g
Kabuklua: 300 mg
● Tam kan: 1 tüp
● Hücreler: 106 hücre
| Conc. (Ng/μl) | Miktar (μg) | Saflık | Bütünlük |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Jel üzerinde gösterilen protein veya DNA kontaminasyonu sınırlı veya yok. | Bitkiler için: Rin≥7.5; Hayvanlar için: Rin≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; Sınırlı veya taban çizgisi yüksekliği yok |
Önerilen Örnek Teslimat
Konteyner: 2 mL santrifüj tüpü (kalay folyo önerilmez)
Örnek etiketleme: grup+replikasyon EG A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Gönderi:
1. Kuru buz: Numunelerin torbalarla paketlenmesi ve kuru buzda gömülmesi gerekir.
2. RNastable Tüpler: RNA numuneleri RNA stabilizasyon tüpünde (örn. RNastable®) kurutulabilir ve oda sıcaklığında gönderilebilir.
Servis İş Akışı
Deney tasarımı
Örnek Teslimat
RNA ekstraksiyonu
Kütüphane İnşaatı
Sıralama
Veri analizi
Satış Sonrası Hizmetler
Aşağıdaki analizi içerir:
● ham veri kalitesi kontrolü
● Alternatif poliadenilasyon analizi (APA)
● Füzyon Transkript Analizi
● Alternatif ekleme analizi
● Karşılaştırma Evrensel Tek Kopyalı Orthologlar (Busco) Analizi
● Yeni transkript analizi: kodlama dizilerinin (CD'lerin) tahmini ve fonksiyonel ek açıklama
● LNCRNA Analizi: LncRNA ve Hedeflerin Tahmini
● Mikrosatelit tanımlama (SSR)
Busco analizi
Alternatif Ekleme Analizi
Alternatif Poliadenilasyon Analizi (APA)
Yeni transkriptlerin fonksiyonel ek açıklaması
Bu öne çıkan yayında BMKGene'nin nanopore tam uzunlukta mRNA sıralama hizmetleri tarafından kolaylaştırılan gelişmeleri keşfedin.
Ma, Y. ve ark. (2023) 'Nemopilema nomurai zehir tanımlaması için Pacbio ve ONT RNA sekanslama yöntemlerinin karşılaştırmalı analizi', Genomics, 115 (6), s. 110709. Doi: 10.1016/j.ygeno.2023.110709.
Chao, Q. ve ark. (2019) 'Populus kök transkriptomunun gelişim dinamikleri', Bitki Biyoteknoloji Dergisi, 17 (1), s. 206-219. doi: 10.1111/pbi.12958.
Deng, H. ve ark. (2022) 'Actinidia latifolia (askorbat açısından zengin bir meyve mahsulünün) ve ilişkili moleküler mekanizmaların meyve gelişimi ve olgunlaşması sırasında askorbik asit içeriğinde dinamik değişiklikler', Uluslararası Moleküler Bilimler Dergisi, 23 (10), s. 5808. Doi: 10.3390/ijms23105808/s1.
Hua, X. ve ark. (2022) 'Paris Polyphylla'daki biyoaktif polifilinlerde yer alan biyosentetik yol genlerinin etkili tahmini', İletişim Biyolojisi 2022 5: 1, 5 (1), s. 1-10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. ve ark. (2023) 'Tuta Absoluta (Meyrick) transkriptom ve sitokrom P450 genlerinin kombine Pacbio Iso-seq ve Illumina RNA-seq analizi', Böcekler, 14 (4), s. 363. Doi: 10.3390/böcekler14040363/s1.
Wang, Lijun ve ark. (2019) 'Ricinus communis'de ricinoleik asit biyosentezinin daha iyi anlaşılması için Illumina RNA dizilimi ile birlikte Pacbio tek moleküllü gerçek zamanlı analiz kullanılarak transkriptom karmaşıklığı araştırması', BMC genomikleri, 20 (1), s. 1-17. doi: 10.1186/s12864-019-5832-9.
