-
BMKMANU S3000_Spatial Transcriptome
Ang spatial transcriptomics ay nangunguna sa makabagong siyentipiko, na nagbibigay ng kapangyarihan sa mga mananaliksik na suriin ang masalimuot na mga pattern ng pagpapahayag ng gene sa loob ng mga tisyu habang pinapanatili ang kanilang spatial na konteksto. Sa gitna ng iba't ibang platform, binuo ng BMKGene ang BMKManu S3000 Spatial Transcriptome Chip, na ipinagmamalaki ang pinahusay na resolution na 3.5µm, umaabot sa subcellular range, at pinapagana ang mga setting ng multi-level na resolution. Ang S3000 chip, na nagtatampok ng humigit-kumulang 4 na milyong mga spot, ay gumagamit ng mga microwell na pinahiran ng mga kuwintas na puno ng mga spatially barcoded capture probe. Ang isang library ng cDNA, na pinayaman ng mga spatial na barcode, ay inihanda mula sa S3000 chip at pagkatapos ay pinagsunod-sunod sa platform ng Illumina NovaSeq. Tinitiyak ng kumbinasyon ng mga spatially barcoded sample at UMI ang katumpakan at pagiging tiyak ng data na nabuo. Ang BMKManu S3000 chip ay lubhang maraming nalalaman, na nag-aalok ng mga setting ng multi-level na resolution na maaaring maayos na ibagay sa iba't ibang mga tissue at nais na antas ng detalye. Ang kakayahang umangkop na ito ay nagpoposisyon sa chip bilang isang natatanging pagpipilian para sa magkakaibang pag-aaral ng spatial transcriptomics, na tinitiyak ang tumpak na spatial clustering na may kaunting ingay. Ang paggamit ng teknolohiya ng cell segmentation na may BMKManu S3000 ay nagbibigay-daan sa delimitation ng transcriptional data sa mga hangganan ng mga cell, na nagreresulta sa isang pagsusuri na may direktang biological na kahulugan. Higit pa rito, ang pinahusay na resolution ng S3000 ay nagreresulta sa mas mataas na bilang ng mga gene at UMI na nakita sa bawat cell, na nagbibigay-daan sa isang mas tumpak na pagsusuri ng spatial transcription pattern at clustering ng mga cell.
-
Single-nuclei RNA Sequencing
Ang pagbuo ng single-cell capture at custom na mga diskarte sa pagtatayo ng library, kasama ng high-throughput sequencing, ay nagpabago ng mga pag-aaral sa expression ng gene sa antas ng cell. Ang pambihirang tagumpay na ito ay nagbibigay-daan para sa mas malalim at mas komprehensibong pagsusuri ng mga kumplikadong populasyon ng cell, na malampasan ang mga limitasyon na nauugnay sa average na expression ng gene sa lahat ng mga cell at pinapanatili ang tunay na heterogeneity sa loob ng mga populasyon na ito. Habang ang single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) ay may hindi maikakaila na mga pakinabang, nakakaharap ito ng mga hamon sa ilang partikular na tissue kung saan ang paggawa ng isang solong cell na suspension ay nagpapatunay na mahirap at nangangailangan ng mga sariwang sample. Sa BMKGene, tinutugunan namin ang hadlang na ito sa pamamagitan ng pag-aalok ng single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) gamit ang makabagong teknolohiyang 10X Genomics Chromium. Ang diskarteng ito ay nagpapalawak ng spectrum ng mga sample na pumapayag sa transcriptome analysis sa single-cell level.
Ang paghihiwalay ng nuclei ay nagagawa sa pamamagitan ng makabagong 10X Genomics Chromium chip, na nagtatampok ng eight-channel microfluidics system na may double crossings. Sa loob ng system na ito, ang mga gel bead na may kasamang mga barcode, primer, enzyme, at isang solong nucleus ay naka-encapsulated sa nanoliter-sized na patak ng langis, na bumubuo ng Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Kasunod ng pagbuo ng GEM, nangyayari ang cell lysis at paglabas ng barcode sa loob ng bawat GEM. Kasunod nito, ang mga molekula ng mRNA ay sumasailalim sa reverse transcription sa mga cDNA, na nagsasama ng 10X barcode at Mga Natatanging Molecular Identifier (UMI). Ang mga cDNA na ito ay sasailalim sa karaniwang pagkakasunud-sunod na pagtatayo ng library, na nagpapadali sa isang matatag at komprehensibong paggalugad ng mga profile ng expression ng gene sa antas ng single-cell.
Platform: 10× Genomics Chromium at Illumina NovaSeq Platform
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Ang spatial transcriptomics ay isang makabagong teknolohiya na nagbibigay-daan sa mga mananaliksik na magsiyasat ng mga pattern ng pagpapahayag ng gene sa loob ng mga tisyu habang pinapanatili ang kanilang spatial na konteksto. Ang isang malakas na platform sa domain na ito ay ang 10x Genomics Visium kasama ng pagkakasunud-sunod ng Illumina. Ang prinsipyo ng 10X Visium ay nakasalalay sa isang espesyal na chip na may itinalagang lugar ng pagkuha kung saan inilalagay ang mga seksyon ng tissue. Ang lugar ng pagkuha na ito ay naglalaman ng mga barcoded spot, bawat isa ay tumutugma sa isang natatanging spatial na lokasyon sa loob ng tissue. Ang mga nakuhang molekula ng RNA mula sa tissue ay nilalagyan ng mga natatanging molecular identifier (UMIs) sa panahon ng reverse transcription process. Ang mga barcoded spot at UMI na ito ay nagbibigay-daan sa tumpak na spatial mapping at quantification ng gene expression sa isang solong-cell na resolution. Tinitiyak ng kumbinasyon ng mga spatially barcoded sample at UMI ang katumpakan at pagiging tiyak ng data na nabuo. Sa pamamagitan ng paggamit ng teknolohiyang ito ng Spatial Transcriptomics, ang mga mananaliksik ay makakakuha ng mas malalim na pag-unawa sa spatial na organisasyon ng mga cell at ang mga kumplikadong molekular na interaksyon na nagaganap sa loob ng mga tisyu, na nag-aalok ng napakahalagang mga insight sa mga mekanismong pinagbabatayan ng mga biological na proseso sa maraming larangan, kabilang ang oncology, neuroscience, developmental biology, immunology , at botanikal na pag-aaral.
Platform: 10X Genomics Visium at Illumina NovaSeq
