16S/18S/ITS Amplikon Sıralaması-PacBio
Hizmet Özellikleri
● Sıralama platformu: PacBio Revio
● Sıralama modu: CCS (HiFi okumaları)
● HiFi SMRT çan kütüphanesinin hazırlanmasından önce hedef bölgenin amplikonunun amplikonların tandem bağlantısı ile amplikasyonu
Hizmet Avantajları
●Daha yüksek taksonomik çözünürlük: Than kısa amplikon dizilimi,tür düzeyinde daha yüksek OTU sınıflandırma oranlarına olanak tanır.
●Son derece hassas baz araması: PacBio CCS modu sıralaması (HiFi okumaları).
●İzolasyonsuz: Çevresel numunelerdeki mikrobiyal kompozisyonun hızlı tanımlanması.
●Yaygın olarak uygulanabilir: Çeşitli mikrobiyal topluluk çalışmaları.
●Kapsamlı biyoinformatik analiz: Veritabanı, açıklama, OTU/ASV açısından çeşitli analizler içeren en son QIIME2 paketi (mikrobiyal ekolojiye ilişkin niceliksel bilgi).
●Kapsamlı Uzmanlık: Her yıl gerçekleştirilen binlerce amplikon dizileme projesiyle BMKGENE, on yıldan fazla deneyim, yüksek vasıflı bir analiz ekibi, kapsamlı içerik ve mükemmel satış sonrası destek sunar.
Hizmet Özellikleri
| Kütüphane | Sıralama Stratejisi | Önerilen veriler |
| Amplikon | PacBio Revio | 10/30/50K etiketler (CCS) |
Örnek Gereksinimler
| Konsantrasyon (ng/μL) | Toplam miktar (μg) | Hacim (μL) |
| ≥5 | ≥0,3 | ≥20 |
Önerilen Numune Teslimatı
Numuneleri 3-4 saat boyunca sıvı nitrojende dondurun ve uzun süreli rezervasyon için sıvı nitrojende veya -80 derecede saklayın. Kuru buzla numune gönderimi gereklidir.
Hizmet İş Akışı
Numune teslimatı
Kütüphane inşaatı
Sıralama
Veri analizi
Satış sonrası hizmetler
Aşağıdaki analizi içerir:
●Ham veri kalite kontrolü
●OTU kümeleme/Gürültü Giderme(ASV)
●OTU ek açıklaması
●Alfa çeşitlilik analizi: Shannon, Simpson ve ACE dahil çoklu indeksler.
●Beta çeşitlilik analizi
●Gruplar arası analiz
●Korelasyon analizi: çevresel faktörler ile OUT kompozisyonu ve çeşitliliği arasında
●16S fonksiyonel gen tahmini
Taksonomik dağılım histogramı
Topluluk dağılımı filogenetik ağacı
Alfa çeşitlilik analizi: ACE
dizin
Beta çeşitlilik analizi: PCoA
Gruplararası analiz: ANOVA
BMKGene'nin PacBio ile amplikon sıralama hizmetlerinin kolaylaştırdığı gelişmeleri, seçilmiş bir yayın koleksiyonu aracılığıyla keşfedin.
Gao, X. ve Wang, H. (2023) 'Alp Çayırında İki Büyüme Aşamasına Sahip Alp Merinos Koyunlarında Farklı Fenolojiye (Regreen ve Çimenli) Adaptasyon Sırasında Rumen Bakteri Profilleri ve Fonksiyonlarının Karşılaştırmalı Analizi', Fermantasyon, 9( 1), s. 16. doi: 10.3390/FERMENTASYON9010016/S1.
Li, S. ve ark. (2023) 'Kültüromik temelli metagenomik ve yüksek çözünürlüklü analiz kullanarak çöl topraklarındaki mikrobiyal karanlık maddenin yakalanması', npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), s. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Mu, L. ve ark. (2022) 'Yonca, pirinç samanı ve buğday kepeği ile hazırlanan karışık silajın fermantasyon özellikleri, bakteri çeşitliliği ve aerobik stabilitesi üzerine yağ asidi tuzlarının etkileri', Gıda ve Tarım Bilimi Dergisi, 102(4), s. 1475– 1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.
Yang, J. ve ark. (2023) 'Sonchus brachyotus DC Ekstraktlarının Antioksidan Etkilerinde Oksidatif Stres Biyobelirteçleri ve Bağırsak Mikrobiyotası Arasındaki Etkileşim. Yetişkin Zebra Balıklarında Oksazolon Kaynaklı Bağırsak Oksidatif Stresinde', Antioksidanlar 2023, Cilt. 12, Sayfa 192, 12(1), s. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.
