BMKMANU S3000_Spatial Transkriptom
BMKMANU S3000 Mekansal Transkriptom Teknik Şeması
Özellikler
- Çözünürlük: 3,5 um
- Nokta çapı: 2,5 um
- nokta sayısı: yaklaşık 4 milyon
- 3 Olası yakalama alanı formatları: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm veya 15 mm * 20 mm
- Her barkodlu boncuk 4 bölümden oluşan primerlerle yüklenir:
• MRNA Hazırlama ve CDNA sentezi için poli (DT) kuyruğu,
• Amplifikasyon yanlılığını düzeltmek için benzersiz moleküler tanımlayıcı (UMI)
• Mekansal barkod
• Kısmi okuma 1 sekanslama astarının bağlanma dizisi
- H&E ve bölümlerin floresan boyaması
- Hücre segmentasyon teknolojisini kullanma imkanı: Her hücrenin sınırlarını belirlemek ve her hücreye gen ekspresyonunu doğru bir şekilde atamak için H&E boyama, floresan boyama ve RNA sekanslaması entegrasyonu. Hücre bölmesine dayalı olarak akış aşağı uzamsal profil oluşturma analizinin işlenmesi.
- Çok düzeyli çözünürlük analizi elde etmek mümkün: Optimal çözünürlükte çeşitli doku özelliklerini çözmek için 100um ila 3.5 UM arasında değişen esnek çok seviyeli analiz.
BMKMANU S3000'in avantajları
-Yakalama noktalarının 4 milyona ikiye katlanması: Hücre başına daha yüksek gen ve UMI tespitine yol açan 3,5 um'luk bir çözünürlük ile. Bu, transkripsiyonel profillere dayalı olarak hücrelerin kümelenmesi ile sonuçlanır ve doku yapısıyla eşleşen daha ince ayrıntılar.
- Hücre Alt Çözünürlük:Her yakalama alanı, 2.5 um çapında ve spot merkezleri arasında 5 um'lik bir aralığa sahip 2 milyon uzamsal barkodlu lekeler içeriyordu ve hücre altı çözünürlük (5 uM) ile uzamsal transkriptom analizini sağladı.
-Çok seviyeli çözünürlük analizi:Optimal çözünürlükte çeşitli doku özelliklerini çözmek için 100 μm ila 5 μm arasında değişen esnek çok seviyeli analiz.
-“Üç Bir Slayt” hücre segmentasyon teknolojisini kullanma imkanı:Floresan boyama, H&E boyaması ve tek bir slayt üzerinde RNA sekanslamasını birleştiren "Üç-One" analiz algoritmamız, sonraki hücre bazlı transkriptomikler için hücre sınırlarının tanımlanmasını güçlendirir.
-Çoklu sıralama platformlarıyla uyumlu: Hem NG'ler hem de uzun süreli sekanslama mevcuttur.
-1-8 aktif yakalama alanının esnek tasarımı: yakalama alanının boyutu esnektir, 3 formatın kullanılması mümkündür (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm ve 15 mm * 20 mm)
-Tek elden hizmet: Kriyo kesit, boyama, doku optimizasyonu, mekansal barkodlama, kütüphane hazırlama, sıralama ve biyoinformatik dahil olmak üzere tüm deneyim ve beceri tabanlı adımları entegre eder.
-Kapsamlı biyoinformatik ve sonuçların kullanıcı dostu görselleştirilmesi:Paket, hücre bölünmesini ve spot kümelenmeyi görselleştirmek ve özelleştirmek için ev içi geliştirilmiş yazılım kullanımı ile birlikte 29 analiz ve 100+ yüksek kaliteli rakam içerir.
-Özelleştirilmiş veri analizi ve görselleştirme: Farklı araştırma talepleri için kullanılabilir
-Yüksek vasıflı teknik ekip: 250'den fazla doku tipinde ve insan, fare, memeli, balık ve bitkiler dahil olmak üzere 100'den fazla türde deneyime sahip.
-Tüm projede gerçek zamanlı güncellemeler: deneysel ilerlemenin tam kontrolü ile.
-Tek hücreli mRNA dizilimi ile isteğe bağlı eklem analizi
Hizmet Özellikleri
| Örnek gereksinimleri | Kütüphane | Sıralama stratejisi | Veriler önerilir | Kalite kontrolü |
| Ekim gömülü kriyo örnekleri (Optimal Çap: Yaklaşık. 6 × 6 × 6 mm³) Örnek başına 2 blok 1 Deney için, yedekleme için 1 | S3000 cDNA kütüphanesi | Illumina PE150 | 100 mm başına 160K PE okumaları (250 GB) | Rin> 7 |
Örnek hazırlama rehberliği ve hizmet iş akışı hakkında daha fazla bilgi için lütfen birBMKGene Uzmanı
Servis İş Akışı
Numune hazırlama aşamasında, yüksek kaliteli bir RNA elde edilebilmesini sağlamak için bir başlangıç yığın RNA ekstraksiyon denemesi yapılır. Doku optimizasyon aşamasında bölümler boyanır ve görselleştirilir ve dokudan mRNA salınımı için geçirgenleştirme koşulları optimize edilir. Optimize edilmiş protokol daha sonra kütüphane yapımı sırasında uygulanır, ardından sekanslama ve veri analizi uygulanır.
Tam hizmet iş akışı, duyarlı bir geri bildirim döngüsünü korumak için gerçek zamanlı güncellemeleri ve istemci onaylarını içerir ve sorunsuz bir proje yürütülmesini sağlar.
BMKMANU S3000 tarafından üretilen veriler, BMKGene tarafından bağımsız olarak tasarlanan, bir hücre seviyesi ve çok seviyeli çözünürlük gen ekspresyon matrisi üreten “BSTMatrix” yazılımı kullanılarak analiz edilir. Oradan, veri kalitesi kontrolü, örnek iç analizi ve gruplar arası analiz içeren standart bir rapor oluşturulur.
- Veri kalitesi kontrolü:
- Veri çıkışı ve kalite puanı dağılımı
- Spot başına gen algılama
- Doku kapsamı
- İç örnek analizi:
- gen zenginliği
- Azaltılmış boyut analizi de dahil olmak üzere nokta kümelenmesi
- Kümeler Arasında Diferansiyel İfade Analizi: Marker genlerinin tanımlanması
- Marker genlerinin fonksiyonel ek açıklaması ve zenginleştirilmesi
- Gruplar arası analiz
-Her iki örnekten (örneğin hastalıklı ve kontrol) ve yeniden kümeden lekelerin yeniden bir araya getirilmesi
- Her küme için marker genlerinin tanımlanması
- Marker genlerinin fonksiyonel ek açıklaması ve zenginleştirilmesi
- Aynı kümenin gruplar arasındaki diferansiyel ifadesi
Ek olarak, BMKGene geliştirilen “BSTViewer”, kullanıcının gen ifadesini görselleştirmesini ve farklı çözünürlüklerde nokta kümelenmesini sağlayan kullanıcı dostu bir araçtır.
BMKGene, hassas tek hücreli çözünürlükte uzamsal profil oluşturma hizmetleri sunar (hücre kutusu veya 100um'dan 3.5um'a kadar çok seviyeli kare çöp kutusuna dayanır).
S3000 slayt üzerindeki doku kesitlerinden uzamsal profil oluşturma verileri aşağıda olduğu gibi iyi performans göstermiştir.
Vaka Çalışması 1: Fare Beyni
Bir fare beyin bölümünün S3000 ile analizi, hücre başına ~ 2000 gen ortalama sekanslama ile ~ 94 000 hücrenin tanımlanmasıyla sonuçlandı. 3.5 UM'nin iyileştirilmiş çözünürlüğü, transkripsiyonel paternlere dayanarak hücrelerin çok ayrıntılı bir kümelenmesiyle sonuçlandı ve hücre kümeleri beyin farklılaşmış yapıları taklit etti. Bu, neredeyse sadece gri ve beyaz maddede bulunan oligodendrositler ve mikroglia hücreleri olarak kümelenmiş hücrelerin dağılımının görselleştirilmesiyle kolayca gözlemlenir.
Vaka Çalışması 2: Fare Embriyo
Bir fare embriyo bölümünün S3000 ile analizi, hücre başına ~ 1600 gen ortalama sekanslama ile ~ 2200 000 hücrenin tanımlanmasıyla sonuçlandı. 3.5 UM'nin iyileştirilmiş çözünürlüğü, transkripsiyonel paternlere dayanan hücrelerin çok ayrıntılı bir kümelenmesiyle sonuçlandı, göz alanında 12 küme ve beyin alanında 28 küme.
İç-örnek analiz hücre kümelemesi:
Marker genlerinin tanımlanması ve mekansal dağılım:
-Daha yüksek alt hücre çözünürlük: S1000 slaytıyla karşılaştırıldığında, S3000'in her yakalama alanı, 2,5 um çapında ve spot merkezleri arasında 3.5 um mesafeye sahip 4 milyon uzamsal barkodlu nokta içeriyordu, daha yüksek alt hücreli çözünürlük ile uzamsal transkriptom analizi sağladı. (kare bin: 3,5 um).
- Daha yüksek yakalama verimliliği: S1000 slaytıyla karşılaştırıldığında, medyan_umi% 30'dan% 70'e yükselirken, medyan_gene% 30'dan% 60'a yükselir
S1000 çipinin şeması:
S3000 CHIP şeması:
