Nabawasan ang Representasyon Bisulfite Sequencing (RRB)
Ang nabawasan na representasyon ng bisulfite na pagkakasunud-sunod (RRBs) ay lumitaw bilang isang epektibo at mahusay na alternatibo sa buong genome bisulfite na pagkakasunud-sunod (WGBS) sa pananaliksik ng methylation ng DNA. Habang ang WGBS ay nagbibigay ng komprehensibong pananaw sa pamamagitan ng pagsusuri sa buong genome sa solong resolusyon ng base, ang mataas na gastos nito ay maaaring maging isang limitasyong kadahilanan. Ang mga RRB ay madiskarteng nagpapagaan sa hamon na ito sa pamamagitan ng selektibong pagsusuri ng isang kinatawan na bahagi ng genome. Ang pamamaraang ito ay nakasalalay sa pagpapayaman ng mga rehiyon na mayaman sa isla ng CPG sa pamamagitan ng cleavage ng MSPI na sinusundan ng laki ng pagpili ng 200-500/600 bps fragment. Dahil dito, ang mga rehiyon lamang na malapit sa mga isla ng CPG ay sunud -sunod, habang ang mga may malayong mga isla ng CPG ay hindi kasama sa pagsusuri. Ang prosesong ito, na sinamahan ng pagkakasunud-sunod ng bisulfite, ay nagbibigay-daan para sa high-resolution na pagtuklas ng DNA methylation, at ang diskarte sa pagkakasunud-sunod, PE150, partikular na nakatuon sa mga dulo ng mga pagsingit sa halip na sa gitna, pagtaas ng kahusayan ng profile ng methylation. Ang RRBS ay isang napakahalagang tool na nagbibigay-daan sa pananaliksik na epektibo sa DNA methylation at pagsulong ng kaalaman sa mga mekanismo ng epigenetic.
Mga Tampok ng Serbisyo
● Nangangailangan ng isang sangguniang genome.
● Ginagamit ang Lambda DNA upang masubaybayan ang kahusayan ng conversion ng bisulfite.
● Ang kahusayan ng panunaw ng MSPI ay sinusubaybayan din.
● Double enzyme digestion para sa mga sample ng halaman.
● Sequencing sa Illumina Novaseq.
Mga kalamangan sa serbisyo
●Gastos at mahusay na alternatibo sa WGBS: pagpapagana ng pagsusuri na isinasagawa sa isang mas mababang gastos at may mas mababang mga kinakailangan sa sample.
●Kumpletong platform:Magbigay ng one-stop na mahusay na serbisyo mula sa pagproseso ng sample, konstruksyon ng aklatan, at pagkakasunud-sunod sa pagsusuri ng bioinformatics.
●Malawak na kadalubhasaan: Sa mga proyekto ng pagkakasunud-sunod ng RRBS na matagumpay na nakumpleto sa isang magkakaibang hanay ng mga species, ang BMKGENE ay nagdadala ng higit sa isang dekada ng karanasan, isang mataas na bihasang koponan ng pagsusuri, komprehensibong nilalaman, at mahusay na suporta sa post-sales.
Mga pagtutukoy sa serbisyo
| Library | Diskarte sa pagkakasunud -sunod | Inirerekumendang output ng data | KONTROL CONTROL |
| Ang MSPI Digested at Bisulfite Treated Library | Illumina PE150 | 8 GB | Q30 ≥ 85% Bisulfite conversion> 99% Kahusayan sa pagputol ng MSPI> 95% |
Mga kinakailangan sa halimbawang
| Konsentrasyon (ng/µL) | Kabuuang halaga (µg) |
| |
| Genomic DNA | ≥ 30 | ≥ 1 | Limitadong pagkasira o kontaminasyon |
Daloy ng trabaho sa serbisyo
Halimbawang paghahatid
Konstruksyon ng Library
Pagkakasunud -sunod
Pagtatasa ng data
Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta
May kasamang sumusunod na pagsusuri:
● RAW na pagkakasunud -sunod na kontrol sa kalidad;
● Pagma -map sa sanggunian ng genome;
● pagtuklas ng 5MC methylated base at pagkakakilanlan ng motif;
● Pagtatasa ng pamamahagi ng methylation at paghahambing ng sample;
● Pagtatasa ng mga kaugalian na methylated na rehiyon (DMR);
● Functional annotation ng mga gene na nauugnay sa DMRS.
Kalidad na kontrol: kahusayan sa panunaw (sa genome mapping)
Kalidad ng Kalidad: Pagbabago ng Bisulfite (sa pagkuha ng impormasyon ng methylation)
Mapa ng Methylation: 5MC methylation genome-wide distribution
Halimbawang paghahambing: Pangunahing pagsusuri ng sangkap
Pagkakaiba -iba ng mga methylated na rehiyon (DMR) pagsusuri: heatmap
Galugarin ang mga pagsulong sa pananaliksik na pinadali ng buong genome bisulfite na mga serbisyo ng pagkakasunud -sunod ng BMKGENE sa pamamagitan ng isang curated na koleksyon ng mga publikasyon.
Li, Z. et al. .Pnas nexus, 1 (4). doi: 10.1093/pnasnexus/pgac179.
Tian, H. et al. .European Journal of Clinical Investigation, 53 (11), p. E14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. .Journal ng Endocrinological Investigation, 45 (12), pp. 2365–2376. doi: 10.1007/s40618-022-01878-4.
