-
Comparative Genomics
Ang comparative genomics ay nagsasangkot ng pagsusuri at paghahambing ng buong genome sequences at istruktura sa iba't ibang species. Ang larangang ito ay naglalayong ibunyag ang ebolusyon ng mga species, i-decode ang mga function ng gene, at ipaliwanag ang mga mekanismo ng regulasyon ng genetic sa pamamagitan ng pagtukoy ng mga conserved o divergent sequence na mga istruktura at elemento sa iba't ibang organismo. Ang isang komprehensibong comparative genomics na pag-aaral ay sumasaklaw sa mga pagsusuri gaya ng mga gene family, evolutionary development, whole-genome duplication event, at ang epekto ng mga piling pressure.
-
Evolutionary Genetics
Ang platform ng pagsusuri ng populasyon at ebolusyonaryong genetic ay itinatag batay sa napakalaking karanasan na naipon sa loob ng BMK R&D team sa loob ng maraming taon. Ito ay isang user friendly na tool lalo na para sa mga mananaliksik na hindi majoring sa bioinformatics. Ang platform na ito ay nagbibigay-daan sa basic na evolutionary genetics related basic analysis kabilang ang phylogenetic tree construction, linkage disequilibrium analysis, genetic diversity assessment, selective sweep analysis, kinship analysis, PCA, population structure analysis, atbp.
-
Hi-C Based Genome Assembly
Ang Hi-C ay isang paraan na idinisenyo upang makuha ang configuration ng chromosome sa pamamagitan ng pagsasama-sama ng probing proximity-based na mga interaksyon at high-throughput sequencing. Ang intensity ng mga pakikipag-ugnayan na ito ay pinaniniwalaan na negatibong nauugnay sa pisikal na distansya sa mga chromosome. Samakatuwid, ang data ng Hi-C ay ginagamit upang gabayan ang pag-cluster, pag-order, at pag-orient ng mga pinagsama-samang sequence sa isang draft na genome at i-angkla ang mga iyon sa isang tiyak na bilang ng mga chromosome. Ang teknolohiyang ito ay nagbibigay kapangyarihan sa isang chromosome-level genome assembly sa kawalan ng isang genetic na mapa na nakabatay sa populasyon. Ang bawat genome ay nangangailangan ng Hi-C.
-
Plant/Animal De Novo Genome Sequencing
De NovoAng sequencing ay tumutukoy sa pagbuo ng buong genome ng isang species gamit ang mga teknolohiya ng sequencing sa kawalan ng isang reference genome. Ang pagpapakilala at malawakang pagpapatibay ng pagkakasunud-sunod ng ikatlong henerasyon, na nagtatampok ng mas mahabang pagbabasa, ay lubos na nagpahusay ng genome assembly sa pamamagitan ng pagtaas ng overlap sa pagitan ng mga nabasa. Ang pagpapahusay na ito ay partikular na nauugnay kapag nakikitungo sa mga mapaghamong genome, tulad ng mga nagpapakita ng mataas na heterozygosity, isang mataas na ratio ng mga paulit-ulit na rehiyon, polyploid, at mga rehiyon na may mga paulit-ulit na elemento, hindi normal na mga nilalaman ng GC, o mataas na kumplikado na karaniwang hindi maganda ang pagkakabuo gamit ang short-read sequencing mag-isa.
Ang aming one-stop na solusyon ay nagbibigay ng pinagsama-samang sequencing na mga serbisyo at bioinformatic analysis na naghahatid ng de-kalidad na de novo assembled genome. Ang isang paunang survey ng genome na may Illumina ay nagbibigay ng mga pagtatantya ng laki at pagiging kumplikado ng genome, at ang impormasyong ito ay ginagamit upang gabayan ang susunod na hakbang ng mahabang pagbasa na pagkakasunud-sunod sa PacBio HiFi, na sinusundan ngde novopagpupulong ng contigs. Ang kasunod na paggamit ng HiC assembly ay nagbibigay-daan sa pag-angkla ng mga contig sa genome, pagkuha ng isang chromosome-level na pagpupulong. Sa wakas, ang genome ay na-annotate ng gene prediction at sa pamamagitan ng sequencing na ipinahayag na mga gene, na gumagamit ng mga transcriptome na may maikli at mahabang pagbabasa.
-
Human Whole Exome Sequencing
Ang Human Whole exome sequencing (hWES) ay malawak na kinikilala bilang isang cost-effective at makapangyarihang sequencing approach para sa pagtukoy ng mga mutasyon na nagdudulot ng sakit. Sa kabila ng bumubuo lamang ng halos 1.7% ng buong genome, ang mga exon ay gumaganap ng isang mahalagang papel sa pamamagitan ng direktang pagpapakita ng profile ng kabuuang mga function ng protina. Kapansin-pansin, sa genome ng tao, higit sa 85% ng mga mutasyon na nauugnay sa mga sakit ay nagpapakita sa loob ng mga rehiyon ng coding ng protina. Nag-aalok ang BMKGENE ng komprehensibo at nababaluktot na serbisyo ng buong exome sequencing ng tao na may dalawang magkaibang diskarte sa pagkuha ng exon na magagamit upang matugunan ang iba't ibang layunin sa pananaliksik.
-
Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)
Ang high-throughput genotyping, lalo na sa malakihang populasyon, ay pangunahing hakbang sa pag-aaral ng genetic association at nagbibigay ng genetic na batayan para sa functional gene discovery, evolutionary analysis, atbp. Sa halip na malalim na buong genome re-sequencing,Pinababang Representasyong Genome Sequencing (RRGS)ay madalas na ginagamit sa mga pag-aaral na ito upang mabawasan ang pagkakasunud-sunod na gastos sa bawat sample habang pinapanatili ang makatwirang kahusayan sa pagtuklas ng genetic marker. Nakakamit ito ng RRGS sa pamamagitan ng pagtunaw ng DNA gamit ang mga restriction enzymes at pagtutuon ng pansin sa isang partikular na hanay ng laki ng fragment, at sa gayon ay nagsusunod-sunod lamang ng isang bahagi ng genome. Kabilang sa iba't ibang pamamaraan ng RRGS, ang Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF) ay isang nako-customize at de-kalidad na diskarte. Ang pamamaraang ito, na binuo nang nakapag-iisa ng BMKGene, ay ino-optimize ang restriction enzyme na itinakda para sa bawat proyekto. Tinitiyak nito ang pagbuo ng isang malaking bilang ng mga tag ng SLAF (400-500 bps na rehiyon ng genome na sinusunod) na pantay na ipinamamahagi sa genome habang epektibong iniiwasan ang mga paulit-ulit na rehiyon, kaya tinitiyak ang pinakamahusay na pagtuklas ng genetic marker.
-
Illumina pre-made na mga aklatan
Ang teknolohiya ng pagkakasunud-sunod ng Illumina, batay sa Sequencing by Synthesis (SBS), ay isang globally embraced NGS innovation, na responsable para sa pagbuo ng higit sa 90% ng sequencing data sa mundo. Ang prinsipyo ng SBS ay nagsasangkot ng imaging fluorescently na may label na reversible terminator habang ang bawat dNTP ay idinagdag, at pagkatapos ay pinuputol upang payagan ang pagsasama ng susunod na base. Sa lahat ng apat na reversible terminator-bound dNTPs na naroroon sa bawat sequencing cycle, pinapaliit ng natural na kumpetisyon ang bias sa pagsasama. Sinusuportahan ng maraming nalalamang teknolohiyang ito ang parehong single-read at paired-end na mga library, na tumutugon sa isang hanay ng mga genomic na application. Ang mataas na throughput na mga kakayahan at katumpakan ng pagkakasunud-sunod ng Illumina ay ipinoposisyon ito bilang isang pundasyon sa pananaliksik ng genomics, na nagbibigay-kapangyarihan sa mga siyentipiko na lutasin ang mga salimuot ng mga genome na may walang kaparis na detalye at kahusayan.
Ang aming pre-made library sequencing service ay nagbibigay-daan sa mga customer na maghanda ng mga sequencing na library mula sa iba't ibang source (mRNA, whole genome, amplicon, 10x library, bukod sa iba pa). Kasunod nito, ang mga aklatang ito ay maaaring ipadala sa aming mga sequencing center para sa kontrol sa kalidad at pagkakasunud-sunod sa mga platform ng Illumina.
