Prokaryotic RNA Sequencing
Mga tampok
● Ang pagpoproseso ng sample ng RNA ay nagsasangkot ng pag-ubos ng rRNA na sinusundan ng itinuro na paghahanda ng library ng RNA.
● Bioinformatic analysis batay sa pagkakahanay sa isang reference genome
● Kasama sa pagsusuri ang expression ng gene at mga DEG ngunit gayundin ang istraktura ng transcript at pagsusuri ng sRNA
Mga Kalamangan sa Serbisyo
●Mahigpit na Kontrol sa Kalidad: nagpapatupad kami ng mga pangunahing control point sa lahat ng yugto, mula sa paghahanda ng sample at library hanggang sa sequencing at bioinformatics. Tinitiyak ng maselang pagsubaybay na ito ang paghahatid ng patuloy na mataas na kalidad na mga resulta.
●Data ng Sequencing na partikular sa Strand: dahil sa pagiging itinuro ng paghahanda sa library ng RNA, na nagpapagana ng pagkakakilanlan ng mga anti-sense na transcript.
●Kumpletong Pagsusuri na Iniangkop sa Prokaryotic Transcriptomes: kasama sa bioinformatic pipeline hindi lamang ang pagsusuri sa expression ng gene kundi pati na rin ang pagsusuri sa istruktura ng transcript, kabilang ang pagkilala sa mga operon, UTR at promoter. Kasama rin dito ang pagsusuri ng mga sRNA, katulad ng anotasyon at paghula ng pangalawang istraktura at mga target.
●Suporta sa Post-Sales: ang aming pangako ay umaabot nang lampas sa pagkumpleto ng proyekto na may 3-buwan na panahon ng serbisyo pagkatapos ng pagbebenta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-troubleshoot, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga query na nauugnay sa mga resulta.
Mga Sample na Kinakailangan at Paghahatid
| Library | Diskarte sa pagkakasunud-sunod | Inirerekomenda ang data | Kontrol sa Kalidad |
| Naubos ang direksiyon na library ng rRNA | Illumina PE150 | 1-2 Gb | Q30≥85% |
Mga Sample na Kinakailangan:
| Conc.(ng/μl) | Halaga (μg) | Kadalisayan | Integridad |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 Limitado o walang protina o kontaminasyon ng DNA na ipinapakita sa gel. | RIN≥6.5 |
Inirerekomendang Paghahatid ng Sample
Lalagyan: 2 ml centrifuge tube (Hindi inirerekomenda ang tin foil)
Sample na pag-label: Pangkat+kopya hal. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pagpapadala:
1. Dry-ice: Ang mga sample ay kailangang ilagay sa mga bag at ibaon sa dry-ice.
2. RNAstable tubes: Ang mga sample ng RNA ay maaaring patuyuin sa RNA stabilization tube(hal. RNAstable®) at ipadala sa room temperature.
Daloy ng Trabaho ng Serbisyo
Paghahatid ng sample
Paggawa ng aklatan
Pagsusunod-sunod
Pagsusuri ng datos
Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta
Daloy ng Trabaho ng Pagsusuri ng Bioinformatic
Kasama ang Sumusunod na Pagsusuri:
● Kontrol sa kalidad ng raw data
● Pag-align sa reference na genome
● Pagsusuri sa Kalidad ng Aklatan: randomness ng fragmentation ng RNA, laki ng insert at saturation ng sequencing
● Functional na anotasyon ng mga hinulaang coding genes
● Pagsusuri ng Expression: ugnayan at Pagsusuri ng Pangunahing Bahagi (PCA)
● Differential Gene Expression (DEGs)
● Functional na anotasyon at pagpapayaman ng mga DEG
● Pagsusuri ng sRNA: hula, anotasyon, target, at pangalawang istrakturang hula
● Pagsusuri sa Istruktura ng Transcript: mga operasyon, panimulang posisyon at pagtatapos, Untranslated region (UTS), promoter, at pagsusuri sa SNP/InDel
Sequencing saturation
Functional na anotasyon ng coding genes
Kaugnayan sa pagitan ng mga sample
Pagsusuri ng Differential Expressed Genes (DEGs).
Pagsusuri ng functional enrichment
sRNA annotation
Tuklasin ang mga pagsulong na pinadali ng Nanopore full-length mRNA sequencing services ng BMKGene sa itinatampok na publikasyong ito.
Guan, CP et al. (2018) 'Global Transcriptome Changes of Biofilm-Forming Staphylococcus epidermidis na Tumutugon sa Kabuuang Alkaloids ng Sophorea alopecuroides',Polish Journal ng Microbiology, 67(2), p. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
