-
Single-nuclei RNA Sequencing
Ang pagbuo ng single-cell capture at custom na mga diskarte sa pagtatayo ng library, kasama ng high-throughput sequencing, ay nagpabago ng mga pag-aaral sa expression ng gene sa antas ng cell. Ang pambihirang tagumpay na ito ay nagbibigay-daan para sa mas malalim at mas komprehensibong pagsusuri ng mga kumplikadong populasyon ng cell, na malampasan ang mga limitasyon na nauugnay sa average na expression ng gene sa lahat ng mga cell at pinapanatili ang tunay na heterogeneity sa loob ng mga populasyon na ito. Habang ang single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) ay may hindi maikakaila na mga pakinabang, nakakaharap ito ng mga hamon sa ilang partikular na tissue kung saan ang paggawa ng isang solong cell na suspension ay nagpapatunay na mahirap at nangangailangan ng mga sariwang sample. Sa BMKGene, tinutugunan namin ang hadlang na ito sa pamamagitan ng pag-aalok ng single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) gamit ang makabagong teknolohiyang 10X Genomics Chromium. Ang diskarteng ito ay nagpapalawak ng spectrum ng mga sample na pumapayag sa transcriptome analysis sa single-cell level.
Ang paghihiwalay ng nuclei ay nagagawa sa pamamagitan ng makabagong 10X Genomics Chromium chip, na nagtatampok ng eight-channel microfluidics system na may double crossings. Sa loob ng system na ito, ang mga gel bead na may kasamang mga barcode, primer, enzyme, at isang solong nucleus ay naka-encapsulated sa nanoliter-sized na patak ng langis, na bumubuo ng Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Kasunod ng pagbuo ng GEM, nangyayari ang cell lysis at paglabas ng barcode sa loob ng bawat GEM. Kasunod nito, ang mga molekula ng mRNA ay sumasailalim sa reverse transcription sa mga cDNA, na nagsasama ng 10X barcode at Mga Natatanging Molecular Identifier (UMI). Ang mga cDNA na ito ay sasailalim sa karaniwang pagkakasunud-sunod na pagtatayo ng library, na nagpapadali sa isang matatag at komprehensibong paggalugad ng mga profile ng expression ng gene sa antas ng single-cell.
Platform: 10× Genomics Chromium at Illumina NovaSeq Platform
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Ang spatial transcriptomics ay isang makabagong teknolohiya na nagbibigay-daan sa mga mananaliksik na magsiyasat ng mga pattern ng pagpapahayag ng gene sa loob ng mga tisyu habang pinapanatili ang kanilang spatial na konteksto. Ang isang malakas na platform sa domain na ito ay ang 10x Genomics Visium kasama ng pagkakasunud-sunod ng Illumina. Ang prinsipyo ng 10X Visium ay nakasalalay sa isang espesyal na chip na may itinalagang lugar ng pagkuha kung saan inilalagay ang mga seksyon ng tissue. Ang lugar ng pagkuha na ito ay naglalaman ng mga barcoded spot, bawat isa ay tumutugma sa isang natatanging spatial na lokasyon sa loob ng tissue. Ang mga nakuhang molekula ng RNA mula sa tissue ay nilalagyan ng mga natatanging molecular identifier (UMIs) sa panahon ng reverse transcription process. Ang mga barcoded spot at UMI na ito ay nagbibigay-daan sa tumpak na spatial mapping at quantification ng gene expression sa isang solong-cell na resolution. Tinitiyak ng kumbinasyon ng mga spatially barcoded sample at UMI ang katumpakan at pagiging tiyak ng data na nabuo. Sa pamamagitan ng paggamit ng teknolohiyang ito ng Spatial Transcriptomics, ang mga mananaliksik ay makakakuha ng mas malalim na pag-unawa sa spatial na organisasyon ng mga cell at ang mga kumplikadong molekular na interaksyon na nagaganap sa loob ng mga tisyu, na nag-aalok ng napakahalagang mga insight sa mga mekanismong pinagbabatayan ng mga biological na proseso sa maraming larangan, kabilang ang oncology, neuroscience, developmental biology, immunology , at botanikal na pag-aaral.
Platform: 10X Genomics Visium at Illumina NovaSeq
-
Full-Length mRNA Sequencing-Nanopore
Habang ang pagkakasunud-sunod ng mRNA na nakabatay sa NGS ay isang maraming nalalaman na tool para sa pagbibilang ng expression ng gene, ang pag-uumasa nito sa mga maikling pagbabasa ay naghihigpit sa pagiging epektibo nito sa mga kumplikadong transcriptomic na pagsusuri. Sa kabilang banda, ang pagkakasunud-sunod ng nanopore ay gumagamit ng teknolohiyang matagal nang nabasa, na nagpapagana sa pagkakasunud-sunod ng mga full-length na mRNA transcript. Pinapadali ng diskarteng ito ang isang komprehensibong pag-explore ng alternatibong splicing, gene fusions, poly-adenylation, at ang quantification ng mRNA isoforms.
Nanopore sequencing, isang paraan na umaasa sa nanopore single-molecule real-time electrical signal, ay nagbibigay ng mga resulta sa real-time. Ginagabayan ng mga protina ng motor, ang double-stranded na DNA ay nagbubuklod sa mga nanopore na protina na naka-embed sa isang biofilm, na nakakapagpapahinga habang dumadaan ito sa nanopore channel sa ilalim ng pagkakaiba ng boltahe. Ang mga natatanging electrical signal na nabuo ng iba't ibang base sa DNA strand ay nakita at inuri sa real-time, na nagpapadali sa tumpak at tuluy-tuloy na nucleotide sequencing. Ang makabagong diskarte na ito ay nagtagumpay sa mga limitasyon sa maikling pagbasa at nagbibigay ng isang dynamic na platform para sa masalimuot na pagsusuri ng genomic, kabilang ang mga kumplikadong transcriptomic na pag-aaral, na may mga agarang resulta.
Platform: Nanopore PromethION 48
-
Full-length mRNA sequencing -PacBio
Habang ang pagkakasunud-sunod ng mRNA na nakabatay sa NGS ay isang maraming nalalaman na tool para sa pagbibilang ng expression ng gene, ang pag-uumasa nito sa maiikling pagbabasa ay naghihigpit sa paggamit nito sa mga kumplikadong transcriptomic na pagsusuri. Sa kabilang banda, ang PacBio sequencing (Iso-Seq) ay gumagamit ng long-read na teknolohiya, na nagpapagana sa sequencing ng mga full-length na mRNA transcript. Pinapadali ng diskarteng ito ang isang komprehensibong pag-explore ng alternatibong splicing, gene fusions, at poly-adenylation. Gayunpaman, mayroong iba pang mga pagpipilian para sa dami ng expression ng gene dahil sa mataas na halaga ng data na kinakailangan. Ang teknolohiya ng sequencing ng PacBio ay umaasa sa single-molecule, real-time (SMRT) sequencing, na nagbibigay ng natatanging kalamangan sa pagkuha ng mga full-length na mRNA transcript. Ang makabagong diskarte na ito ay nagsasangkot ng paggamit ng zero-mode waveguides (ZMWs) at mga microfabricated na balon na nagbibigay-daan sa real-time na pagmamasid sa aktibidad ng DNA polymerase sa panahon ng sequencing. Sa loob ng mga ZMW na ito, ang DNA polymerase ng PacBio ay nag-synthesize ng isang komplementaryong strand ng DNA, na bumubuo ng mahabang pagbabasa na sumasaklaw sa kabuuan ng mga transcript ng mRNA. Ang pagpapatakbo ng PacBio sa Circular Consensus sequencing (CCS) mode ay nagpapahusay sa katumpakan sa pamamagitan ng paulit-ulit na pagkakasunud-sunod sa parehong molekula. Ang nabuong HiFi reads ay may katumpakan na maihahambing sa NGS, na higit na nag-aambag sa isang komprehensibo at maaasahang pagsusuri ng mga kumplikadong tampok na transcriptomic.
Platform: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Eukaryotic mRNA Sequencing-NGS
Ang pagkakasunud-sunod ng mRNA, isang maraming nalalaman na teknolohiya, ay nagbibigay ng kapangyarihan sa komprehensibong pag-profile ng lahat ng mga transcript ng mRNA sa loob ng mga cell sa ilalim ng mga partikular na kundisyon. Sa malawak nitong mga aplikasyon, ang cutting-edge na tool na ito ay naghahayag ng masalimuot na mga profile ng expression ng gene, mga istruktura ng gene, at mga mekanismo ng molekular na nauugnay sa magkakaibang mga biological na proseso. Malawakang pinagtibay sa pangunahing pananaliksik, klinikal na diagnostic, at pagpapaunlad ng gamot, ang pagkakasunud-sunod ng mRNA ay nag-aalok ng mga insight sa mga intricacies ng cellular dynamics at genetic regulation, na pumukaw ng kuryusidad tungkol sa potensyal nito sa iba't ibang larangan.
Platform: Illumina NovaSeq X; DNSSEQ-T7
-
Non-Reference based mRNA Sequencing-NGS
Ang pagkakasunud-sunod ng mRNA ay nagbibigay ng kapangyarihan sa komprehensibong pag-profile ng lahat ng mga transcript ng mRNA sa loob ng mga cell sa ilalim ng mga partikular na kundisyon. Ang makabagong teknolohiyang ito ay nagsisilbing isang makapangyarihang kasangkapan, na naglalahad ng masalimuot na mga profile ng expression ng gene, mga istruktura ng gene, at mga mekanismo ng molekular na nauugnay sa magkakaibang biological na proseso. Malawakang pinagtibay sa pangunahing pananaliksik, klinikal na diagnostic, at pagpapaunlad ng gamot, ang pagkakasunud-sunod ng mRNA ay nag-aalok ng mga insight sa mga intricacies ng cellular dynamics at genetic regulation.
Platform: Illumina NovaSeq X; DNSSEQ-T7
-
Long Non-coding Sequencing-Illumina
Ang mahahabang non-coding RNAs (lncRNAs) ay mas mahaba sa 200 nucleotides na nagtataglay ng minimal na coding potential at mga pivotal elements sa loob ng non-coding RNA. Natagpuan sa nucleus at cytoplasm, ang mga RNA na ito ay gumaganap ng mga mahahalagang tungkulin sa epigenetic, transcriptional, at post-transcriptional na regulasyon, na binibigyang-diin ang kanilang kahalagahan sa paghubog ng mga proseso ng cellular at molekular. Ang LncRNA sequencing ay isang makapangyarihang tool sa Cell differentiation, Ontogenesis, at Human disease.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Maliit na RNA Sequencing-Illumina
Maliit na molekula ng RNA (sRNA), kasama ang mga microRNA (miRNA), maliliit na nakakasagabal na RNA (siRNAs), at mga piwi-interacting RNA (piRNAs). Kabilang sa mga ito, ang mga miRNA, sa paligid ng 18-25 nucleotides ang haba, ay partikular na kapansin-pansin para sa kanilang mga pivotal na tungkulin sa regulasyon sa iba't ibang mga proseso ng cellular. Sa mga pattern ng expression na tukoy sa tissue at tukoy sa yugto, ang mga miRNA ay nagpapakita ng mataas na konserbasyon sa iba't ibang species.
Platform: Illumina NovaSeq
-
CircRNA Sequencing-Illumina
Ang circular RNA sequencing (circRNA-seq) ay ang pag-profile at pagsusuri ng mga circular RNA, isang klase ng RNA molecules na bumubuo ng mga closed loops dahil sa mga non-canonical splicing event, na nagbibigay sa RNA na ito ng mas mataas na stability. Habang ang ilang mga circRNA ay ipinakita na kumikilos bilang mga microRNA na sponge, nagse-sequest ng mga microRNA at pinipigilan ang mga ito sa pag-regulate ng kanilang mga target na mRNA, ang ibang mga circRNA ay maaaring makipag-ugnayan sa mga protina, baguhin ang expression ng gene, o may mga tungkulin sa mga proseso ng cellular. Ang pagsusuri sa expression ng circRNA ay nagbibigay ng mga insight sa mga tungkulin ng regulasyon ng mga molekulang ito at ang kanilang kahalagahan sa iba't ibang mga proseso ng cellular, yugto ng pag-unlad, at mga kondisyon ng sakit, na nag-aambag sa isang mas malalim na pag-unawa sa pagiging kumplikado ng regulasyon ng RNA sa konteksto ng expression ng gene.
-
Buong Transcriptome Sequencing – Illumina
Ang buong transcriptome sequencing ay nag-aalok ng isang komprehensibong diskarte sa pag-profile ng magkakaibang mga molekula ng RNA, na sumasaklaw sa coding (mRNA) at non-coding RNAs (lncRNA, circRNA, at miRNA). Kinukuha ng diskarteng ito ang buong transcriptome ng mga partikular na cell sa isang partikular na sandali, na nagbibigay-daan para sa isang holistic na pag-unawa sa mga proseso ng cellular. Kilala rin bilang "kabuuang pagkakasunud-sunod ng RNA," nilalayon nitong ipakita ang masalimuot na mga network ng regulasyon sa antas ng transcriptome, na nagpapagana ng malalim na pagsusuri tulad ng nakikipagkumpitensyang endogenous RNA (ceRNA) at pinagsamang pagsusuri sa RNA. Ito ay nagmamarka ng paunang hakbang patungo sa functional characterization, lalo na sa pag-unrave ng mga regulatory network na kinasasangkutan ng circRNA-miRNA-mRNA-based na mga pakikipag-ugnayan ng ceRNA.
