Exclusive Agency for Korea

BMKCloud Mag -log in

Mga produkto

Single-nuclei RNA Sequencing

Ang pag-unlad ng single-cell capture at pasadyang mga diskarte sa konstruksyon ng aklatan, kasabay ng pagkakasunud-sunod ng high-throughput, ay nagbago ng mga pag-aaral ng expression ng gene sa antas ng cell. Ang pambihirang tagumpay na ito ay nagbibigay -daan para sa mas malalim at mas komprehensibong pagsusuri ng mga kumplikadong populasyon ng cell, na pagtagumpayan ang mga limitasyon na nauugnay sa pag -average ng expression ng gene sa lahat ng mga cell at pagpapanatili ng tunay na heterogeneity sa loob ng mga populasyon na ito. Habang ang single-cell RNA na pagkakasunud-sunod (SCRNA-seq) ay may hindi maikakaila na mga pakinabang, nakatagpo ito ng mga hamon sa ilang mga tisyu kung saan ang paglikha ng isang solong-cell suspension ay nagpapatunay na mahirap at nangangailangan ng mga sariwang halimbawa. Sa Bmkgene, tinutugunan namin ang sagabal na ito sa pamamagitan ng pag-aalok ng single-nucleus RNA na pagkakasunud-sunod (snRNA-seq) gamit ang state-of-the-art 10X genomics chromium na teknolohiya. Ang pamamaraang ito ay nagpapalawak ng spectrum ng mga sample na maaasahan sa transcriptome analysis sa antas ng solong-cell.

Ang paghihiwalay ng nuclei ay nakamit sa pamamagitan ng makabagong 10x genomics chromium chip, na nagtatampok ng isang walong-channel microfluidics system na may dobleng pagtawid. Sa loob ng sistemang ito, ang mga kuwintas na gel na nagsasama ng mga barcode, primer, enzymes, at isang solong nucleus ay nakapaloob sa mga patak ng langis na nanoliter, na bumubuo ng gel bead-in-emulsion (GEM). Kasunod ng pagbuo ng hiyas, ang cell lysis at paglabas ng barcode ay nangyayari sa loob ng bawat hiyas. Kasunod nito, ang mga molekula ng mRNA ay sumasailalim sa reverse transkrip sa mga cDNA, na isinasama ang 10x barcode at natatanging mga molekular na pagkakakilanlan (UMIs). Ang mga cDNA na ito ay pagkatapos ay sumailalim sa karaniwang pagkakasunud-sunod na konstruksyon ng aklatan, na pinadali ang isang matatag at komprehensibong paggalugad ng mga profile ng expression ng gene sa antas ng solong-cell.

Platform: 10 × Genomics Chromium at Illumina Novaseq Platform

Makipag -ugnay sa amin

Mga detalye ng serbisyo

Bioinformatics

Mga resulta ng demo

Itinatampok na mga pahayagan

Teknikal na pamamaraan

Ang paghihiwalay ng nuclei ay nakamit ng 10 × Genomics Chromium ™, na binubuo ng walong-channel microfluidics system na may dobleng pagtawid. Sa sistemang ito, ang isang gel beads na may mga barcode at panimulang aklat, mga enzyme at isang solong nucleus ay nakapaloob sa drop ng langis ng nanoliter, na bumubuo ng gel bead-in-emulsion (GEM). Kapag nabuo ang hiyas, ang cell lysis at paglabas ng mga barcode ay isinasagawa sa bawat hiyas. Ang mRNA ay baligtad na na -transcribe sa mga molekula ng cDNA na may 10 × barcode at UMI, na higit na napapailalim sa pamantayang konstruksiyon ng library ng pagkakasunud -sunod.

Mga tampok

● Paghahanda ng solong-nuclei suspension mula sa mga frozen na tisyu

● Pagbubuo ng gel bead-in-emulsion (GEM) na sinusundan ng cDNA synthesis

● Ang bawat bead sa isang hiyas ay puno ng mga panimulang aklat na binubuo ng 4 na mga seksyon:

Poly (dt) buntot para sa mRNA priming at cDNA synthesis,

Natatanging molekular na identifier (UMI) upang iwasto ang bias ng pagpapalakas

10x barcode

Pagbubuklod ng pagkakasunud -sunod ng bahagyang basahin ang 1 pagkakasunud -sunod na panimulang aklat

Kalamangan

Ang pagkakasunud-sunod ng single-nucleus RNA ay nag-uugnay sa mga limitasyon ng pagkakasunud-sunod ng single-cell RNA, na nagpapagana:

● Ang paggamit ng mga frozen na sample at hindi lamang limitado sa mga sariwang sample

● Mababang stress ng mga frozen cells kung ihahambing sa enzymatic na paggamot ng mga sariwang cell, na makikita sa transcriptome data sa anyo ng mas kaunting mga genes na sapilitan na mga gene

● Hindi na kailangan para sa paunang pag -alis ng mga pulang selula ng dugo

● Walang limitasyong diameter ng cell

● Malaking hanay ng mga sample na karapat -dapat para sa pagsusuri, kabilang ang mga kumplikado at marupok na mga uri ng tisyu na madaling kapitan ng cell clumping o pagkawasak sa panahon ng dissociation ng tisyu

Ang mga halimbawang hindi masuri ng pagkakasunud-sunod ng single-cell RNA at karapat-dapat para sa solong pag-uuri ng RNA:

Cell / Tissue	Dahilan
Unfresh frozen tissue	Hindi makakuha ng mga sariwang o matagal na mga organisasyon
Kalamnan cell, megakaryocyte, taba ...	Ang diameter ng cell ay masyadong malaki upang makapasok sa instrumento
Atay…	Masyadong marupok upang masira, hindi makilala ang mga solong cell
Neuron cell, utak ...	Ang mas sensitibo, madaling stress, ay magbabago ng mga resulta ng pagkakasunud -sunod
Pancreas, teroydeo ...	Mayaman sa mga endogenous enzymes, na nakakaapekto sa paggawa ng solong suspensyon ng cell

Single-nucleus vs single-cell

Single-nucleus	Single-cell
Walang limitasyong diameter ng cell	Diameter ng Cell: 10-40 μm
Ang materyal ay maaaring maging frozen na tisyu	Ang materyal ay dapat na sariwang tisyu
Mababang stress ng mga frozen na cell	Ang paggamot sa enzyme ay maaaring maging sanhi ng reaksyon ng stress sa cell
Walang mga pulang selula ng dugo na kailangang alisin	Kailangang alisin ang mga pulang selula ng dugo
Ang nuklear ay nagpapahayag ng bioinformation	Ang buong cell ay nagpapahayag ng bioinformation

Mga pagtutukoy

Mga kinakailangan sa halimbawang

Library

Diskarte sa pagkakasunud -sunod

Inirerekomenda ang data

KONTROL CONTROL

Hayop tissue ≥ 200 mg

Plant Tissue ≥ 400 mg

10x Genomics SN CDNA Library

Illumina PE150

100k PE Reads bawat Cell

(100-200 GB)

700-1200 nuclei/μl at integridad ng nuclei na sinusunod sa ilalim ng mikroskopyo

Para sa higit pang mga detalye sa halimbawang gabay sa paghahanda at daloy ng trabaho, mangyaring huwag mag -atubiling makipag -usap sa aBMKGENE EXPERT

Daloy ng trabaho sa serbisyo

Nakaraan: Plant/Animal buong pagkakasunud -sunod ng genome

Susunod: Pagtatasa ng Association ng Genome-Wide

May kasamang sumusunod na pagsusuri:

● Kontrol ng kalidad: bilang ng mga cell, pagtuklas ng gene, tumpak na pagkakakilanlan ng mga cell, molekula ng RNA at dami ng expression

● Inner sample analysis:

Cell clustering at cluster annotation

Pagkakaiba -iba ng Pagsusuri ng Pagpapahayag: Pagkilala ng mga DEG sa mga kumpol

Functional annotation at pagpapayaman ng mga cluster degs

● Pagsusuri ng Inter-Group:

Kumbinasyon ng data

Pag -aaral ng Pagkakaiba -iba ng Pagpapahayag: Pagkilala ng mga DEG sa mga pangkat

Functional annotation at pagpapayaman ng mga pangkat ng pangkat

● Advanced na pagsusuri:

Pagsusuri ng Cell Cycle

Pagtatasa ng Pseudotime

Pagtatasa ng Komunikasyon ng Cell (CellPhonedB)

Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)

Pagsusuri ng panloob na sample

Cell Clustering:

Pagkakaiba -iba ng Pagsusuri ng Pagpapahayag: Cluster degs

Pagsusuri ng Inter-Group

Pagkakaiba -iba ng Pagpapahayag ng Pagpapahayag: Mga Degs ng Grupo

Advanced na Pagsusuri:

Pseudotime analysis:

Pagsusuri ng Cell Cycle:

Galugarin ang mga pagsulong na pinadali ng single-nucleus RNA na mga serbisyo ng pagkakasunud-sunod ng BMKGENE sa pamamagitan ng 10x chromium sa mga tampok na publication na ito:

Wang, L. et al. (2021) 'Ang pagsusuri ng single-cell transcriptomic ay nagpapakita ng immune landscape ng baga sa steroid-resistant hika exacerbation',Mga pamamaraan ng National Academy of Sciences ng Estados Unidos ng Amerika, 118 (2), p. E2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118

Zheng, H. et al. .Mga Frontier sa Immunology, 13, p. 879824. Doi: 10.3389/fimmu.2022.879824/bibtex.

Tian, H. et al. .Aquaculture, 566, p. 739238. Doi: 10.1016/j.aquaculture.2023.739238.

Yu, Y. et al. .Cancer sa gastric, 26 (5), pp. 798–813. doi: 10.1007/s10120-023-01409-x/sukatan.