Amplikon Sıralaması(16S/18S/ITS)

Illumina ile Amplikon (16S/18S/ITS) dizilimi, dizilerine göre mikrobiyal profilleri tanımlayarak ve ardından her bir örnek içindeki ve örnekler arasındaki topluluk zenginliğini ve çeşitliliğini çözmeye çalışarak mikrobiyal çeşitliliği analiz etmeye yönelik bir yöntemdir. BMKCloud Amplicon (NGS) boru hattı 16S, 18S, ITS ve çoklu fonksiyonel genlerin analizine olanak tanır. Okuma kırpma, eşleştirilmiş uç okuma derlemesi ve kalite değerlendirmesiyle başlar, ardından altı farklı analiz bölümünde kullanılan Operasyonel Taksonomik Birimleri (OTU'lar) oluşturmak için benzer okumaların kümelenmesi gelir. Taksonomik açıklama, her örneğin göreceli bolluğu ve bileşimi hakkında bilgi sağlarken, alfa ve beta çeşitlilik analizleri sırasıyla örnekler içindeki ve arasındaki mikrobiyal çeşitliliğe odaklanır. Gruplar arasındaki diferansiyel analiz, hem parametrik hem de parametrik olmayan testler kullanılarak farklılık gösteren OTU'ları bulurken, korelasyon analizi bu farklılıkları çevresel faktörlerle ilişkilendirir. Son olarak, işlevsel gen bolluğu, işaretleyici gen bolluğuna dayalı olarak tahmin edilir ve her örnekte işlev ve ekoloji hakkında bilgi sağlanır.