Toplu Segregant Analizi
Hizmet Avantajları
Takagi ve diğerleri, Plant Journal, 2013
● Doğru lokalizasyon: Arka plan gürültüsünü en aza indirmek için bukleri 30+30 ila 200+200 kişi ile karıştırma; Sinimsiz mutatantlar temelli aday bölge tahmini.
● Kapsamlı analiz: NR, Swissprot, Go, Kegg, Cog, Kog, vb.
● Daha hızlı geri dönüş süresi: 45 iş günü içinde hızlı gen lokalizasyonu.
● Kapsamlı deneyim: BMK, bitki, su ürünleri, orman, çiçek, meyve vb. Gibi çeşitli türleri kapsayan binlerce özelliğe katkıda bulunmuştur.
Hizmet Özellikleri
Nüfus:
Ebeveynlerin dölünün karşıt fenotiplerle ayrılması.
Örneğin F2 döl, geri çaprazlama (BC), rekombinant inbred çizgi (RIL)
Karıştırma havuzu
Nitel özellikler için: 30 ila 50 kişi (minimum 20)/toplu
Kantitatif Tratis için: tüm popülasyonda aşırı fenotipleri olan ilk% 5 ila% 10 bireyler (minimum 30+30).
Önerilen sıralama derinliği
En az 20x/ebeveyn ve 1x/yavru bireysel (örn. 30+30 bireysel yavru karıştırma havuzu için, sıralama derinliği toplu başına 30x olacaktır)
Biyoinformatik analizleri
● Bütün genom yeniden güçlendirme
● Veri işleme
● SNP/Indel Arama
● Aday Bölge Taraması
● Aday gen işlevi ek açıklama
Örnek gereksinimleri ve teslimat
Örnek gereksinimleri:
Nükleotidler:
| GDNA örneği | Doku örneği |
| Konsantrasyon: ≥30 ng/μl | Bitkiler: 1-2 G |
| Miktar: ≥2 μg (Volumn ≥15 μl) | Hayvanlar: 0.5-1 g |
| Saflık: OD260/280 = 1.6-2.5 | Tam kan: 1.5 ml |
Servis İş Akışı
Deney tasarımı
Örnek Teslimat
RNA ekstraksiyonu
Kütüphane İnşaatı
Sıralama
Veri analizi
Satış Sonrası Hizmetler
1. aday bölgeyi tanımlamak için Öklid mesafesi (ED) üzerine birlik analiz tabanı. Aşağıdaki şekilde
X ekseni: kromozom sayısı; Her nokta bir SNP'nin ED değerini temsil eder. Siyah çizgi, takılan ED değerine karşılık gelir. Daha yüksek bir ED değeri, site ve fenotip arasında daha önemli bir ilişkiyi gösterir. Kırmızı çizgi çizgisi, önemli ilişkinin eşiğini temsil eder.
2. SNP-index'e dayanan
X ekseni: kromozom sayısı; Her nokta SNP-endeks değerini temsil eder. Siyah çizgi, takılmış SNP-endeks değerini temsil eder. Değer ne kadar büyük olursa, ilişki o kadar önemli olur.
BMK davası
Major etkili kantitatif özellik lokusu FNL7.1, salatalıkta meyve boyun uzunluğu ile ilişkili geç embriyogenez bol proteini kodlar
Yayınlandı: Bitki Biyoteknoloji Dergisi, 2020
Sıralama Stratejisi:
Ebeveynler (JIN5-508, YN): 34 × ve 20 × için bütün genom yeniden güçlendirme.
DNA Havuzları (50 Uzun boyunlu ve 50 kısa boyunlu): 61 × ve 52 × için yeniden güçlendirme
Anahtar Sonuçlar
Bu çalışmada, ayrılan popülasyon (F2 ve F2: 3) uzun boyunlu salatalık çizgisi Jin5-508 ve kısa boyunlu yn geçerek üretildi. İki DNA havuzu 50 aşırı boyunlu kişi ve 50 aşırı boyunlu kişi tarafından inşa edildi. Major etkili QTL, BSA analizi ve geleneksel QTL haritalama ile CHR07'de tanımlandı. Aday bölgesi, boyun uzunluğu, CSFNL7.1 kontrolünde anahtar gen ortaya çıkaran ince haritalama, gen ekspresyon niceliği ve transgenik deneylerle daha da daraltılmıştır. Ek olarak, CSFNL7.1 promotör bölgesindeki polimorfizmin karşılık gelen ekspresyonla ilişkili olduğu bulunmuştur. Daha fazla filogenetik analiz, FNL7.1 lokusunun Hindistan'dan kaynaklanacağını düşündürmektedir.
 Salatalık boyun uzunluğu ile ilişkili aday bölgeyi tanımlamak için BSA analizinde QTL haritalama |  CHR07'de tanımlanan salatalık boyun boyu QTL'nin lome profilleri |
Xu, X., vd. “Major etkili kantitatif özellik lokusu FNL7.1, salatalıkta meyve boyun uzunluğu ile ilişkili geç bir embriyogenez bol proteini kodlar.” Bitki Biyoteknoloji Dergisi 18.7 (2020).
