● Nangangailangan ng reference na genome.
● Idinagdag ang Lambda DNA upang subaybayan ang kahusayan ng conversion ng bisulfite.
● Sequencing sa Illumina NovaSeq.
●Gold Standard para sa DNA Methylation Research: Ang teknolohiyang ito sa pagpoproseso ng mature na methylation conversion ay may mataas na katumpakan at mahusay na reproducibility.
●Malawak na Saklaw at Single-base na Resolusyon:pagtuklas ng mga site ng methylation sa antas ng genome-wide.
●Kumpletong Platform:magbigay ng one-stop na mahusay na serbisyo mula sa sample processing, library construction, sequencing sa bioinformatics analysis.
●Malawak na Dalubhasa: kasama ang mga proyekto sa pagkakasunud-sunod ng WGBS na matagumpay na nakumpleto sa iba't ibang hanay ng mga species, ang BMKGENE ay nagdadala ng higit sa isang dekada ng karanasan, isang mahusay na pangkat ng pagsusuri, komprehensibong nilalaman, at mahusay na suporta pagkatapos ng pagbebenta.
●Posibilidad na Sumali sa Transcriptomics Analysis: nagpapahintulot para sa pinagsamang pagsusuri ng WGBS sa iba pang data ng omics tulad ng RNA-seq.
Library | Diskarte sa Pagsunod-sunod | Inirerekomendang output ng data | Kontrol sa kalidad |
Ginagamot ang bisulfite | Illumina PE150 | 30x ang lalim | Q30 ≥ 85% Bisulfite conversion > 99% |
Konsentrasyon (ng/µL) | Kabuuang halaga (µg) | Mga karagdagang kinakailangan | |
Genomic DNA | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Limitadong pagkasira o kontaminasyon |
Kasama ang sumusunod na pagsusuri:
● Raw sequencing quality control;
● Pagmamapa upang sumangguni sa genome;
● Detection ng 5mC methylated base;
● Pagsusuri ng pamamahagi at anotasyon ng methylation;
● Pagsusuri ng Differentially Methylated Regions (DMRs);
● Functional na anotasyon ng mga gene na nauugnay sa mga DMR.
5mC methylation detection: mga uri ng methylated site
Mapa ng methylation. 5mC methylation genome-wide distribution
Anotasyon ng mga highly methylated na rehiyon
Differentially Methylated Rehiyon: nauugnay na mga gene
Differentially Methylated Rehiyon: anotasyon ng nauugnay na mga gene (Gene Ontology)
Galugarin ang mga pagsulong sa pananaliksik na pinadali ng buong genome bisulfite sequencing na serbisyo ng BMKGene sa pamamagitan ng na-curate na koleksyon ng mga publikasyon.
Fan, Y. et al. (2020) 'Pagsusuri ng mga profile ng DNA methylation sa panahon ng pag-unlad ng kalamnan ng kalansay ng tupa gamit ang buong-genome bisulfite sequencing',BMC Genomics, 21(1), pp. 1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) 'Novel deoxyribonucleic acid methylation perturbations sa mga manggagawang nalantad sa vinyl chloride',Toxicology at Industrial Health, 38(7), pp. 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) 'Mga ugnayan sa pagitan ng genome methylation, mga antas ng non-coding RNAs, mRNAs at metabolites sa ripening tomato fruit',Ang Plant Journal, 103(3), pp. 980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.