Exclusive Agency for Korea

Banner-03

Ürünler

10x Genomics Visium Uzaysal Transkriptomu

Uzamsal transkriptomik, araştırmacıların dokulardaki gen ifade modellerini, uzamsal bağlamlarını korurken araştırmalarına olanak tanıyan son teknoloji bir teknolojidir. Bu alandaki güçlü platformlardan biri, Illumina dizilimi ile birleştirilmiş 10x Genomics Visium'dur. 10X Visium'un prensibi, doku bölümlerinin yerleştirildiği belirlenmiş bir yakalama alanına sahip özel bir çip üzerinde yatmaktadır. Bu yakalama alanı, her biri doku içinde benzersiz bir uzamsal konuma karşılık gelen barkodlu noktalar içerir. Dokudan yakalanan RNA molekülleri daha sonra ters transkripsiyon işlemi sırasında benzersiz moleküler tanımlayıcılarla (UMI'ler) etiketlenir. Bu barkodlu noktalar ve UMI'ler, tek hücreli bir çözünürlükte gen ifadesinin hassas uzamsal haritalandırılmasına ve ölçülmesine olanak tanır. Uzamsal olarak barkodlu numunelerin ve UMI'lerin kombinasyonu, oluşturulan verilerin doğruluğunu ve spesifikliğini sağlar. Bu Uzamsal Transkriptomik teknolojisini kullanarak araştırmacılar, hücrelerin uzamsal organizasyonu ve dokular içinde meydana gelen karmaşık moleküler etkileşimler hakkında daha derin bir anlayış kazanabilir ve onkoloji, sinir bilimi, gelişim biyolojisi, immünoloji dahil olmak üzere birçok alanda biyolojik süreçlerin altında yatan mekanizmalar hakkında paha biçilmez bilgiler sunabilir. ve botanik çalışmaları.

Platform: 10X Genomics Visium ve Illumina NovaSeq


Hizmet Detayları

Biyoenformatik

Demo Sonuçları

Öne çıkan yayınlar

Teknik Şema

图片2(1)-01

Özellikler

● Çözünürlük: 100 µM

● Nokta Çapı: 55 µM

● Nokta sayısı: 4992

● Yakalama alanı: 6,5 x 6,5 mm

● Her barkodlu nokta 4 bölümden oluşan primerlerle yüklenir:

- mRNA hazırlanması ve cDNA sentezi için poli(dT) kuyruğu

- Amplifikasyon önyargısını düzeltmek için Benzersiz Moleküler Tanımlayıcı (UMI)

- Uzamsal barkod

- Kısmi okuma 1 sıralama primerinin bağlanma dizisi

● Bölümlerin H&E boyanması

Avantajları

Tek elden Hizmet: Kriyo kesit alma, boyama, doku optimizasyonu, mekansal barkodlama, kütüphane hazırlama, sıralama ve biyoenformatik dahil olmak üzere tüm deneyim ve beceriye dayalı adımları entegre eder.

● Yüksek vasıflı Teknik Ekip: İnsan, fare, memeli, balık ve bitki dahil olmak üzere 250'den fazla doku türü ve 100'den fazla tür üzerinde deneyime sahibiz.

Tüm Projede Gerçek Zamanlı Güncelleme: deneysel ilerlemenin tam kontrolü ile.

Kapsamlı Standart Biyoenformatik:paket 29 analiz ve 100'den fazla yüksek kaliteli rakam içerir.

Özelleştirilmiş Veri Analizi ve Görselleştirme: Farklı araştırma talepleri için kullanılabilir.

Tek Hücreli mRNA Sıralaması ile İsteğe Bağlı Ortak Analiz

Özellikler

Örnek Gereksinimler

Kütüphane

Sıralama stratejisi

Önerilen veriler

Kalite Kontrol

OCT'ye gömülü kriyo örnekleri

(Optimal çap: yaklaşık 6x6x6 mm³)

Örnek başına 2 blok

10X Visium cDNA kütüphanesi

Illumina PE150

Spot başına 50.000 PE okuma

(60Gb)

RIN > 7

Numune hazırlama kılavuzu ve hizmet iş akışı hakkında daha fazla ayrıntı için lütfen bir uzmanla konuşmaktan çekinmeyin.

Hizmet İş Akışı

Numune hazırlama aşamasında, yüksek kaliteli bir RNA'nın elde edilebilmesini sağlamak için ilk toplu RNA ekstraksiyon denemesi gerçekleştirilir. Doku optimizasyonu aşamasında kesitler boyanır ve görselleştirilir ve dokudan mRNA salınımına yönelik geçirgenleştirme koşulları optimize edilir. Optimize edilmiş protokol daha sonra kütüphane inşaatı sırasında uygulanır, ardından sıralama ve veri analizi yapılır.

Hizmet iş akışının tamamı, duyarlı bir geri bildirim döngüsünü sürdürmek ve projenin sorunsuz yürütülmesini sağlamak için gerçek zamanlı güncellemeleri ve müşteri onaylarını içerir.

图片4

  • Öncesi:
  • Sonraki:

  • 1.15-02

     

    Aşağıdaki analizi içerir:

     Veri Kalitesi Kontrolü:

    o Veri çıkışı ve kalite puanı dağıtımı

    o Nokta başına gen tespiti

    o Doku kapsamı

     İç Örnek Analizi:

    o Gen zenginliği

    o Azaltılmış boyut analizi dahil nokta kümeleme

    o Kümeler arasındaki diferansiyel ekspresyon analizi: işaretleyici genlerin tanımlanması

    o İşaretleyici genlerin fonksiyonel açıklaması ve zenginleştirilmesi

     Gruplararası Analiz

    o Her iki numuneden (örn. hastalıklı ve kontrol) noktaların yeniden birleştirilmesi ve yeniden kümelenmesi

    o Her küme için işaretleyici genlerin tanımlanması

    o İşaretleyici genlerin fonksiyonel açıklaması ve zenginleştirilmesi

    o Aynı kümenin gruplar arasında Diferansiyel İfadesi

    İç Örnek Analizi

    Nokta kümeleme

    10x (10)

     

    İşaretleyici genlerin tanımlanması ve mekansal dağılımı

     

    10x (12)

    10x (11)

     

    Gruplararası Analiz

    Her iki gruptan veri kombinasyonu ve yeniden kümeleme

    10x (13)

     

     

    Yeni kümelerin işaretleyici genleri

    图片5

    10X Visium'un sunduğu BMKGene'nin uzamsal transkriptomik hizmetinin kolaylaştırdığı gelişmeleri bu öne çıkan yayınlarda keşfedin:

    Chen, D. ve ark. (2023) 'memeli yapışma GPCR'lerinin potansiyel bir Drosophila homologu olan mthl1, sineklerde enjekte edilen onkogenik hücrelere karşı antitümör reaksiyonlarında rol oynar',Amerika Birleşik Devletleri Ulusal Bilimler Akademisi Bildirileri, 120(30), s. e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120

    Chen, Y. ve ark. (2023) 'STEEL, uzay-zamansal transkriptomik verilerin yüksek çözünürlüklü tanımlanmasını sağlar',Biyoenformatik Brifingleri, 24(2), s. 1–10. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.

    Liu, C. ve ark. (2022) 'Orkide çiçeklerinin gelişiminde organogenezin uzay-zamansal bir atlası',Nükleik Asitler Araştırması, 50(17), s. 9724–9737. doi: 10.1093/NAR/GKAC773.

    Wang, J. ve diğerleri. (2023) 'Uzaysal Transkriptomik ve Tek Çekirdekli RNA Dizilemenin Entegre Edilmesi Uterin Leiomyom için Potansiyel Terapötik Stratejileri Ortaya Çıkarıyor',Uluslararası Biyolojik Bilimler Dergisi, 19(8), s. 2515–2530. doi: 10.7150/IJBS.83510.

    fiyat teklifi al

    Mesajınızı buraya yazıp bize gönderin

    Mesajınızı bize gönderin: