De novo Bakteriyel Genom Düzeneği
0 boşluk garantisi veren eksiksiz bir bakteriyel genom birleştirme hizmeti sunuyoruz. Bu, montaj için Nanopore ve PacBio gibi uzun okuma sıralama teknolojilerinin ve ONT okumalarının montaj doğrulaması ve hata düzeltmesi için Illumina ile kısa okuma sıralamasının entegre edilmesiyle mümkündür. Hizmetimiz, belirli araştırma hedeflerini yerine getiren montaj, işlevsel açıklama ve gelişmiş biyoinformatik analizden biyoenformatik iş akışının tamamını sağlar. Bu hizmet, çeşitli genetik ve genomik çalışmalar için hassas referans genomlarının geliştirilmesine olanak sağlar. Ek olarak, tür optimizasyonu, genetik mühendisliği ve mikrobiyal teknoloji geliştirme gibi uygulamaların temelini oluşturarak bilimsel içgörülerin ve biyoteknolojik yeniliklerin ilerletilmesi için hayati öneme sahip güvenilir ve boşluksuz genomik veriler sağlar.
Hizmet Özellikleri
● İstenilen genom bütünlüğü derecesine bağlı olarak seçim yapılabilecek iki olası seçenek.
● Taslak Genom Seçeneği: Illumina NovaSeq PE150 ile kısa okumalı sıralama.
● 0 boşluk genomunu tamamlayın.
● Genom birleşimi için Nanopore PromethION 48 veya PacBio Revio'da uzun süre okunan sıralama.
● Genom doğrulama ve hata düzeltme (Nanopore) veya taslak genom oluşturmak için Illumina NovaSeq'te kısa okuma dizilimi.
Hizmet Avantajları
●Sıfır Boşluk Genomu Garantili: Bunun nedeni Illumina sıralamasının uzun okuma sıralamasıyla (Nanopore veya PacBio) entegrasyonudur.
●Biyoinformatik İş Akışını Tamamlayın:Bu, genom birleştirmeyi ve çoklu genomik elemanların tahminini, fonksiyonel gen açıklamasını ve Circos grafiği gibi genom görselleştirmelerini içerir.
●Kapsamlı Uzmanlık: 20.000'den fazla mikrobiyal genomun bir araya getirildiği BMKGENE, on yıldan fazla deneyim, yüksek vasıflı bir analiz ekibi, kapsamlı içerik ve mükemmel satış sonrası destek sunar.
●Satış Sonrası Destek:Taahhüdümüz, 3 aylık satış sonrası hizmet süresiyle projenin tamamlanmasının ötesine uzanır. Bu süre zarfında, sonuçlarla ilgili her türlü soruyu yanıtlamak için proje takibi, sorun giderme yardımı ve Soru-Cevap oturumları sunuyoruz.
●Çoklu Sıralama Stratejileri Mevcuttur:Farklı araştırma hedefleri ve genom bütünlüğü gereksinimleri için.
Hizmet Özellikleri
| Hizmet | Sıralama Stratejisi |
| Taslak Genom | Illumina PE150 100x |
| 0 Boşluk Genomu | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (isteğe bağlı) |
Örnek Gereksinimler:
| Konsantrasyon (ng/μL) | Toplam miktar (μg) | Hacim (μL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1,0 |
| Nanogözenek | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Bakteriler: ≥3,5x1010 hücreler
Hizmet İş Akışı
Numune teslimatı
Kütüphane inşaatı
Sıralama
Veri analizi
Satış sonrası hizmetler
Aşağıdaki Analizi İçerir:
● Veri Kalitesi Kontrolünün Sıralanması
● Genom Düzeneği
● Genom Bileşen Analizi: CDS'nin ve çoklu genomik elemanların tahmini
● Çoklu genel veritabanları (GO, KEGG, vb.) ve gelişmiş veritabanları (CARD, VFDB, vb.) ile işlevsel açıklamalar
● Genom Görselleştirme
Genomu kolayca erişilebilen bir fasta formatında ve genom açıklama dosyasında (gff) sağlıyoruz.
Gen açıklaması – GO
Gen açıklaması – CAZY karbonhidratlar
Genom görselleştirmesi – Circos grafiği
BMKGene'nin bakteriyel genom birleştirme hizmetlerinin sağladığı ilerlemeleri, seçilmiş bir yayın koleksiyonu aracılığıyla keşfedin.
Dai, W. ve ark. (2023) 'Sağlıklı İnsan Kolonundan Ülseratif Kolitin Tedavisinde Güvenli ve Yeni Bir Probiyotik Bakteri Olarak Bacteroides üniforma F18-22'nin Keşfi',Uluslararası Moleküler Bilimler Dergisi, 24(19), s. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. ve diğerleri. (2021) 'Çin'deki yaban hayatından blaOXA-1 ve blaNDM-1 taşıyan çoklu ilaca dirençli Proteus mirabilis izolatları: artan halk sağlığı riski',Bütünleştirici Zooloji, 16(6), s. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT ve ark. (2017) 'Endofit Bacillus flexus KLBMP 4941'in tam genom dizisi, bitki büyümesini destekleme mekanizmasını ve tuz toleransının genetik temelini ortaya koyuyor',Biyoteknoloji Dergisi, 260, s. 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. ve ark. (2021) 'Klebsiella'nın Çoklu Replikon Direnci Plazmitleri Antimikrobiyal Genlerin Kapsamlı Yayılmasına Aracılık Ediyor',Mikrobiyolojide Sınırlar, 12, s. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
