BMKMANU S1000 Uzaysal Transkriptom
BMKMANU S1000 Uzamsal Transkriptom Teknik Şeması
Özellikler
● Çözünürlük: 5 µM
● Nokta Çapı: 2,5 µM
● Nokta sayısı: yaklaşık 2 Milyon
● 3 olası yakalama alanı formatı: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm veya 15 mm * 20 mm
● Her barkodlu boncuk 4 bölümden oluşan primerlerle yüklenir:
mRNA hazırlama ve cDNA sentezi için poli(dT) kuyruğu
Amplifikasyon yanlılığını düzeltmek için Benzersiz Moleküler Tanımlayıcı (UMI)
Uzamsal barkod
Kısmi okuma 1 sıralama primerinin bağlanma dizisi
● Kesitlerin H&E ve floresan boyaması
● Kullanım imkanıhücre segmentasyon teknolojisi: Her hücrenin sınırlarını belirlemek ve her hücreye gen ifadesini doğru şekilde atamak için H&E boyama, floresan boyama ve RNA dizilemenin entegrasyonu.
BMKMANU S1000'in Avantajları
●Alt Hücre Çözünürlüğü: Her bir yakalama alanı, 2,5 µm çapında ve spot merkezleri arasında 5 µm aralıkta olan 2 milyonun üzerinde uzamsal Barkodlu Nokta içermekte olup, hücre içi çözünürlükle (5 µm) uzamsal transkriptom analizine olanak sağlamaktadır.
●Çok Seviyeli Çözünürlük Analizi:Çeşitli doku özelliklerini optimum çözünürlükte çözmek için 100 μm'den 5 μm'ye kadar esnek çok seviyeli analiz.
●“Üçü Bir Arada” Hücre Segmentasyon Teknolojisini Kullanma İmkanı:Floresan boyamayı, H&E boyamayı ve RNA dizilemeyi tek bir slaytta birleştiren "üçü bir arada" analiz algoritmamız, daha sonraki hücre bazlı transkriptomikler için hücre sınırlarının tanımlanmasını güçlendirir.
●Çoklu Sıralama Platformlarıyla Uyumlu: Hem NGS hem de uzun okumalı sıralama mevcuttur.
●1-8 Aktif Yakalama Alanının Esnek Tasarımı: Yakalama alanının boyutu esnektir, 3 formatın kullanılması mümkündür (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm ve 15 mm * 20 mm)
●Tek elden Hizmet: Kriyo kesit alma, boyama, doku optimizasyonu, mekansal barkodlama, kütüphane hazırlama, sıralama ve biyoinformatik dahil olmak üzere tüm deneyim ve beceriye dayalı adımları entegre eder.
●Kapsamlı Biyoenformatik ve Sonuçların Kullanıcı Dostu Görselleştirilmesi:Paket, hücre bölünmesini ve nokta kümelemeyi görselleştirmek ve özelleştirmek için şirket içi geliştirilen yazılımın kullanımıyla birlikte 29 analiz ve 100'den fazla yüksek kaliteli rakam içerir.
●Özelleştirilmiş Veri Analizi ve Görselleştirme: farklı araştırma talepleri için kullanılabilir
●Yüksek vasıflı Teknik Ekip: İnsan, fare, memeli, balık ve bitki dahil olmak üzere 250'den fazla doku türü ve 100'den fazla tür üzerinde deneyime sahibiz.
●Tüm Projede Gerçek Zamanlı Güncellemeler: deneysel ilerlemenin tam kontrolü ile.
●Tek Hücreli mRNA Sıralaması ile İsteğe Bağlı Ortak Analiz
Hizmet Özellikleri
|
Örnek Gereksinimler
| Kütüphane |
Sıralama stratejisi
| Önerilen veriler | Kalite Kontrol |
| OCT'ye gömülü kriyo örnekleri, örnek başına 3 blok | S1000 cDNA kütüphanesi | Illumina PE150 (diğer platformlar mevcuttur) | 100 uM başına 100.000 PE okuması (60-150 Gb) | RIN>7 |
Numune hazırlama kılavuzu ve hizmet iş akışı hakkında daha fazla ayrıntı için lütfen bir uzmanla konuşmaktan çekinmeyin.BMKGENE uzmanı
Hizmet İş Akışı
Numune hazırlama aşamasında, yüksek kaliteli bir RNA'nın elde edilebilmesini sağlamak için ilk toplu RNA ekstraksiyon denemesi gerçekleştirilir. Doku optimizasyonu aşamasında kesitler boyanır ve görselleştirilir ve dokudan mRNA salınımına yönelik geçirgenleştirme koşulları optimize edilir. Optimize edilmiş protokol daha sonra kütüphane inşaatı sırasında uygulanır, ardından sıralama ve veri analizi yapılır.
Hizmet iş akışının tamamı, duyarlı bir geri bildirim döngüsünü sürdürmek ve projenin sorunsuz yürütülmesini sağlamak için gerçek zamanlı güncellemeleri ve müşteri onaylarını içerir.
BMKMANU S1000 tarafından üretilen veriler, BMKGENE tarafından bağımsız olarak tasarlanan ve bir Gen İfade Matrisi oluşturan “BSTMatrix” yazılımı kullanılarak analiz edilir. Buradan veri kalitesi kontrolünü, iç örneklem analizini ve gruplar arası analizi içeren standart bir rapor oluşturulur.
● Veri Kalitesi Kontrolü:
Veri çıkışı ve kalite puanı dağılımı
Nokta başına gen tespiti
Doku kapsamı
● İç numune analizi:
Gen zenginliği
Azaltılmış boyut analizi dahil nokta kümeleme
Kümeler arasındaki diferansiyel ifade analizi: işaretleyici genlerin tanımlanması
İşaretleyici genlerin fonksiyonel açıklaması ve zenginleştirilmesi
● Gruplar arası analiz:
Her iki numuneden (örn. hastalıklı ve kontrol) noktaların yeniden birleştirilmesi ve yeniden kümelenmesi
Her küme için işaretleyici genlerin tanımlanması
İşaretleyici genlerin fonksiyonel açıklaması ve zenginleştirilmesi
Aynı kümenin gruplar arasında Diferansiyel İfadesi
Ek olarak, BMKGENE tarafından geliştirilen “BSTViewer”, kullanıcının gen ifadesini ve nokta kümelenmesini farklı çözünürlüklerde görselleştirmesini sağlayan kullanıcı dostu bir araçtır.
BMKGene kullanıcı dostu görselleştirme için yazılım geliştirdi
Çok düzeyli çözünürlükte BSTViewer nokta kümelemesi
BSTCellViewer: otomatik ve manuel hücre bölme
İç Örnek Analizi
Nokta kümeleme:
İşaretleyici genlerin tanımlanması ve mekansal dağılımı:
Gruplararası Analiz
Her iki gruptan veri kombinasyonu ve yeniden kümeleme:
Yeni kümelerin işaretleyici genleri:
Bu öne çıkan yayında BMKGene'nin uzamsal transkriptomik hizmetlerinin BMKManu S1000 teknolojisiyle kolaylaştırdığı gelişmeleri keşfedin:
Song, X. ve ark. (2023) 'Uzaysal transkriptomikler, domates kallusunda sürgün rejenerasyonunu teşvik eden ışık kaynaklı klorenkima hücrelerini ortaya koyuyor',Amerika Birleşik Devletleri Ulusal Bilimler Akademisi Bildirileri, 120(38), s. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Sen, Y. ve ark. (2023) 'Sıralamaya dayalı uzaysal transkriptomik yöntemlerin sistematik karşılaştırması',bioRxiv, P. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
