● Çözünürlük: 100 µM
● Nokta Çapı: 55 µM
● Nokta sayısı: 4992
● Yakalama alanı: 6,5 x 6,5 mm
● Her barkodlu nokta 4 bölümden oluşan primerlerle yüklenir:
- mRNA hazırlanması ve cDNA sentezi için poli(dT) kuyruğu
- Amplifikasyon önyargısını düzeltmek için Benzersiz Moleküler Tanımlayıcı (UMI)
- Uzamsal barkod
- Kısmi okuma 1 sıralama primerinin bağlanma dizisi
● Bölümlerin H&E boyanması
●Tek elden Hizmet: Kriyo kesit alma, boyama, doku optimizasyonu, mekansal barkodlama, kütüphane hazırlama, sıralama ve biyoenformatik dahil olmak üzere tüm deneyim ve beceriye dayalı adımları entegre eder.
● Yüksek vasıflı Teknik Ekip: İnsan, fare, memeli, balık ve bitki dahil olmak üzere 250'den fazla doku türü ve 100'den fazla tür üzerinde deneyime sahibiz.
●Tüm Projede Gerçek Zamanlı Güncelleme: deneysel ilerlemenin tam kontrolü ile.
●Kapsamlı Standart Biyoenformatik:paket 29 analiz ve 100'den fazla yüksek kaliteli rakam içerir.
●Özelleştirilmiş Veri Analizi ve Görselleştirme: Farklı araştırma talepleri için kullanılabilir.
●Tek Hücreli mRNA Sıralaması ile İsteğe Bağlı Ortak Analiz
Örnek Gereksinimler | Kütüphane | Sıralama stratejisi | Önerilen veriler | Kalite Kontrol |
OCT'ye gömülü kriyo örnekleri (Optimal çap: yaklaşık 6x6x6 mm³) Örnek başına 2 blok | 10X Visium cDNA kütüphanesi | Illumina PE150 | Spot başına 50.000 PE okuma (60Gb) | RIN > 7 |
Numune hazırlama kılavuzu ve hizmet iş akışı hakkında daha fazla ayrıntı için lütfen bir uzmanla konuşmaktan çekinmeyin.BMKGENE uzmanı
Numune hazırlama aşamasında, yüksek kaliteli bir RNA'nın elde edilebilmesini sağlamak için ilk toplu RNA ekstraksiyon denemesi gerçekleştirilir. Doku optimizasyonu aşamasında kesitler boyanır ve görselleştirilir ve dokudan mRNA salınımına yönelik geçirgenleştirme koşulları optimize edilir. Optimize edilmiş protokol daha sonra kütüphane inşaatı sırasında uygulanır, ardından sıralama ve veri analizi yapılır.
Hizmet iş akışının tamamı, duyarlı bir geri bildirim döngüsünü sürdürmek ve projenin sorunsuz yürütülmesini sağlamak için gerçek zamanlı güncellemeleri ve müşteri onaylarını içerir.
Aşağıdaki analizi içerir:
Veri Kalitesi Kontrolü:
o Veri çıkışı ve kalite puanı dağıtımı
o Nokta başına gen tespiti
o Doku kapsamı
İç Örnek Analizi:
o Gen zenginliği
o Azaltılmış boyut analizi dahil nokta kümeleme
o Kümeler arasındaki diferansiyel ekspresyon analizi: işaretleyici genlerin tanımlanması
o İşaretleyici genlerin fonksiyonel açıklaması ve zenginleştirilmesi
Gruplararası Analiz
o Her iki numuneden (örn. hastalıklı ve kontrol) noktaların yeniden birleştirilmesi ve yeniden kümelenmesi
o Her küme için işaretleyici genlerin tanımlanması
o İşaretleyici genlerin fonksiyonel açıklaması ve zenginleştirilmesi
o Aynı kümenin gruplar arasında Diferansiyel İfadesi
İç Örnek Analizi
Nokta kümeleme
İşaretleyici genlerin tanımlanması ve mekansal dağılımı
Gruplararası Analiz
Her iki gruptan veri kombinasyonu ve yeniden kümeleme
Yeni kümelerin işaretleyici genleri
10X Visium'un sunduğu BMKGene'nin uzamsal transkriptomik hizmetinin kolaylaştırdığı gelişmeleri bu öne çıkan yayınlarda keşfedin:
Chen, D. ve ark. (2023) 'memeli yapışma GPCR'lerinin potansiyel bir Drosophila homologu olan mthl1, sineklerde enjekte edilen onkogenik hücrelere karşı antitümör reaksiyonlarında rol oynar',Amerika Birleşik Devletleri Ulusal Bilimler Akademisi Bildirileri, 120(30), s. e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. ve ark. (2023) 'STEEL, uzay-zamansal transkriptomik verilerin yüksek çözünürlüklü tanımlanmasını sağlar',Biyoenformatik Brifingleri, 24(2), s. 1–10. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. ve ark. (2022) 'Orkide çiçeklerinin gelişiminde organogenezin uzay-zamansal bir atlası',Nükleik Asitler Araştırması, 50(17), s. 9724–9737. doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. ve diğerleri. (2023) 'Uzaysal Transkriptomik ve Tek Çekirdekli RNA Dizilemenin Entegre Edilmesi Uterin Leiomyom için Potansiyel Terapötik Stratejileri Ortaya Çıkarıyor',Uluslararası Biyolojik Bilimler Dergisi, 19(8), s. 2515–2530. doi: 10.7150/IJBS.83510.