Exclusive Agency for Korea

Mag-log in sa BMKCloud

Mga produkto

Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)

Ang high-throughput genotyping, lalo na sa malalaking populasyon, ay pangunahing hakbang sa pag-aaral ng genetic association at nagbibigay ng genetic na batayan para sa functional gene discovery, evolutionary analysis, atbp. Sa halip na malalim na buong genome re-sequencing,Pinababang Representasyon ng Genome Sequencing (RRGS)ay madalas na ginagamit sa mga pag-aaral na ito upang mabawasan ang pagkakasunud-sunod na gastos sa bawat sample habang pinapanatili ang makatwirang kahusayan sa pagtuklas ng genetic marker. Nakakamit ito ng RRGS sa pamamagitan ng pagtunaw ng DNA gamit ang mga restriction enzymes at pagtutuon ng pansin sa isang partikular na hanay ng laki ng fragment, at sa gayon ay nagsusunod-sunod lamang ng isang bahagi ng genome. Kabilang sa iba't ibang pamamaraan ng RRGS, ang Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF) ay isang nako-customize at de-kalidad na diskarte. Ang pamamaraang ito, na binuo nang nakapag-iisa ng BMKGene, ay ino-optimize ang restriction enzyme na itinakda para sa bawat proyekto. Tinitiyak nito ang pagbuo ng isang malaking bilang ng mga tag ng SLAF (400-500 bps na rehiyon ng genome na sinusunod) na pantay na ipinamamahagi sa genome habang epektibong iniiwasan ang mga paulit-ulit na rehiyon, kaya tinitiyak ang pinakamahusay na pagtuklas ng genetic marker.

Makipag-ugnayan sa Amin

Mga Detalye ng Serbisyo

Bioinformatics

Mga Resulta ng Demo

Mga Tampok na Lathalain

Daloy ng trabaho

Teknikal na Scheme

Mga Tampok ng Serbisyo

● Pagsusunod-sunod sa NovaSeq gamit ang PE150.

● Paghahanda ng library na may double barcoding, na nagpapagana ng pagsasama-sama ng higit sa 1000 sample.

● Maaaring gamitin ang diskarteng ito nang mayroon o walang reference na genome, na may iba't ibang bioinformatic pipeline para sa bawat kaso:

May reference genome: SNP at InDel discovery

Nang walang reference na genome: sample clustering at SNP discovery

● Sasa silicoAng yugto ng pre-design na multiple restriction enzyme combinations ay sinusuri upang mahanap ang mga bumubuo ng pare-parehong pamamahagi ng mga SLAF tag sa kahabaan ng genome.

● Sa panahon ng paunang eksperimento, tatlong kumbinasyon ng enzyme ang sinusuri sa 3 sample upang makabuo ng 9 na library ng SLAF, at ginagamit ang impormasyong ito upang piliin ang pinakamainam na kumbinasyon ng restriction enzyme para sa proyekto.

Mga Kalamangan sa Serbisyo

●Pagtuklas ng High Genetic Marker: Ang pagsasama ng isang high-throughput na double barcode system ay nagbibigay-daan para sa sabay-sabay na pagkakasunud-sunod ng malalaking populasyon, at ang locus-specific na amplification ay nagpapahusay ng kahusayan, na tinitiyak na ang mga numero ng tag ay nakakatugon sa magkakaibang mga kinakailangan ng iba't ibang mga katanungan sa pananaliksik.

● Mababang Pag-asa sa Genome: Maaari itong ilapat sa mga species na mayroon o walang reference na genome.

●Flexible na Disenyo ng Scheme: Ang single-enzyme, dual-enzyme, multi-enzyme digestion, at iba't ibang uri ng enzymes ay maaaring mapili lahat upang matugunan ang iba't ibang layunin sa pananaliksik o species. Angsa silicoAng paunang disenyo ay isinasagawa upang matiyak ang pinakamainam na disenyo ng enzyme.

● Mataas na Kahusayan sa Enzymatic Digestion: Ang pagpapadaloy ng isangsa silicopre-design at pre-experiment assured optimal design with even distribution of SLAF tags on the chromosome (1 SLAF tag/4Kb) and reduced repetitive sequence (<5%).

●Malawak na Dalubhasa: Ang aming team ay nagdadala ng maraming karanasan sa bawat proyekto, na may track record ng pagsasara ng higit sa 5000 SLAF-Seq na proyekto sa daan-daang species, kabilang ang mga halaman, mammal, ibon, insekto, at aquatic na organismo.

● Self-developed Bioinformatic Workflow: Ang BMKGENE ay bumuo ng pinagsama-samang bioinformatic workflow para sa SLAF-Seq upang matiyak ang pagiging maaasahan at katumpakan ng panghuling output.

Mga Detalye ng Serbisyo

Uri ng pagsusuri	Inirerekomendang sukat ng populasyon	Diskarte sa pagkakasunud-sunod
Uri ng pagsusuri	Inirerekomendang sukat ng populasyon	Lalim ng pagkakasunud-sunod ng tag	Numero ng tag
Mga Genetic na Mapa	2 magulang at >150 supling	Mga Magulang: 20x WGS Mga supling: 10x	Laki ng genome: <400 Mb: Inirerekomenda ang WGS <1Gb: 100K tag 1-2Gb:: 200K tag >2Gb: 300K na mga tag Max 500k na mga tag
Genome-Wide Association Studies (GWAS)	≥200 sample	10x
Genetic Evolution	≥30 sample, na may >10 sample mula sa bawat subgroup	10x

Mga Kinakailangan sa Serbisyo

Konsentrasyon ≥ 5 ng/µL

Kabuuang halaga ≥ 80 ng

Nanodrop OD260/280=1.6-2.5

Agarose gel: wala o limitadong pagkasira o kontaminasyon

Inirerekomendang Paghahatid ng Sample

Lalagyan: 2 ml centrifuge tube

(Para sa karamihan ng mga sample, inirerekomenda namin na huwag itago sa ethanol)

Sample na pag-label: Ang mga sample ay kailangang malinaw na may label at magkapareho sa isinumiteng sample na form ng impormasyon.

Pagpapadala: Dry-ice: Ang mga sample ay kailangang ilagay muna sa mga bag at ibaon sa dry-ice.

Daloy ng Trabaho ng Serbisyo

Sample QC

Eksperimento ng piloto

SLAF-eksperimento

Paghahanda sa Aklatan

Pagsusunod-sunod

Pagsusuri ng Datos

Mga Serbisyong Pagkatapos ng Pagbebenta

Nakaraan: DNA/RNA Sequencing – Nanopore Sequencer

Susunod: Human Whole Exome Sequencing

Kasama ang sumusunod na pagsusuri:

Sequencing data QC
Pag-unlad ng tag ng SLAF

Pagma-map upang sumangguni sa genome

Nang walang reference na genome: clustering

Pagsusuri ng SLAF tags.: statistics, distribution sa genome
Pagtuklas ng marker: SNP, InDel, SNV, pagtawag sa CV at anotasyon

Pamamahagi ng mga tag ng SLAF sa mga chromosome:

Pamamahagi ng mga SNP sa chromosome:

Anotasyon ng SNP

taon	Journal	IF	Pamagat	Mga aplikasyon
2022	Mga komunikasyon sa kalikasan	17.694	Genomic na batayan ng giga-chromosome at giga-genome ng tree peony Paeonia ostii	SLAF-GWAS
2015	Bagong Phytologist	7.433	Domestication footprints anchor genomic rehiyon ng agronomic kahalagahan sa soybeans	SLAF-GWAS
2022	Journal ng Advanced na Pananaliksik	12.822	Genome-wide artificial introgressions ng Gossypium barbadense sa G. hirsutum ipakita ang superior loci para sa sabay-sabay na pagpapabuti ng kalidad at ani ng cotton fiber mga katangian	SLAF-Evolutionary genetics
2019	Molecular Plant	10.81	Ang Pagsusuri ng Genomic ng Populasyon at De Novo Assembly ay Inihayag ang Pinagmulan ng Weedy Rice bilang isang Evolutionary Game	SLAF-Evolutionary genetics
2019	Genetika ng Kalikasan	31.616	Genome sequence at genetic diversity ng karaniwang carp, Cyprinus carpio	SLAF-Linkage na mapa
2014	Genetika ng Kalikasan	25.455	Ang genome ng cultivated peanut ay nagbibigay ng insight sa legume karyotypes, polyploid ebolusyon at crop domestication.	SLAF-Linkage na mapa
2022	Plant Biotechnology Journal	9.803	Ang pagkakakilanlan ng ST1 ay nagpapakita ng isang seleksyon na kinasasangkutan ng hitchhiking ng seed morphology at nilalaman ng langis sa panahon ng soybean domestication	Pag-unlad ng SLAF-Marker
2022	International Journal of Molecular Sciences	6.208	Identification at DNA Marker Development para sa isang Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Disomic Chromosome Substitution	Pag-unlad ng SLAF-Marker

taon	Journal	IF	Pamagat	Mga aplikasyon
2023	Mga hangganan sa agham ng halaman	6.735	QTL mapping at transcriptome analysis ng sugar content sa panahon ng fruit ripening ng Pyrus pyrifolia	Genetic na Mapa
2022	Plant Biotechnology Journal	8.154	Ang pagkakakilanlan ng ST1 ay nagpapakita ng isang seleksyon na kinasasangkutan ng hitchhiking ng seed morphology at nilalaman ng langis sa panahon ng soybean domestication	Tumatawag sa SNP
2022	Mga hangganan sa agham ng halaman	6.623	Genome-Wide Association Mapping ng Hulless Barely Phenotypes sa Drought Environment.	GWAS